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Skim是专门用于注释pdf的pdf阅读器。
Skim是OS X的PDF阅读器和笔记记录器。它旨在帮助您阅读和注释PDF格式的科学论文，但也非常适合查看任何PDF文件。停止打印并开始浏览。浏览左侧的链接以调查Skim，并考虑为该项目提供帮助。
特征：
- 查看PDF
- 添加和编辑笔记
- 突出显示重要文本，包括一键式突出显示模式
- 制作“快照”以方便参考
- 使用目录或缩略图以及可视化历史记录进行导航
- 查看所有笔记和重点
- 全屏便捷阅读
- 通过内置的过渡功能进行强大的演示
- 方便预览的内部链接
- 使用阅读栏聚焦
- 放大工具
- 智能裁剪工具
- 广泛的AppleScript支持
- 书签
- 在钥匙串中保存密码
- 将注释导出为文本
- 自动下载远程PDF
- 支持Apple遥控器
- 与LaTeX，SyncTeX和PDFSync的交互
- 与BibDesk和其他第三方应用程序集成
- 聚光灯支持
- 高度可定制
- 以及更多...
虽然并不是主要用于您的用例，但我发现Mendeley Desktop非常擅长于突出显示和注释。
PDF Studio Viewer是一款适用于macOS的免费PDF阅读器，可以用文本和图形注释（包括文本高亮和标记，形状注释，文本框，打字机，标注等）注释PDF文档。它也可以填写交互式表格。
所有注释均符合PDF规范和Adobe产品，并且可以由所有平台上的其他阅读器查看。
Mac上有很多不错的PDF阅读器，包括：Formulate Pro，http : //www.macupdate.com/app/mac/19911/formulatepro
PDFPen和PDFPen Pro（有点贵，但确实不错的软件）
我非常喜欢的PDF Checkpoint，可让您自动化工作流程。
您应该尝试使用它们的免费版本，看看哪一个适合您的需求;）
我也可以通过readdle与PDF Expert共享我最好的PDF经验。非常高级的PDF编辑器/查看器，还可以在某些非常大的文件中使用Preview导致崩溃，这绝对不值得。
我同意先前的答案...到目前为止，我认为略读是最好的。但是，我有一些问题，它不能在每个平台上都显示注释。我喜欢使用Adobe Illustrator进行注释。但是，您将需要大量的处理能力，而且它并不是很便宜（如果您只是想使用它来进行注释，则不必费心购买）。
还有http://jarnal.wikispaces.com/ （开源，但丑陋的Java ui）
有关用于不同平台的笔记软件的概述：
http://en.wikipedia.org/wiki/Comparison_of_notetaking_software