在Ubuntu 12.04中，我安装了来自sun / oracle的jdk7。当时locate jni.h，它将打印多个位置
/usr/lib/jvm/java-6-openjdk-amd64/include/jni.h
/usr/lib/jvm/jdk1.7.0_07/include/jni.h
...
在JDK生成的头文件中，存在include <jni.h>，并且当前它抱怨
fatal error: jni.h: No such file or directory.
在my中Makefile，没有指定位置的说明jni.h。我在问是否可以配置某些系统参数以使jni.h（例如/usr/lib/jvm/jdk1.7.0_07/include/jni.h）的路径在编译时已知。
JVM_HOME环境变量，并从makefile中引用它（我认为）：-I$JVM_HOME/include
Answers:
您必须告诉编译器包含目录在哪里。像这样：
gcc -I/usr/lib/jvm/jdk1.7.0_07/include
但这取决于您的makefile。
它需要jni.h和jni_md.h文件，尝试这个
gcc -I/usr/lib/jvm/jdk1.7.0_07/include \
-I/usr/lib/jvm/jdk1.7.0_07/include/linux filename.c
这将包括广泛的JNI文件和linux必需的文件
gcc -I/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_73.jdk/Contents/Home/include/给我以下错误：clang: error: no input files
安装OpenJDK开发套件（JDK）应该可以解决您的问题。
sudo apt-get install openjdk-X-jdk
这应该使您能够毫无问题地进行编译。
使用以下代码：
make -I/usr/lib/jvm/jdk*/include
其中，jdk *是您的jdk安装目录名称（例如jdk1.7.0）。
而且，由于下载和安装的JDK版本不同，目录名称也会有所不同，因此不会有系统范围的解决方案。如果需要自动化解决方案，请将所有命令包含在一个脚本中，然后在Terminal中运行该脚本。
将JAVA_INCLUDE_DIR设置为jni.h所在的位置应该可以解决您的问题（设置CPPFLAGS对我不起作用）
假设它是/ usr / lib64 / java / include;
export JAVA_INCLUDE_DIR=/usr/lib64/java/include
没有发布的解决方案对我有用。
我必须vi进入Makefile并编辑路径，以便include文件夹和OS子系统（在我的情况下-I/usr/lib/jvm/java-8-openjdk-amd64/include/linux）的路径正确。这让我跑make，并make install没有问题。
对我来说，确保包含JDK安装是一件简单的事情（我只有JRE）。我的R CMD javareconf输出看起来像：
Java interpreter : /usr/lib/jvm/java-8-openjdk-amd64/jre/bin/java
Java version : 1.8.0_191
Java home path : /usr/lib/jvm/java-8-openjdk-amd64/jre
Java compiler : not present
Java headers gen.:
Java archive tool:
trying to compile and link a JNI program
detected JNI cpp flags :
detected JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/lib/amd64/server -ljvm
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -fpic -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c conftest.c -o conftest.o
conftest.c:1:17: fatal error: jni.h: No such file or directory
compilation terminated.
/usr/lib/R/etc/Makeconf:159: recipe for target 'conftest.o' failed
make: *** [conftest.o] Error 1
Unable to compile a JNI program
JAVA_HOME : /usr/lib/jvm/java-8-openjdk-amd64/jre
Java library path:
JNI cpp flags :
JNI linker flags :
Updating Java configuration in /usr/lib/R
Done.
确实include，我的档案中没有文件$JAVA_HOME。很简单的补救措施：
sudo apt-get install openjdk-8-jre openjdk-8-jdk
（请注意，这是专门用于安装openJDK而不是Oracle的安装）
事后一切顺利：
Java interpreter : /usr/lib/jvm/java-8-openjdk-amd64/jre/bin/java
Java version : 1.8.0_191
Java home path : /usr/lib/jvm/java-8-openjdk-amd64/jre
Java compiler : /usr/lib/jvm/java-8-openjdk-amd64/jre/../bin/javac
Java headers gen.: /usr/lib/jvm/java-8-openjdk-amd64/jre/../bin/javah
Java archive tool: /usr/lib/jvm/java-8-openjdk-amd64/jre/../bin/jar
trying to compile and link a JNI program
detected JNI cpp flags : -I$(JAVA_HOME)/../include -I$(JAVA_HOME)/../include/linux
detected JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/lib/amd64/server -ljvm
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -I/usr/lib/jvm/java-8-openjdk-amd64/jre/../include -I/usr/lib/jvm/java-8-openjdk-amd64/jre/../include/linux -fpic -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c conftest.c -o conftest.o
g++ -shared -L/usr/lib/R/lib -Wl,-Bsymbolic-functions -Wl,-z,relro -o conftest.so conftest.o -L/usr/lib/jvm/java-8-openjdk-amd64/jre/lib/amd64/server -ljvm -L/usr/lib/R/lib -lR
JAVA_HOME : /usr/lib/jvm/java-8-openjdk-amd64/jre
Java library path: $(JAVA_HOME)/lib/amd64/server
JNI cpp flags : -I$(JAVA_HOME)/../include -I$(JAVA_HOME)/../include/linux
JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/lib/amd64/server -ljvm
Updating Java configuration in /usr/lib/R
Done.
以上答案为您提供了一个硬编码的路径解决方案。在许多级别（Java版本更改，操作系统更改等）上，这都是不好的。
较干净的解决方案是添加：
JAVA_HOME = $(shell dirname $$(readlink -f $$(which java))|sed 's^jre/bin^^')
在makefile顶部附近，然后添加：
-I$(JAVA_HOME)/include
给你的include标志。
我发布此消息是因为我遇到了同样的问题，并且花了太多时间在错误的答案上进行谷歌搜索（我正在多个平台上构建应用程序，因此构建环境需要可移植）。
-I$(JAVA_HOME)/include到make.sh吗？这样做给了我一个错误。
-I/usr/lib/jvm/jdk1.7.0_07/include到编译器标志。