怎么把R Markdown转换成PDF？

之前，我曾问过有关将R Markdown转换为HTML的命令。

将R Markdown文件转换为PDF文档的好方法是什么？

一个好的解决方案将保留尽可能多的内容（例如，图像，方程式，html表等）。该解决方案需要能够从命令行运行。一个好的解决方案也应该是跨平台，并且最好将依赖性降到最低，以使共享makefile等更容易。

具体来说，有很多选择：

• 是否将RMD转换为MD到HTML转换为PDF；或RMD到MD到PDF；或RMD转换为PDF
• 如果markdown在R中使用软件包，则指定哪些选项
• 是否使用pandoc，R中内置的软件包或其他

这是一个示例rmd文件，大概可以对任何建议的解决方案提供合理的测试。它被用作本博客文章的基础。

更新的答案（2013年2月10日）

rmarkdown软件包：rmarkdowngithub上现在有一个与Pandoc交互的软件包。它包括一个render功能。该文档非常清楚地说明了如何将rmarkdown转换为其他格式。这包括在rmarkdown文件中包括输出格式，或者正在为rend函数提供输出格式。例如，

render("input.Rmd", "pdf_document")

命令行： 从命令行运行时render（例如，使用makefile），有时会遇到找不到pandoc的问题。大概它不在搜索路径上。以下答案说明了如何将pandoc添加到R环境。

因此，例如，在运行OSX的计算机上，我通过RStudio获得了pandoc的副本，可以使用以下命令：

Rscript -e "Sys.setenv(RSTUDIO_PANDOC='/Applications/RStudio.app/Contents/MacOS/pandoc');library(rmarkdown);  library(utils); render('input.Rmd', 'pdf_document')"

旧答案（大约2012年）

因此，许多人都建议Pandoc是必经之路。请参阅以下注释，了解拥有最新版本的Pandoc的重要性。

使用Pandoc

我使用以下命令将R Markdown转换为HTML（即此makefile的变体），其中RMDFILER Markdown文件的名称不包含.rmd组件（它也假定扩展名为.rmd而不是.Rmd）。

RMDFILE=example-r-markdown  
Rscript -e "require(knitr); require(markdown); knit('$RMDFILE.rmd', '$RMDFILE.md'); markdownToHTML('$RMDFILE.md', '$RMDFILE.html', options=c('use_xhml'))"

然后将此命令转换为pdf

Pandoc -s example-r-markdown.html -o example-r-markdown.pdf

• 我删除了示例文件中的引用，该示例文件将图导出到imgur中以托管图像。
• 我删除了对imgur上托管的图像的引用。数字似乎需要是局部的。
• markdownToHTML函数中的选项意味着图像引用是针对文件的，而不是针对HTML文件中存储的数据的（即，我已从'base64_images'选项列表中删除）。
• 结果输出如下所示。与从浏览器将HTML文件打印为pdf时所得到的相反，它显然是非常LaTeX风格的文档。

取得最新版本的Pandoc

正如@daroczig所提到的，拥有最新版本的Pandoc以输出pdf至关重要。自2012年6月15日起在Ubuntu上，我在软件包管理器中停留在Pandoc的1.8.1版本，但是从更改日志看来，要获得pdf支持，您至少需要1.9+的Pandoc版本。

因此，我安装了caball-install。然后运行：

cabal update
cabal install pandoc

Pandoc已安装在。~/.cabal/bin/pandoc 因此，当我运行pandoc它时，它仍然看到旧版本。请参阅此处以添加到路径。

我认为您确实需要pandoc，它是专门为该任务而设计和构建的出色软件：）除了pdf之外，您还可以将md文件转换为docx或odt等。

好吧，在Linux上安装最新版本的Pandoc可能会haskell-platform遇到麻烦（因为您将需要整个˙从源代码构建），但是在Windows / Mac上只需下载几兆字节，这确实很容易。

如果您有酿造/编织的降价文件，则可以仅调用pandocbash或使用systemR中的Ṗandoc.convert函数。后者的POC演示是在我的小包装函数中实现的（在您尝试执行此操作时，您一定非常无聊）将您的注意力吸引到任何机会）。

现在（2014年8月），您可以使用RStudio将R Markdown转换为PDF。基本上，RStudio使用pandoc将Rmd转换为PDF。

您可以将元数据更改为：

1. 添加目录
2. 更改图形选项
3. 更改语法突出显示样式
4. 添加LaTeX选项
5. 还有很多...

有关更多详细信息-http://rmarkdown.rstudio.com/pdf_document_format.html

对于一种看起来更像从浏览器打印时所得到的wkhtmltopdf选项，请提供一个选项。

在Ubuntu上

sudo apt-get install wkhtmltopdf

然后，使用与pandoc示例相同的命令获取HTML：

RMDFILE=example-r-markdown  
Rscript -e "require(knitr); require(markdown); knit('$RMDFILE.rmd', '$RMDFILE.md'); markdownToHTML('$RMDFILE.md', '$RMDFILE.html', options=c('use_xhml'))"

然后

wkhtmltopdf example-r-markdown.html example-r-markdown.pdf

结果文件如下所示。它似乎没有处理MathJax（此问题在此处讨论），并且分页符很难看。但是，在某些情况下，与LaTeX样式演示文稿相比，这种样式可能更为可取。

仅需两个步骤：

1. 从此处安装最新版本的“ pandoc”：

   https://github.com/jgm/pandoc/releases

2. 调用函数pandoc中library(knitr)

   library(knitr)
   pandoc('input.md', format = 'latex')
   

因此，您可以将“ input.md”转换为“ input.pdf”。

我发现使用R studio是最简单的方法，但是如果想从命令行进行控制，那么一个简单的R脚本就可以使用rmarkdown render命令来解决问题（如上所述）。完整的脚本详细信息在这里

#!/usr/bin/env R

# Render R markdown to PDF.
# Invoke with:
# > R -q -f make.R --args my_report.Rmd

# load packages
require(rmarkdown)

# require a parameter naming file to render
if (length(args) == 0) {
    stop("Error: missing file operand", call. = TRUE)
} else {
    # read report to render from command line
    for (rmd in commandArgs(trailingOnly = TRUE)) {
        # render Rmd to PDF
        if ( grepl("\\.Rmd$", rmd) && file.exists(rmd)) {
            render(rmd, pdf_document())
        } else {
            print(paste("Ignoring: ", rmd))
        }
    }
}

如果您不想安装任何东西，则可以输出html。然后打开html文件-它应在浏览器窗口中打开，然后右键单击以打印。在Mac上，在打印窗口中，选择右下角的“另存为pdf”。瞧！

请遵循以下简单步骤：

1：在Rmarkdown脚本中运行Knit（Ctrl + Shift + K）2：然后在打开html markdown之后，单击“在浏览器中打开”（左上方），然后在您的Web浏览器中打开html 3：然后使用Ctrl + P和另存为PDF。