如何在R中编写trycatch


342

我想编写trycatch代码来处理从网络下载时出现的错误。

url <- c(
    "http://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/base/html/connections.html",
    "http://en.wikipedia.org/wiki/Xz")
y <- mapply(readLines, con=url)

这两个语句成功运行。在下面,我创建了一个不存在的网址:

url <- c("xxxxx", "http://en.wikipedia.org/wiki/Xz")

url[1]不存在。一个人如何编写一个trycatch循环(函数),以便:

  1. 如果URL错误,输出将为:“ Web URL错误,无法获取”。
  2. 如果URL错误,代码不会停止,而是继续下载直到URL列表的末尾?

Answers:


625

好吧:欢迎来到R世界;-)

干得好

设置代码

urls <- c(
    "http://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/base/html/connections.html",
    "http://en.wikipedia.org/wiki/Xz",
    "xxxxx"
)
readUrl <- function(url) {
    out <- tryCatch(
        {
            # Just to highlight: if you want to use more than one 
            # R expression in the "try" part then you'll have to 
            # use curly brackets.
            # 'tryCatch()' will return the last evaluated expression 
            # in case the "try" part was completed successfully

            message("This is the 'try' part")

            readLines(con=url, warn=FALSE) 
            # The return value of `readLines()` is the actual value 
            # that will be returned in case there is no condition 
            # (e.g. warning or error). 
            # You don't need to state the return value via `return()` as code 
            # in the "try" part is not wrapped insided a function (unlike that
            # for the condition handlers for warnings and error below)
        },
        error=function(cond) {
            message(paste("URL does not seem to exist:", url))
            message("Here's the original error message:")
            message(cond)
            # Choose a return value in case of error
            return(NA)
        },
        warning=function(cond) {
            message(paste("URL caused a warning:", url))
            message("Here's the original warning message:")
            message(cond)
            # Choose a return value in case of warning
            return(NULL)
        },
        finally={
        # NOTE:
        # Here goes everything that should be executed at the end,
        # regardless of success or error.
        # If you want more than one expression to be executed, then you 
        # need to wrap them in curly brackets ({...}); otherwise you could
        # just have written 'finally=<expression>' 
            message(paste("Processed URL:", url))
            message("Some other message at the end")
        }
    )    
    return(out)
}

应用代码

> y <- lapply(urls, readUrl)
Processed URL: http://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/base/html/connections.html
Some other message at the end
Processed URL: http://en.wikipedia.org/wiki/Xz
Some other message at the end
URL does not seem to exist: xxxxx
Here's the original error message:
cannot open the connection
Processed URL: xxxxx
Some other message at the end
Warning message:
In file(con, "r") : cannot open file 'xxxxx': No such file or directory

调查输出

> head(y[[1]])
[1] "<!DOCTYPE html PUBLIC \"-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN\">"      
[2] "<html><head><title>R: Functions to Manipulate Connections</title>"      
[3] "<meta http-equiv=\"Content-Type\" content=\"text/html; charset=utf-8\">"
[4] "<link rel=\"stylesheet\" type=\"text/css\" href=\"R.css\">"             
[5] "</head><body>"                                                          
[6] ""    

> length(y)
[1] 3

> y[[3]]
[1] NA

补充说明

试着抓

tryCatchexpr除非有错误或警告,否则返回与执行相关的值。在这种情况下,return(NA)可以通过提供相应的处理函数(请参阅参数errorwarning中的?tryCatch)来指定特定的返回值(请参见上文)。这些可以是已经存在的函数,但是您也可以在内部定义它们tryCatch()(就像我上面所做的那样)。

选择处理程序函数的特定返回值的含义

如我们所指定的,NA如果出现错误应返回,其中的第三个元素yNA。如果我们选择NULL将其作为返回值,则其长度y将一直为,2而不是3那样,lapply()而只是“忽略”返回值are NULL。还要注意,如果您没有通过指定显式的返回值return(),则处理程序函数将返回NULL(即,在出现错误或警告条件的情况下)。

“不希望的”警告消息

由于warn=FALSE似乎没有任何效果,另一种方式来抑制警告(在这种情况下是不是真的感兴趣)是使用

suppressWarnings(readLines(con=url))

代替

readLines(con=url, warn=FALSE)

多种表达

请注意,您也可以放置在“实际表达的一部分”多个表达式(参数exprtryCatch()),如果你在大括号包起来(就像我在所示finally部分)。


给定paste函数中的第一个字符串以空格结尾,为什么不省略空格和sep=""
seancarmody 2012年

2
@seancarmody:true ;-)我只是习惯将更长/更复杂的字符串放在一起,因为我必须通过实际写出它们来控制空格。
拉珀斯特(Rappster)2012年

