使用R从ESRI文件地理数据库（.gdb）读取表

我试图将一个表直接从ESRI文件地理数据库读取到R中。可以在此处下载示例数据文件。该数据库包含一个点要素类（Zone9_2014_01_Broadcast）和两个链接表（Zone9_2014_01_Vessel和Zone9_2014_01_Voyage）。你可以阅读使用R中的shape文件readOGR从rgeos包：

library(rgeos)
library(downloader)

download("https://coast.noaa.gov/htdata/CMSP/AISDataHandler/2014/01/Zone9_2014_01.zip", dest="Zone9_2014_01.zip", mode="wb")
unzip("Zone9_2014_01.zip", exdir = ".")

#  Not Run (loads large point file)
#  broadcast <- readOGR(dsn = "Zone9_2014_01.gdb", layer = "Zone9_2014_01_Broadcast")

当使用ogrListLayers或时，两个链接的表也会显示ogrInfo。但是，ogrInfo给出警告：

警告消息：在ogrInfo（“ Zone9_2014_01.gdb”，layer =“ Zone9_2014_01_Vessel”）中：ogrInfo：所有功能均为NULL

而且，如果您尝试readOGR在表格上使用，则会出现错误：

vessel <- readOGR(dsn = "Zone9_2014_01.gdb", layer = "Zone9_2014_01_Vessel")

readOGR（dsn =“ Zone9_2014_01.gdb”，layer =“ Zone9_2014_01_Vessel”）中的错误：未找到功能另外：警告消息：在ogrInfo（dsn = dsn，layer =图层，编码=编码，use_iconv = use_iconv ，： ogrInfo：所有功能为NULL

因此，似乎readOGR只能读取地理特征。有什么办法可以将表直接导入到R中，还是像在此答案中那样首先从ArcGIS中将它们导出为* .dbf（或* .txt）文件的唯一解决方案？

另外，如果任何人都可以提供从R到python脚本的调用，该脚本可以自动（最好）导出* csv或* .dbf文件，那么这是可以接受的解决方法。该解决方案只需要可扩展和自动化。

我有点迟到了，但是这个现在可以通过阅读sf，与

vessel <- sf::st_read(dsn = "Zone9_2014_01.gdb", layer = "Zone9_2014_01_Vessel")

它返回警告（不存在要素几何），并且返回带有表的data.frame。请参阅从此处开始的线程：https : //stat.ethz.ch/pipermail/r-sig-geo/2018-February/026344.html

我使用的是GDAL 2.0.2，它已“附带”了FDGB支持，并且没有第三方FGDB驱动程序来研究这些东西。测试环境是Debian Jessie 64位。

简而言之，似乎“图层” Zone9_2014_01_Vessel包含纯属性数据，而图层Zone9_2014_01_Broadcast包含位置数据。您可以通过系统调用以及GDB与shapefile容器的对话（答案的最后一个脚本）在R中使用变通办法。

这是调查步骤：

$ mkdir ~/dev.d/gis-se.d/gdb 
$ cd ~/dev.d/gis-se.d/gdb
$ wget https://coast.noaa.gov/htdata/CMSP/AISDataHandler/2014/01/Zone9_2014_01.zip
$ unzip Zone9_2014_01.zip
$ ogrinfo Zone9_2014_01.gdb Zone9_2014_01_Vessel | head -20
Had to open data source read-only.
INFO: Open of `Zone9_2014_01.gdb'
      using driver `OpenFileGDB' successful.

Layer name: Zone9_2014_01_Vessel
Geometry: None <---------------------------- HERE 
Feature Count: 1282
Layer SRS WKT:
(unknown)
FID Column = OID
MMSI: Integer (0.0)
IMO: Integer (0.0)
CallSign: String (255.0)
Name: String (255.0)
VesselType: Integer (0.0)
Length: Integer (0.0)
Width: Integer (0.0)
DimensionComponents: String (255.0)
OGRFeature(Zone9_2014_01_Vessel):1
  MMSI (Integer) = 367603345

如您所见，该字段Geometry设置为None。您可以使用将数据转换为形状文件，ogr2ogr并且仅获取dbase属性文件：

$ ogr2ogr -f 'ESRI SHAPEFILE' test Zone9_2014_01.gdb Zone9_2014_01_Vessel
$ ls test

