Cython：“严重错误：numpy / arrayobject.h：没有此类文件或目录”

我试图加快答案在这里使用用Cython。我尝试编译代码（在完成此处cygwinccompiler.py介绍的hack 之后），但出现错误。谁能告诉我我的代码是否有问题，或者Cython有点神秘？fatal error: numpy/arrayobject.h: No such file or directory...compilation terminated

下面是我的代码。

import numpy as np
import scipy as sp
cimport numpy as np
cimport cython

cdef inline np.ndarray[np.int, ndim=1] fbincount(np.ndarray[np.int_t, ndim=1] x):
    cdef int m = np.amax(x)+1
    cdef int n = x.size
    cdef unsigned int i
    cdef np.ndarray[np.int_t, ndim=1] c = np.zeros(m, dtype=np.int)

    for i in xrange(n):
        c[<unsigned int>x[i]] += 1

    return c

cdef packed struct Point:
    np.float64_t f0, f1

@cython.boundscheck(False)
def sparsemaker(np.ndarray[np.float_t, ndim=2] X not None,
                np.ndarray[np.float_t, ndim=2] Y not None,
                np.ndarray[np.float_t, ndim=2] Z not None):

    cdef np.ndarray[np.float64_t, ndim=1] counts, factor
    cdef np.ndarray[np.int_t, ndim=1] row, col, repeats
    cdef np.ndarray[Point] indices

    cdef int x_, y_

    _, row = np.unique(X, return_inverse=True); x_ = _.size
    _, col = np.unique(Y, return_inverse=True); y_ = _.size
    indices = np.rec.fromarrays([row,col])
    _, repeats = np.unique(indices, return_inverse=True)
    counts = 1. / fbincount(repeats)
    Z.flat *= counts.take(repeats)

    return sp.sparse.csr_matrix((Z.flat,(row,col)), shape=(x_, y_)).toarray()

在你里面setup.py，Extension应该有论据include_dirs=[numpy.get_include()]。

另外，您np.import_array()的代码中缺少您。

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示例setup.py：

from distutils.core import setup, Extension
from Cython.Build import cythonize
import numpy

setup(
    ext_modules=[
        Extension("my_module", ["my_module.c"],
                  include_dirs=[numpy.get_include()]),
    ],
)

# Or, if you use cythonize() to make the ext_modules list,
# include_dirs can be passed to setup()

setup(
    ext_modules=cythonize("my_module.pyx"),
    include_dirs=[numpy.get_include()]
)    

对于像您这样的单文件项目，另一种选择是使用pyximport。setup.py如果使用IPython，则无需创建... ...甚至无需打开命令行...都非常方便。您可以尝试在IPython或普通的Python脚本中运行以下命令：

import numpy
import pyximport
pyximport.install(setup_args={"script_args":["--compiler=mingw32"],
                              "include_dirs":numpy.get_include()},
                  reload_support=True)

import my_pyx_module

print my_pyx_module.some_function(...)
...

当然，您可能需要编辑编译器。这使得导入和重新加载对.pyx文件的作用与对文件的作用相同.py。

资料来源：http : //wiki.cython.org/InstallingOnWindows

该错误意味着在编译过程中找不到numpy头文件。

尝试这样做export CFLAGS=-I/usr/lib/python2.7/site-packages/numpy/core/include/，然后进行编译。这是几个不同软件包的问题。在ArchLinux中，存在针对同一问题的错误： https //bugs.archlinux.org/task/22326

简单的答案

一种更简单的方法是将路径添加到文件中distutils.cfg。默认情况下，它代表Windows 7的路径C:\Python27\Lib\distutils\。您只需声明以下内容即可解决：

[build_ext]
include_dirs= C:\Python27\Lib\site-packages\numpy\core\include

整个配置文件

为了给您一个示例，配置文件的外观，我的整个文件显示为：

[build]
compiler = mingw32

[build_ext]
include_dirs= C:\Python27\Lib\site-packages\numpy\core\include
compiler = mingw32

它应该能够在此处cythonize()提到的函数中执行此操作，但是由于存在已知问题，因此它不起作用

如果您懒得编写设置文件并弄清楚包含目录的路径，请尝试cyper。它可以编译您的Cython代码并进行设置include_dirs自动为Numpy。

将您的代码加载到字符串中，然后简单地运行cymodule = cyper.inline(code_string)，然后您的函数cymodule.sparsemaker即刻可用。像这样

code = open(your_pyx_file).read()
cymodule = cyper.inline(code)

cymodule.sparsemaker(...)
# do what you want with your function

您可以通过安装cyper pip install cyper。