R脚本行号有误吗？

如果我从命令行（R --slave script.R）运行一个较长的R脚本，如何获取错误的行号？

我根本不想在脚本中添加调试命令-我只希望R像大多数其他脚本语言一样工作...

这不会提供行号，但是会告诉您调用堆栈中失败的位置，这非常有帮助：

traceback()

[编辑：]从命令行运行脚本时，您将不得不跳过一两个调用，有关交互式和非交互式R会话，请参见traceback（）

如果没有通常的调试怀疑，我不知道另一种方法：

1. debug（）
2. 浏览器（）
3. options（error = recover）[后接options（error = NULL）以将其还原]

您可能需要查看此相关文章。

[编辑：]对不起...只是看到您正在从命令行运行它。在那种情况下，我建议您使用options（error）功能。这是一个简单的例子：

options(error = quote({dump.frames(to.file=TRUE); q()}))

您可以在错误情况下根据需要创建详细的脚本，因此您只需要确定调试所需的信息即可。

否则，如果您担心某些特定区域（例如，连接到数据库），则将它们包装在tryCatch（）函数中。

这样做options(error=traceback)提供了有关导致错误的行内容的更多信息。如果存在错误，则会导致出现回溯，对于某些错误，它的行号以开头#。但是无论碰到还是错过，很多错误不会得到行号。

R 2.10及更高版本将对此提供支持。邓肯·默多克（Duncan Murdoch）于2009年9月10日发布在r-devel上，关于findLineNum和setBreapoint：

我刚刚在R-devel中添加了几个函数来帮助调试。 findLineNum()查找哪个函数的哪一行对应于特定的源代码行；setBreakpoint()接受的输出findLineNum，并调用trace()在那里设置断点。

这些依赖于在代码中具有源引用调试信息。这是读取的代码的默认值source()，而不是软件包的默认值。要获取包代码中的源引用，请设置环境变量R_KEEP_PKG_SOURCE=yes，或在R中设置set options(keep.source.pkgs=TRUE)，然后从源代码安装包。阅读?findLineNum有关如何告诉它在程序包中进行搜索的详细信息，而不是将搜索限制在全局环境中。

例如，

x <- " f <- function(a, b) {
             if (a > b)  {
                 a
             } else {
                 b
             }
         }"


eval(parse(text=x))  # Normally you'd use source() to read a file...

findLineNum("<text>#3")   # <text> is a dummy filename used by
parse(text=)

这将打印

 f step 2,3,2 in <environment: R_GlobalEnv>

你可以使用

setBreakpoint("<text>#3")

在此处设置断点。

代码中仍然存在一些局限性（可能还有错误）。我会修复

您可以通过设置

options(show.error.locations = TRUE)

我只是想知道为什么该设置不是R中的默认设置？应该如此，就像其他所有语言一样。

指定全局R选项来处理非灾难性错误对我来说很有效，并且自定义工作流用于保留有关错误的信息并在故障后检查此信息。我当前正在运行R版本3.4.1。下面，我提供了适用于我的工作流程的描述，以及一些我用来在R中设置全局错误处理选项的代码。

根据我的配置，错误处理还会在错误发生时创建一个RData文件，其中包含工作内存中的所有对象。可以使用将该转储读回到R load()，然后可以使用交互检查发生错误时存在的各种环境debugger(errorDump)。

我将注意到，我能够traceback()从堆栈中的任何自定义函数的输出中获取行号，但前提是我keep.source=TRUE在调用source()脚本中使用的任何自定义函数时使用了该选项。如果没有此选项，则按如下所示设置全局错误处理选项会将的完整输出发送traceback()到名为的错误日志中error.log，但是行号不可用。

