我如何遍历文本文件的每一行 Bash？

使用此脚本：

echo "Start!"
for p in (peptides.txt)
do
    echo "${p}"
done

我在屏幕上得到以下输出：

Start!
./runPep.sh: line 3: syntax error near unexpected token `('
./runPep.sh: line 3: `for p in (peptides.txt)'

（后来我想做些更复杂的事情 $p不只是输出到屏幕上。）

环境变量SHELL是（来自env）：

SHELL=/bin/bash

/bin/bash --version 输出：

GNU bash, version 3.1.17(1)-release (x86_64-suse-linux-gnu)
Copyright (C) 2005 Free Software Foundation, Inc.

cat /proc/version 输出：

Linux version 2.6.18.2-34-default (geeko@buildhost) (gcc version 4.1.2 20061115 (prerelease) (SUSE Linux)) #1 SMP Mon Nov 27 11:46:27 UTC 2006

肽文件.txt文件包含：

RKEKNVQ
IPKKLLQK
QYFHQLEKMNVK
IPKKLLQK
GDLSTALEVAIDCYEK
QYFHQLEKMNVKIPENIYR
RKEKNVQ
VLAKHGKLQDAIN
ILGFMK
LEDVALQILL

一种方法是：

while read p; do
  echo "$p"
done <peptides.txt

正如评论中指出的那样，这样做的副作用是修剪前导空白，解释反斜杠序列以及在缺少最后一个换行符的情况下跳过最后一行。如果有这些问题，可以执行以下操作：

while IFS="" read -r p || [ -n "$p" ]
do
  printf '%s\n' "$p"
done < peptides.txt

如果循环体可以从标准输入中读取异常，则可以使用其他文件描述符打开文件：

while read -u 10 p; do
  ...
done 10<peptides.txt

在这里，10只是一个任意数字（不同于0、1、2）。

cat peptides.txt | while read line 
do
   # do something with $line here
done

和单线变体：

cat peptides.txt | while read line; do something_with_$line_here; done

如果没有尾随换行，这些选项将跳过文件的最后一行。

您可以通过以下方法避免这种情况：

cat peptides.txt | while read line || [[ -n $line ]];
do
   # do something with $line here
done

选项1a： While循环：一次一行：输入重定向

#!/bin/bash
filename='peptides.txt'
echo Start
while read p; do 
    echo $p
done < $filename

选项1b： While循环：一次一行：
打开文件，从文件描述符（在本例中为文件描述符＃4）读取。

#!/bin/bash
filename='peptides.txt'
exec 4<$filename
echo Start
while read -u4 p ; do
    echo $p
done

这并不比其他答案更好，但是是在没有空格的文件中完成工作的另一种方法（请参见注释）。我发现我经常需要一线来挖掘文本文件中的列表，而无需使用单独的脚本文件的额外步骤。

for word in $(cat peptides.txt); do echo $word; done

这种格式使我可以将所有内容放在一个命令行中。将“ echo $ word”部分更改为所需的内容，然后可以发出多个由分号分隔的命令。下面的示例将文件的内容用作您可能编写的其他两个脚本的参数。

for word in $(cat peptides.txt); do cmd_a.sh $word; cmd_b.py $word; done

或者，如果您打算像流编辑器（学习sed）那样使用它，则可以将输出转储到另一个文件，如下所示。

for word in $(cat peptides.txt); do cmd_a.sh $word; cmd_b.py $word; done > outfile.txt

我使用了上面写的这些内容，因为我使用的是文本文件，每行只有一个单词。（请参阅注释）如果您有不想分割单词/行的空格，它会变得有些难看，但是相同的命令仍然可以按如下方式工作：

OLDIFS=$IFS; IFS=$'\n'; for line in $(cat peptides.txt); do cmd_a.sh $line; cmd_b.py $line; done > outfile.txt; IFS=$OLDIFS

这只是告诉外壳程序仅在换行符上分割而不是在空格上分割，然后将环境返回到以前的状态。此时，您可能需要考虑将其全部放入shell脚本中，而不是将其全部压缩到一行中。

祝你好运！

其他答案未涵盖的其他内容：

从定界文件读取

# ':' is the delimiter here, and there are three fields on each line in the file
# IFS set below is restricted to the context of `read`, it doesn't affect any other code
while IFS=: read -r field1 field2 field3; do
  # process the fields
  # if the line has less than three fields, the missing fields will be set to an empty string
  # if the line has more than three fields, `field3` will get all the values, including the third field plus the delimiter(s)
done < input.txt

使用进程替换从另一个命令的输出中读取

while read -r line; do
  # process the line
done < <(command ...)

这种方法比command ... | while read -r line; do ...因为它的while循环在当前外壳程序中运行而不是在子外壳程序中运行（后者更好）更好。参见相关文章不记得在while循环内修改的变量。

例如，从空分隔的输入中读取 find ... -print0

while read -r -d '' line; do
  # logic
  # use a second 'read ... <<< "$line"' if we need to tokenize the line
done < <(find /path/to/dir -print0)

相关阅读： BashFAQ / 020-如何查找和安全处理包含换行符，空格或两者的文件名？

一次读取多个文件

while read -u 3 -r line1 && read -u 4 -r line2; do
  # process the lines
  # note that the loop will end when we reach EOF on either of the files, because of the `&&`
done 3< input1.txt 4< input2.txt