Zone9_2014_01_Vessel.dbf

可以在图层中找到几何形状（位置）Zone9_2014_01_Broadcast。

$ ogr2ogr -f 'ESRI SHAPEFILE' test Zone9_2014_01.gdb
$ ls test

Zone9_2014_01_Broadcast.dbf  
Zone9_2014_01_Broadcast.shp  
Zone9_2014_01_Broadcast.prj  
Zone9_2014_01_Broadcast.shx  
Zone9_2014_01_Vessel.dbf
Zone9_2014_01_Voyage.dbf

根据AIS消息协议，不包含位置数据的船舶和航行。

这是R中的完整解决方法，它使用系统调用来让GDB进行shapefile对话，并使用包foreign来读取dbf：

# Load module to get readOGR
require('rgdal');

# Load module to get read.dbf
require('foreign');

# goto the directory with the GDB stuff
setwd('~/dev.d/gis-se.d/gdb')

# Conversation to a shapefile container 
system("ogr2ogr -f 'ESRI SHAPEFILE' test Zone9_2014_01.gdb") 

# read the vessels
vessel <- read.dbf('test/Zone9_2014_01_Vessel.dbf');

# read hte voyage data
voyage <- read.dbf('test/Zone9_2014_01_Voyage.dbf');

# read the geometries in broad cast
broadcast <- readOGR('test/Zone9_2014_01_Broadcast.shp','Zone9_2014_01_Broadcast')

OGR data source with driver: ESRI Shapefile
Source: "test/Zone9_2014_01_Broadcast.shp", layer: "Zone9_2014_01_Broadcast"
with 1639274 features
It has 10 fields

# is vessel OK?    
head(vessel)

MMSI IMO CallSign Name VesselType Length Width   DimensionC
1 367603345  NA     <NA> <NA>         50     20     6     7,13,3,3
2 563000574  NA     <NA> <NA>         70    276    40 188,88,20,20
3 367449580  NA     <NA> <NA>         31     28    10     9,19,5,5
4 367302503  NA     <NA> <NA>         31     20     8     8,12,4,4
5 304003909  NA     <NA> <NA>         71    222    32 174,48,21,11
6 210080027  NA     <NA> <NA>         71    294    32 222,72,22,10

# is voyage OK?
head(voyage)

VoyageID           Destinatio Cargo Draught        ETA  StartTime    EndTime      MMSI
1       12                 KAKE    50      20       <NA> 2014-01-01       <NA> 367603345
2       23             YOKOHAMA    70     125 2014-01-11 2014-01-01 2014-01-30 563000574
3       38         KETCHIKAN AK    31      40 2014-11-12 2014-01-01       <NA> 367449580
4       52 CLARENCE STRAIT LOGS    31      30 2014-09-12 2014-01-01       <NA> 367302503
5       62               JP TYO    71      90 2014-01-13 2014-01-01 2014-01-31 304003909
6       47           VOSTOCHNYY    71     106 2014-01-13 2014-01-01       <NA> 210080027

不知道您是否可以使用readOGR进行此操作，请尝试

vessel <- readOGR(dsn = "Zone9_2014_01.gdb", layer = "Zone9_2014_01_Vessel", dropNULLGeometries = FALSE)

如果这不起作用，请ogr2ogr直接尝试，它可以将非几何图形导出到表中。（gdalUtils一旦您确定了流程，也许尝试使用R包来运行它。）

Esri最近在R和ArcGIS之间发布了一个集成，称为R ArcGIS Tools。它提供了R和ArcGIS之间的集成，从而使得可以互换地访问R工具和ArcGIS资源。通过这种集成，您应该能够访问地理数据库要素类/表格。

样品R工具都可以在这里和说明地理处理脚本[R使用样品工具在这里。

此自定义函数基本上遵循@huckfinn概述的路径，但使用gdalUtils@mdsumner建议的库。

read_GDB_Layer <- function(dsn, layerName, overwrite = T) {
   conversionDir <- tempdir()

   gdalUtils::ogr2ogr(src_datasource_name = dsn, 
                      dst_datasource_name = conversionDir, 
                      f = "ESRI Shapefile", layer = layerName, 
                      verbose = T, overwrite = overwrite)

   df <- foreign::read.dbf(file.path(conversionDir, paste0(layerName, ".dbf")))

   return(df)
}

像这样运行它：

vsl <- read_GDB_Layer(dsn = "Zone9_2014_01.gdb", layerName = "Zone9_2014_01_Vessel")
vyg <- read_GDB_Layer(dsn = "Zone9_2014_01.gdb", layerName = "Zone9_2014_01_Voyage")

如果尚未gdal安装，则需要安装它以提供对的访问gdalUtils。您可以在此处找到有关“ gdal”安装的二进制文件和说明。