这是我在工作流程中采取的一般步骤，以及在非交互式R失败后如何访问内存转储和错误日志。

1. 我将以下内容放在从命令行调用的主脚本的顶部。这将为R会话设置全局错误处理选项。我的主脚本叫做myMainScript.R。代码中的各行之后都有注释，描述了它们的作用。基本上，使用此选项时，当R遇到触发错误的错误时stop()，它将在目录中的所有活动环境中创建工作内存的RData（* .rda）转储文件，~/myUsername/directoryForDump并且还将错误日志命名error.log为一些有用信息。同一目录。您可以修改此代码段，以增加对错误的其他处理（例如，将时间戳记添加到转储文件和错误日志文件名等）。

   options(error = quote({
     setwd('~/myUsername/directoryForDump'); # Set working directory where you want the dump to go, since dump.frames() doesn't seem to accept absolute file paths.
     dump.frames("errorDump", to.file=TRUE, include.GlobalEnv=TRUE); # First dump to file; this dump is not accessible by the R session.
     sink(file="error.log"); # Specify sink file to redirect all output.
     dump.frames(); # Dump again to be able to retrieve error message and write to error log; this dump is accessible by the R session since not dumped to file.
     cat(attr(last.dump,"error.message")); # Print error message to file, along with simplified stack trace.
     cat('\nTraceback:');
     cat('\n');
     traceback(2); # Print full traceback of function calls with all parameters. The 2 passed to traceback omits the outermost two function calls.
     sink();
     q()}))

2. 确保从主脚本和任何后续函数调用中，无论何时获取函数，keep.source=TRUE都使用该选项。也就是说，要使用函数，可以使用source('~/path/to/myFunction.R', keep.source=TRUE)。这是traceback()输出包含行号所必需的。看来您也可以使用来全局设置此选项options( keep.source=TRUE )，但我尚未对其进行测试以查看其是否有效。如果不需要行号，则可以省略此选项。

3. 从终端（R外部），使用批处理模式调用主脚本Rscript myMainScript.R。这将启动一个新的非交互式R会话并运行脚本myMainScript.R。已放置在步骤1顶部的步骤1中给出的代码段myMainScript.R设置了非交互式R会话的错误处理选项。
4. 在执行时遇到错误myMainScript.R。这可以在主脚本本身中，也可以嵌套在多个函数中。遇到错误时，将按照步骤1中的指定执行处理，R会话将终止。
5. 在全局错误处理选项设置所指定的目录中创建名为RData转储文件errorDump.rda和和名为错误日志error.log的目录'~/myUsername/directoryForDump'。

6. 在您闲暇时，检查error.log以查看有关错误的信息，包括错误消息本身以及导致错误的完整堆栈跟踪。这是错误时生成的日志的示例；请注意，字符后的#数字是调用堆栈中各个点处的错误的行号：

   Error in callNonExistFunc() : could not find function "callNonExistFunc"
   Calls: test_multi_commodity_flow_cmd -> getExtendedConfigDF -> extendConfigDF
   
   Traceback:
   3: extendConfigDF(info_df, data_dir = user_dir, dlevel = dlevel) at test_multi_commodity_flow.R#304
   2: getExtendedConfigDF(config_file_path, out_dir, dlevel) at test_multi_commodity_flow.R#352
   1: test_multi_commodity_flow_cmd(config_file_path = config_file_path, 
   spot_file_path = spot_file_path, forward_file_path = forward_file_path, 
   data_dir = "../", user_dir = "Output", sim_type = "spot", 
   sim_scheme = "shape", sim_gran = "hourly", sim_adjust = "raw", 
   nsim = 5, start_date = "2017-07-01", end_date = "2017-12-31", 
   compute_averages = opt$compute_averages, compute_shapes = opt$compute_shapes, 
   overwrite = opt$overwrite, nmonths = opt$nmonths, forward_regime = opt$fregime, 
   ltfv_ratio = opt$ltfv_ratio, method = opt$method, dlevel = 0)

7. 您可以在闲暇时errorDump.rda使用加载到交互式R会话中load('~/path/to/errorDump.rda')。加载后，调用debugger(errorDump)以浏览任何活动环境中内存中的所有R对象。有关debugger()更多信息，请参见R帮助。

在某些类型的生产环境中运行R时，如果您在命令行中启动了非交互式R会话，并且希望保留有关意外错误的信息，则此工作流程将非常有用。将内存转储到文件中的功能，可以在发生错误时检查工作内存，并且在调用堆栈中具有错误的行号，有助于快速地对导致错误的原因进行事后调试。

首先，options(show.error.locations = TRUE)然后traceback()。错误行号将显示在＃之后