地理配准博物馆描述不佳的标本


10

我目前正在整理各种自然历史博物馆的数据库中的标本清单,以供进一步研究。但是,与大多数历史数据相关的一个众所周知的问题是缺乏适当的纬度和经度,这会阻止人们使用该数据。

有一些方法可以克服这些数据,例如在一个区域周围绘制缓冲区并提供与该位置相关的不确定性范围。

例如,如果有一些文字描述,例如“ XYZ以西2英里”,则R中来自软件包'spatial'的函数-biogeomancer可自动进行地理配准。请参阅此处的文档

但是,我主要关心的是对200平方公里的区域使用这种协议。有没有办法可以克服这一问题?我很想使用这个丰富的博物馆数据库,只要我能处理与其位置相关的不确定性。

我的数据集中的一些标本示例如下所示。请注意,其中许多记录都提到了海拔,但是大多数记录都非常模糊。

在此处输入图片说明

编辑

在评论部分,你们中的一个提到了这个问题的目的以及我从中可以达到的目的。
1.我对如何一次将不确定的半径从真正宽的多边形区域减小到较小的不确定半径(如果可能)感兴趣。
2.这些信息将帮助我进行未来的空间分析,例如物种分布模型/居住模型。


您听说过GBIF吗?gbif.org它可能已经满足您的要求。
GISKid

@GISKid是的,这是来自GBIF的数据。不幸的是,大多数数据缺乏良好的地理参考。
维杰·拉梅什

有趣的问题!但是,您不清楚要执行的操作-这些项目已经过地理定位,因为它们具有位置信息,即使是多边形区域也是如此。您能否编辑和扩展您希望如何处理大型多边形的问题?它有助于空间分析吗?
Simbamangu

1
您为SDM使用哪种方法?什么大小的学习区?依靠这两个因素,我个人认为,很大的不确定性会降低SDM的有效性。相反,我将消除不确定性较大的数据,并坚持使用“更精确”的事件。特别是如果出现的次数不是问题的话
GISKid

2
似乎您可以根据具体情况缩小某些局部数据-例如,使用3500'±250'的栅格高程数据掩盖Santhapara多边形。如果不使用“侦探技能”和其他数据,您将无法获取多边形的质心 -并且(从经验出发)这很危险!为什么?现在,您拥有看起来像准确的点数据,但事实并非如此,并且在共享或分析步骤中可能会丢失它们。
Simbamangu '18

Answers:


2

考虑事件发生的日期,并尝试获取(构建,地理参考)该地区当时已知或可用的道路,铁路线,桥梁和城镇(村庄,火车站)的地图,因为博物学家通常会从一个已知的村庄,并至少部分使用现有的公路或铁路去他们得到标本的地方。有时,它确实减小了收集/发生的可能区域。如果有关该物种的更多生态信息,则可以排除区域。开放土地与森林土地,湿地与干旱土地,以及有关这些生态系统历史分布的一些辅助信息。

尽管我绝对不会使用这些位置来训练sdm模型,但是您可以使用模型结果结合上述数据来减少那些不良地理参考事件的位置不确定性。

最近的一些论文解决了这些不确定位置的偏差影响,如果使用汇总的环境数据可以用来补偿该模糊位置:

位置不确定性在哪里进行物种分布建模? https://onlinelibrary.wiley.com/doi/pdf/10.1111/j.1600-0587.2013.00205.x

通过在物种分布模型中使用县级数据来量化偏差程度:增加样本量或使用县级平均环境数据可以减少分布过高的预测吗? https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5551104/


谢谢您的回答Priscilla。我目前正在尝试获取历史土地覆盖图和数据,以提供有关道路和乡镇的信息。希望将这些信息与历史博物馆标本中的标签进行交叉引用,以更好地进行地理参考。尽管SDM方面不是主要问题,但我确实想对它们进行精确地理定位,因为我想对这些样本进行采样以进行遗传分析。对后者有什么想法吗?
维杰·拉梅什
By using our site, you acknowledge that you have read and understand our Cookie Policy and Privacy Policy.
Licensed under cc by-sa 3.0 with attribution required.