错误：C堆栈使用率太接近限制

我正在尝试在R中运行一些相当深的递归代码，但它一直给我这个错误：

错误：C堆栈使用率太接近限制

我的输出CStack_info()是：

Cstack_info()
    size    current  direction eval_depth 
67108864       8120          1          2 

我的机器上有足够的内存，我只是想弄清楚如何增加R的CStack。

编辑：有人要求一个可复制的例子。这是导致问题的一些基本示例代码。多次运行f（1,1），您会收到错误消息。请注意，我已经设置了--max-ppsize = 500000和options（expressions = 500000），因此，如果您未设置这些参数，则可能会收到关于这两件事之一的错误。如您所见，递归在这里可以进行得很深入，我不知道如何使它一致地工作。谢谢。

f <- function(root=1,lambda=1) {
    x <- c(0,1);
    prob <- c(1/(lambda+1),lambda/(lambda+1));
        repeat {
      if(root == 0) {
        break;
      }
      else {
        child <- sample(x,2,replace=TRUE,prob);
        if(child[1] == 0 && child[2] == 0) {
          break;
        }
        if(child[1] == 1) {
          child[1] <- f(root=child[1],lambda);
        }
        if(child[2] == 1 && child[1] == 0) {
          child[2] <- f(root=child[2],lambda);
        }
      }
      if(child[1] == 0 && child[2] == 0) {
        break;
      }
      if(child[1] == 1 || child[2] == 1) {
        root <- sample(x,1,replace=TRUE,prob);
      }
        }
    return(root)
}

堆栈大小是一个操作系统参数，可按进程调整（请参阅参考资料setrlimit(2)）。据我所知，您不能在R内对其进行调整，但是可以在启动R之前使用ulimit命令从Shell对其进行调整。它是这样的：

$ ulimit -s # print default
8192
$ R --slave -e 'Cstack_info()["size"]'
   size 
8388608

8388608 = 1024 * 8192; R打印与相同的值ulimit -s，但以字节而不是千字节为单位。

$ ulimit -s 16384 # enlarge stack limit to 16 megs
$ R --slave -e 'Cstack_info()["size"]'
    size 
16777216 

要对此设置进行永久性调整，请将ulimit命令添加到您的Shell启动文件中，以便在您每次登录时都会执行该命令。我无法给出更具体的说明，因为它完全取决于您拥有的外壳和所用的东西。我也不知道如何登录图形环境（如果您不在终端窗口中运行R，这将是相关的）。

我怀疑，不管堆栈限制如何，您最终都会获得太深的递归。例如，对于lambda = Inf，f（1）无限期地导致立即递归。递归的深度似乎是一个随机游动，有一些可能性r会更深，1- r会完成当前递归。在达到堆栈限制时，您已经“深入”了很多步骤。这意味着r> 1/2，并且大部分时间您将继续递归。

同样，即使面对无限递归，似乎也几乎有可能得出解析或至少数值解。可以将p定义为f（1）== 1的概率，在单次迭代后为“子”状态编写隐式表达式，然后将它们与p相等，然后求解。然后，可以将p用作从二项式分布单次抽签成功的机会。

此错误不是由于内存，而是由于递归。函数正在调用自身。为了说明这一点，这是两个相互调用的函数的最小示例：

change_to_factor <- function(x){
  x <- change_to_character(x)
  as.factor(x)
} 

change_to_character <- function(x){
  x <- change_to_factor(x)
  as.character(x)
}

change_to_character("1")

错误：C堆栈使用量7971600太接近限制

这些函数将继续递归调用，理论上将永远不会完成。只有系统内的检查才能防止这种情况无限期地发生，并避免消耗计算机的所有计算资源。您需要更改函数以确保它们不会递归调用自己（或彼此调用）。

发生这种情况的原因完全不同。我在合并两列时意外创建了一个超长字符串：

output_table_subset = mutate(big_data_frame,
     combined_table = paste0(first_part, second_part, col = "_"))

代替

output_table_subset = mutate(big_data_frame,
     combined_table = paste0(first_part, second_part, sep = "_"))

永远让我想办法解决这个问题，因为我从未想到粘贴会导致问题。

我遇到了同样的问题，即收到“ C堆栈使用率太接近限制”错误（尽管是另一个应用程序，而不是上面的user2045093所述的应用程序）。我尝试了zwol的建议，但没有成功。

令我自己惊讶的是，我可以通过安装OS X的最新版本R（当前：版本3.2.3）和OS X的R Studio最新版本（当前：0.99.840）来解决该问题，因为正在与R Studio合作。

希望这对您也有帮助。

这里的一个问题可能是您在f内部调用

plop <- function(a = 2){
  pouet <- sample(a)
  plop(pouet)
}
plop()
Erreur : évaluations trop profondément imbriquées : récursion infinie / options(expressions=) ?
Erreur pendant l'emballage (wrapup) : évaluations trop profondément imbriquées : récursion infinie / options(expressions=) ?

对于所有人的信息，我突然在Windows 7（64位）上的R 3.6.1中遇到了这一问题。以前这不是问题，现在当我尝试“保存（。）”数据甚至执行“ save.image（。）”时，堆栈限制似乎随处可见。就像序列化将这些堆栈吹走了。

我正在认真考虑回落到3.6.0。那里没有发生。

我的情况也许是一个更独特的案例，但可能会帮助有这个确切问题的少数人：

我的情况绝对与空间使用无关，R仍然给出了：
C stack usage is too close to the limit

我有一个定义的函数，它是基本函数的升级：

saveRDS（）

但是，
偶然地，这个定义的函数被调用saveRDS()而不是safe_saveRDS()。
因此，超过该定义后，当代码实际使用到wihch时saveRDS(...)（调用原始基本版本，而不是升级版本）时，它给出了以上错误并被粉碎。

因此，如果在调用某些保存功能时遇到该错误，请查看是否没有意外地运行它。

正如马丁·摩根（Martin Morgan）所写的那样……问题是您对递归的了解太深了。如果递归完全不收敛，则需要自己中断。我希望这段代码能正常工作，因为它未经测试。但是，至少一点在这里应该清楚。

f <- function(root=1,lambda=1,depth=1) {
 if(depth > 256){
  return(NA)
 }
 x <- c(0,1);
 prob <- c(1/(lambda+1),lambda/(lambda+1));
 repeat {
  if(root == 0) {
    break;
  } else {
   child <- sample(x,2,replace=TRUE,prob);
   if(child[1] == 0 && child[2] == 0) {
     break;
   }
   if(child[1] == 1) {
     child[1] <- f(root=child[1],lambda,depth+1);
   }
   if(child[2] == 1 && child[1] == 0) {
     child[2] <- f(root=child[2],lambda,depth+1);
   }
  }
  if(child[1] == NA | child[2] == NA){
   return NA;
  }
  if(child[1] == 0 && child[2] == 0) {
    break;
  }
  if(child[1] == 1 || child[2] == 1) {
    root <- sample(x,1,replace=TRUE,prob);
  }
 }
 return(root)
}

引起相同问题的另一种方法：

library(debug)
mtrace(lapply)

递归调用在这里不那么明显。

如果您使用plot_ly，请检查要传递的列。似乎对于POSIXdt / ct列，必须先使用as.character（），然后再传递给plotly否则您将获得此异常！

我经常source("path/to/file/thefile.R")在R脚本的顶部添加注释行，例如thefile.R，因此我可以轻松地将其复制粘贴到终端中以运行它。如果忘记注释掉该行，则会出现此错误，因为运行文件会运行文件，文件会运行文件，文件会运行文件...

如果这是原因，那么解决方案很简单：注释掉该行。