如果我希望将某些shapefile的投影从..更改NAD83 (4269)为WGS84 (4326)...，并使用某些第三方应用程序....这是否意味着该.prj文件仅被更新..而不是.shp文件或其他内容的内容关联文件？
Answers:
在NAD83 <-> WGS84 的特定情况下，并且您正在使用中等精度的数据，例如消费级GPS，仅更改.prj文件并不严重，因为这两个文件在该级别上是同义词。
如果您正在使用精确到一厘米或几分之一厘米的大地测量数据，则该应用程序最好进行真实的基准面转换，而不仅仅是更改prj文件。同样不要忘记，有几种不同的NAD83定义（NAD83_HARN，NAD83CSRS等），它们仅对北美有利，而在北美却没有统一的覆盖范围。查看育空地区要使用哪种地理转换？对于最后一点的差异以及如何选择进行了长时间的讨论，包括有关NAD83转换的大多数文档中缺少的该非法图片：
图形中的文字是指ArcGIS中可用的各种NAD83转换的名称。确定其他程序（例如PROJ4和FME）中的等效术语是留给读者的练习（可以随意在评论中扩展，或者更好的是，发布一个新问题）。
我非常确定，投影地理处理工具可以转换要素中每个顶点的坐标。
Projection在输出坐标空间中写入一个全新的shapefile －新的.prj文件使您知道新坐标所在的参考系统。因此，如果您使用以下数据获取WGS84 shapefile：
latitute, longitude, value
32, -120, off santa rosa island
在说出UTM之后，shapefile将包含如下信息：
x (easting), y (northing), value
216577, 3544370, off santa rosa island
只有通过使用prj文件，您才知道x和y坐标是指UTM坐标。在特定情况下，由于WGS84和NAD83的相似性，输出坐标将非常相似。确保您使用的软件知道如何进行基准转换以执行此操作（与投影不同的转换）。
您的问题的答案是否定的。.prf文件所做的只是定义数据存储在哪个投影（包括参数）中。然后，某些GIS程序可以依次使用此数据执行“动态重新投影数据” 。这就是为什么您可以删除.prj文件而不影响数据的原因，实际上，您甚至不会注意到它，除非您尝试使用定义了另一个项目的.mxd或其他GIS文档来添加它。要投影或重新投影shapefile，需要编辑包含地理数据的.shp文件。
这是指向Shapfile的Wikipedia条目的链接，网址为 http://en.wikipedia.org/wiki/Shapefile
以及“ ESRI Shapefile技术说明”的PDF版本ESRI Shapefile技术说明白皮书
我认为这是一个好问题，只是想添加一个更明确的答案，直接针对该问题的原始措词。
不，重新投影shape文件不仅改变PRJ文件，它改变了双方的PRJ文件和主shape文件内容（.shp文件）。如 @csw所示，原因是重新投影shapefile必须更改位于主.shp文件中的实际坐标号，以进行基准面和投影更改。至少这是应该在技术上和正确地完成的方式，我可以想象大多数GIS或投影软件都非常重视这些事情。
更明确地说，使用软件重新投影shapefile的地理高度或投影坐标系应更改以下文件：
有人指出，从理论上讲，写prj文件并不是严格意义上的事实，但是实际的区别是，没有人或软件可以轻易地知道坐标所基于的投影范围，从而限制了使用shapefile。相反，也可能是正确的，正如公认的答案所指出的那样，在某些基准数据更改（与投影更改相对）的情况下，仅更改prj文件而不更改.shp文件实际上可以使bc基准有时逃脱 只是彼此之间略有不同，但是当有许多可用的工具正确地重新投影它时，这将是冒险且不必要的，此外，几乎可以肯定的是，当更改相互之间有较大差异的投影坐标系时，它们将无法工作。