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这似乎是一个错误。
其他人也有这样的问题: Apple讨论
 我找到了三个临时解决方法(最后一个是最好的)。所有这些都强制退出这个过程 FaceTimeNotificationCenterService: 
 打开  活动监视器  并搜索 FaceTime。然后选择 FaceTimeNotificationCenterService,按下红色圆圈按钮并选择 Force Quit。 
 打开  终奌站  并输入 killall -kill FaceTimeNotificationCenterService 然后按  返回  (⮐) 
 你基本上用这个命令 Force Quit 这个过程。 (有关更多信息,请输入 man killall; -kill 发送信号 kill 而不是默认信号 term 到过程) 
 为了获得更永久的解决方案,您需要  的Automator  做一个新的 Application。在这里你去 Utilities 并拖动 Run Shell Script 到你的工作流程。写 killall -kill FaceTimeNotificationCenterService 在文本字段中,您可以保存文档。 
 作为捷径,你可以放置它 Application 在您的码头中,只需单击即可激活。 
在这里,我创建了一个小应用程序,你可以在你的facetime调用之后运行,它将隐藏窗口。 http://onetoshare.com/AH2Bjq