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如果您不是要制作全景图，而只是将图像堆栈对齐以进行焦点叠加，曝光融合或HDR，那么align_image_stack来自Hugin项目的工具就是简单但非常有用的工具之一。Hugin是可用于Windows，Mac OS和Linux的工具的多平台集合。
例如，如果你有3个文件a.jpg，b.jpg，c.jpg，对准他们，你可以运行：
align_image_stack -a aligned_ a.jpg b.jpg c.jpg
这将产生三个TIFF图像，aligned_0000.tif，aligned_0001.tif和aligned_0002.tif，这将很好地对齐。现在可以准备将图像混淆了：
enfuse aligned_*.tif
如果您更喜欢图形界面，或者只想对齐部分重叠的图像（例如在全景图中），那么请使用Hugin本身，它是一款功能强大且灵活的软件。
从您的评论中，我看到您想要创建立体图像。要搜索的关键字是立体字，而不是align。
为此，我使用了Stereo Photo Maker，它不是开源的，只是一个免费的Windows程序。它也可以很好地运行wine。但是我几乎从未使用过自动对齐功能，因为我更喜欢手动对齐图像，观看合成的3D图像。通过手动对齐图像，我还可以选择“焦点对准”的确切内容（不能对齐立体图像中的所有内容）。
SPM还可以优化彩色浮雕以减少重影，这是非常有用的功能。
有一些Gimp的脚本和教程（例如anaglypher，script-fu-make-anaglyph，此简短教程）。通过图层效果构建单色浮雕相对容易，并且通过手动移动图层，对于彩色浮雕而言并不总是很好。
最后，有ImageMagick -stereo的composite命令选项，但我没有使用它。
align_image_stack没有此功能。谢谢，很高兴知道。
从http://en.wikipedia.org/wiki/AutoStitch
“ Autostitch使用称为SIFT和RANSAC的方法。该程序与某些其他图像拼接软件的区别在于，即使没有对齐或缩放的照片，它也可以自动无缝地拼接在一起，而无需用户输入，而其他程序通常需要用户突出显示匹配的区域才能将照片合并唯一的要求是所有照片都必须从一个点拍摄。”
提供了Windows的免费演示（可在Wine下在Linux上无缝运行），而且我再也不需要其他工具来拼接照片了。
正如mattdm上面正确地写到（在评论中），这是一个类似的问题： 哪些工具适合创建全景图/拼接多张照片？自动缝制也是答案之一。我喜欢（并且喜欢）它有两个原因：-安装简单（一个exe文件，无需安装任何内容）-使用简单-选择输入图片，选择输出图像的大小，以及其他不需要设置/更改的设置你不想
因此，它并非完全开源，但它是免费的（演示），简单且在Windows和Linux上均可正常运行。
Hugin的命令行align_image_stack具有处理立体声对的参数。您需要试验设置，尤其是网格细分数-g，点数-c和预-s缩放（为了使点检测器可靠地工作，需要将更大的图像按比例缩小）。另外，请确保您通过传入FOV -f。这是一个命令行，可以从两个1920x2560图像生成一对超级出色的立体声：
align_image_stack -f 35.09 -p stereotest.pto -a stereotest -v -g 3 -c 16 -i -d -s 3 -S -C -A -P P9010741.JPG P9010742.JPG
如果这样做是为了获得很好的图像动画，则可以使用Google相册。然后，将它们放入您的图片库后，选择所需的图像，单击右上角的大加号，然后选择Animation。几秒钟后，您将获得对齐图像的动画。
这是截至2017年10月1日