R中的Choropleth：自定义中断和绘图

我有一个关于绘制胆管图的问题。关于绘制带有自定义中断的地图有何建议？并使其看起来更具吸引力。

在我的脚本中，我使用了plot和spplot命令来可视化一些数据，但是我对结果并不完全满意。不难理解原因。使用spplot，我得到了一个颜色渐变，它为不同的值重复颜色，这有点奇怪。将绘图与自定义间隔一起使用时，我无法为这些值设定更好的间隔，例如，零值在地图上为白色。我认为图例和地图之间的比例偏差可能是Rstudio的结果。

所以我想知道是否有人对使用自定义中断在R中绘制Choropleth映射有更好的建议？

编辑20-02-2013

正如建议的那样，我已经使用ggplot2创建了一个Choropleth映射。我用下面的代码。我遇到了两个问题。一种是在加强数据后，并非所有来自shapefile的数据都被传输到数据帧。因此，我必须重命名“ id”变量，以便可以合并数据。次要问题。

一个更大的问题是，尽管事实是数据帧中的数据是正确的，但ggplot显示的是数据不正确的映射。根据图例的颜色值与数据中变量的值不对应。我在这里俯瞰什么吗？

# Plotting polygon shapefiles (try-out)
# Load the packages
require(rgdal)
require(maptools)
require(ggplot2)
gpclibPermit() # required for the fortify method
# Load the shapefile
africa=readOGR("/home/GIS",layer="africaII")
names(africa) 
# Load the data on conflict
conflict<-read.csv("africa_conflict.csv", header=TRUE)
names(conflict)
# Merge the data together
africadat<-merge(africa, conflict, by="ISO3")
# Changing the data in the shapefile
africa@data <- africadat
# Fortify so that ggplot can plot
africa.points = fortify(africa,region="ISO3")
# Change "id" to "ISO3"such that the datasets can be merged again
names(africa.points)[names(africa.points)=="id"]<-"ISO3"
africa.df=merge(africa.points,africadat,by="ISO3")
# Plot the data
ggplot(africa.df) + 
aes(long,lat,group=group) + 
geom_polygon(aes(fill =onset))+
geom_path(color="white") +
coord_equal()

链接到复制数据

2015年11月13日更新： 修复了指向形状文件的链接。请参阅下面的答案，以获取有关如何绘制波形图的解决方案。

我没有看到上面的代码有问题，除了您在中有6个清晰的级别onset，因此我将它们视为因素而不是连续变量。请注意factor下面的代码中的调用。

ggplot(africa.df) +
  aes(long,lat,group=group) +
  geom_polygon(aes(fill = factor(onset)))+
  geom_path(color="white") +
  coord_equal()

该代码给出以下结果：

如果您想要自定义颜色，可以尝试以下操作：

library(RColorBrewer)
my.cols <- brewer.pal(6, "Blues")

ggplot(africa.df) +
  aes(long,lat,group=group) +
  geom_polygon(aes(fill = factor(onset)))+
  scale_fill_manual("Onset\n", values = my.cols, guide = "legend") +
  geom_path(color="white") +
  coord_equal()

产生此结果：

classInt软件包具有许多用于计算数字数据间隔的功能-安装它并阅读文档。

对于档案，我使用的解决方案是：

#### Choropleth in R example ####

## Libraries
library(classInt)    
library(lattice)
library(RColorBrewer)    
library(sp)

## Shapefile for Sub-Sahara Africa (see link in Q)
africa<-readShapeSpatial("shp/africa.shp") 

## Add data to shapefile
# In this case the number of conflict onsets between 1981-2010
africa$onset<-c(3,0,3,1,3,1,4,2,3,0,
                2,0,3,1,1,0,2,1,1,1,
                2,0,3,0,1,0,0,4,2,1,
                3,0,1,0,6,1,3,1,1,0,
                0,1,1,0,0,0,0)

## Plot 
par(mar=c(1,4,1,1),family="serif")
trellis.par.set(axis.line=list(col=NA)) # Remove borders
spplot(africa,zcol="onset",col.regions=colorRampPalette(c("white","grey10"))(20),
main=list(label="Number of civil conflict onsets 1981-2010",cex=3),
pretty=T,par.settings=list(axis.text=list(cex=3)))