3
您应该paste0为此使用!
seancarmody 2012年

6
paste0() 在碱。在内部,都paste()paste0()通话do_pastepaste.c。唯一的区别是paste0()不传递sep参数。
jthetzel

1
@JulienNavarre:请记住,“ try部分”总是返回最后一个对象(当前readLines(con=url, warn=FALSE)这可能会出错)。因此,如果您想添加一条消息,则需要将实际的retun值存储在一个变量中:在out <- readLines(con=url, warn=FALSE)其后message("Everything worked")跟随out以使它成为最后一个实际返回的对象
Rappster 2015年

69

R使用函数来实现try-catch块:

语法看起来像这样:

result = tryCatch({
    expr
}, warning = function(warning_condition) {
    warning-handler-code
}, error = function(error_condition) {
    error-handler-code
}, finally={
    cleanup-code
})

在tryCatch()中,可以处理两个“条件”:“警告”和“错误”。编写每个代码块时要了解的重要事项是执行状态和范围。 @资源


5
替换error-handler-codecat("web url is wrong, can't get")
seancarmody 2012年

2
您忽略了消息捕获
rawr

52

tryCatch具有稍微复杂的语法结构。但是,一旦我们理解了构成一个完整的tryCatch调用的4个部分,如下所示,就很容易记住:

expr:[ 必需 ]要评估的R代码

错误:[ 可选 ]如果在评估expr中的代码时发生错误,应该怎么办

警告:[ 可选 ]如果在评估expr中的代码时发生警告,应该怎么办

最终:[ 可选 ]退出tryCatch调用之前应该执行什么操作,而不管expr是否成功运行,是否有错误或警告

tryCatch(
    expr = {
        # Your code...
        # goes here...
        # ...
    },
    error = function(e){ 
        # (Optional)
        # Do this if an error is caught...
    },
    warning = function(w){
        # (Optional)
        # Do this if an warning is caught...
    },
    finally = {
        # (Optional)
        # Do this at the end before quitting the tryCatch structure...
    }
)

因此,一个用于计算值对数的玩具示例可能类似于:

log_calculator <- function(x){
    tryCatch(
        expr = {
            message(log(x))
            message("Successfully executed the log(x) call.")
        },
        error = function(e){
            message('Caught an error!')
            print(e)
        },
        warning = function(w){
            message('Caught an warning!')
            print(w)
        },
        finally = {
            message('All done, quitting.')
        }
    )    
}

现在,运行三种情况:

有效案例

log_calculator(10)
# 2.30258509299405
# Successfully executed the log(x) call.
# All done, quitting.

“警告”案

log_calculator(-10)
# Caught an warning!
# <simpleWarning in log(x): NaNs produced>
# All done, quitting.

“错误”案例

log_calculator("log_me")
# Caught an error!
# <simpleError in log(x): non-numeric argument to mathematical function>
# All done, quitting.

我写了一些我经常使用的有用用例。在此处查找更多详细信息:https : //rsangole.netlify.com/post/try-catch/

希望这会有所帮助。


34

这是一个简单的例子

# Do something, or tell me why it failed
my_update_function <- function(x){
    tryCatch(
        # This is what I want to do...
        {
        y = x * 2
        return(y)
        },
        # ... but if an error occurs, tell me what happened: 
        error=function(error_message) {
            message("This is my custom message.")
            message("And below is the error message from R:")
            message(error_message)
            return(NA)
        }
    )
}

如果您还想捕获“警告”,只需添加warning=与该error=零件类似的零件即可。


1
expr零件周围应该有大括号,因为有两行而不是一行?
保罗

谢谢!经过仔细检查,我看不到需要大括号
Paul,

感谢您仔细检查。当我运行您的代码时,我得到了Error: unexpected ')' in " )"Error: unexpected ')' in " )"。添加一对大括号即可解决此问题。
保罗

对于大多数用例,您是对的,谢谢!已修复。
Paul

23

由于我一生只花了两天时间试图为一个irr函数求解tryCatch,所以我认为我应该分享自己的智慧(以及所缺少的)。FYI-在这种情况下,irr是FinCal的一项实际功能,在少数情况下,大型数据集会出现错误。

  1. 将tryCatch设置为函数的一部分。例如:

    irr2 <- function (x) {
      out <- tryCatch(irr(x), error = function(e) NULL)
      return(out)
    }
  2. 为了使错误(或警告)生效,您实际上需要创建一个函数。我最初是为错误部分写的error = return(NULL),所有值都返回null。

  3. 记住要创建一个子输出(例如我的“ out”)和return(out)


3
为什么3号是必要的?
jan-glx
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