在“。”之后删除字符串的一部分

76

我正在使用NCBI参考序列登录号，例如variable a：

a <- c("NM_020506.1","NM_020519.1","NM_001030297.2","NM_010281.2","NM_011419.3", "NM_053155.2")

要从biomart软件包中获取信息，我需要在登录号后删除.1，.2等等。我通常使用以下代码执行此操作：

b <- sub("..*", "", a)

# [1] "" "" "" "" "" ""

但是如您所见，这不是此变量的正确方法。谁能帮我这个？

— 利桑
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109

您只需要逃脱句点：

a <- c("NM_020506.1","NM_020519.1","NM_001030297.2","NM_010281.2","NM_011419.3", "NM_053155.2")

gsub("\\..*","",a)
[1] "NM_020506"    "NM_020519"    "NM_001030297" "NM_010281"    "NM_011419"    "NM_053155"

— 汉思
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说明：具有基本软件包中的功能（即，没有其他软件包，如string r），这些选项如下所示：b1 <-gsub（“ \\ .. *”，“”，a，fixed = FALSE）b2 <-sub（“ \\ .. *“，”“，a，fixed = FALSE）在某些情况下，您可能需要更改fixed参数。但是，这里必须将其设置为FALSE（这是默认设置）；否则它将无法正常工作。此外，您需要使用双转义符\，否则会出现错误。

— David C.

您不会将其固定为TRUE来使用，因为我们在这里使用正则表达式。

— 汉西

11

我们可以假装它们是文件名并删除扩展名：

tools::file_path_sans_ext(a)
# [1] "NM_020506"    "NM_020519"    "NM_001030297" "NM_010281"    "NM_011419"    "NM_053155"

— zx8754
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8

您可以这样做：

sub("*\\.[0-9]", "", a)

要么

library(stringr)
str_sub(a, start=1, end=-3)

— 约翰尼斯
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4

替代品：str_replace(a,"\\.[0-9]","")和str_replace(a,"\\..*","")

— 保罗

5

如果字符串应为固定长度，则可以使用substrfrom base R。但是，我们可以获得.with的位置并在其中regexpr使用substr

substr(a, 1, regexpr("\\.", a)-1)
#[1] "NM_020506"    "NM_020519"    "NM_001030297" "NM_010281"    "NM_011419"    "NM_053155"

— 阿克伦
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