根据这里@chepner的回答：

-u是bash扩展。为了实现POSIX兼容性，每个调用看起来像read -r X <&3。

将整个文件读入数组（Bash版本低于4）

while read -r line; do
    my_array+=("$line")
done < my_file

如果文件以不完整的行结尾（末尾缺少换行符），则：

while read -r line || [[ $line ]]; do
    my_array+=("$line")
done < my_file

将整个文件读入数组（Bash 4x和更高版本）

readarray -t my_array < my_file

要么

mapfile -t my_array < my_file

然后

for line in "${my_array[@]}"; do
  # process the lines
done

• 有关shell内置命令read和readarray命令的更多信息-GNU

• 有关更多IFS-维基百科

• BashFAQ / 001-如何逐行（和/或逐字段）读取文件（数据流，变量）？

相关文章：

• 从Bash中的文本文件创建数组
• 您读取只有一行的文件的方法有什么区别？
• 与cat相比，bash同时读取循环极慢，为什么呢？

使用while循环，如下所示：

while IFS= read -r line; do
   echo "$line"
done <file

笔记：

1. 如果设置不IFS正确，则会缩进。

2. 您几乎应该始终将-r选项与read一起使用。

3. 不要用 for

假设您有以下文件：

$ cat /tmp/test.txt
Line 1
    Line 2 has leading space
Line 3 followed by blank line

Line 5 (follows a blank line) and has trailing space    
Line 6 has no ending CR

有四个元素会改变许多Bash解决方案读取的文件输出的含义：

1. 空白行4；
2. 两条线上的前导或尾随空格；
3. 保持各行的含义（即每行都是一条记录）；
4. 线路6未以CR终止。

如果要文本文件一行一行地包括空白行和不带CR的终止行，则必须使用while循环，并且必须对最后一行进行替代测试。

以下是可能更改文件的方法（与cat返回内容相比）：

1）丢失最后一行以及前导和尾随空格：

$ while read -r p; do printf "%s\n" "'$p'"; done </tmp/test.txt
'Line 1'
'Line 2 has leading space'
'Line 3 followed by blank line'
''
'Line 5 (follows a blank line) and has trailing space'

（如果while IFS= read -r p; do printf "%s\n" "'$p'"; done </tmp/test.txt改为这样做，则保留前导和尾随空格，但是如果最后一行没有以CR终止，则仍然会丢失最后一行）

2）使用with进行流程替换cat将一口气读取整个文件，并且失去了各行的含义：

$ for p in "$(cat /tmp/test.txt)"; do printf "%s\n" "'$p'"; done
'Line 1
    Line 2 has leading space
Line 3 followed by blank line

Line 5 (follows a blank line) and has trailing space    
Line 6 has no ending CR'

（如果"从$(cat /tmp/test.txt)文件中逐个读取文件而不是一个文件，则可能不是目的。）

逐行读取文件并保留所有间距的最可靠，最简单的方法是：

$ while IFS= read -r line || [[ -n $line ]]; do printf "'%s'\n" "$line"; done </tmp/test.txt
'Line 1'
'    Line 2 has leading space'
'Line 3 followed by blank line'
''
'Line 5 (follows a blank line) and has trailing space    '
'Line 6 has no ending CR'

如果要去除前导和交易空间，请删除IFS=零件：

$ while read -r line || [[ -n $line ]]; do printf "'%s'\n" "$line"; done </tmp/test.txt
'Line 1'
'Line 2 has leading space'
'Line 3 followed by blank line'
''
'Line 5 (follows a blank line) and has trailing space'
'Line 6 has no ending CR'

没有终止（文本文件\n，而相当普遍，被认为是POSIX断下。如果你能在后指望\n你不需要|| [[ -n $line ]]在while循环中。）

有关BASH常见问题的更多信息

如果您不希望换行符打乱您的阅读，请使用-

#!/bin/bash
while IFS='' read -r line || [[ -n "$line" ]]; do
    echo "$line"
done < "$1"

然后以文件名作为参数运行脚本。

#!/bin/bash
#
# Change the file name from "test" to desired input file 
# (The comments in bash are prefixed with #'s)
for x in $(cat test.txt)
do
    echo $x
done

这是我真实的示例，该示例如何循环另一个程序输出的行，检查子字符串，从变量中删除双引号，在循环外使用该变量。我想很多人迟早会问这些问题。

##Parse FPS from first video stream, drop quotes from fps variable
## streams.stream.0.codec_type="video"
## streams.stream.0.r_frame_rate="24000/1001"
## streams.stream.0.avg_frame_rate="24000/1001"
FPS=unknown
while read -r line; do
  if [[ $FPS == "unknown" ]] && [[ $line == *".codec_type=\"video\""* ]]; then
    echo ParseFPS $line
    FPS=parse
  fi
  if [[ $FPS == "parse" ]] && [[ $line == *".r_frame_rate="* ]]; then
    echo ParseFPS $line
    FPS=${line##*=}
    FPS="${FPS%\"}"
    FPS="${FPS#\"}"
  fi
done <<< "$(ffprobe -v quiet -print_format flat -show_format -show_streams -i "$input")"
if [ "$FPS" == "unknown" ] || [ "$FPS" == "parse" ]; then 
  echo ParseFPS Unknown frame rate
fi
echo Found $FPS

在循环外声明变量，设置值并在循环外使用它需要完成<<<“ $（...）”语法。应用程序需要在当前控制台的上下文中运行。命令周围的引号使输出流换行。

子字符串的循环匹配然后读取name = value对，拆分last =字符的右侧部分，删除第一个引号，删除最后一个引号，我们有一个干净的值可用于其他地方。

这来得很晚了，但是我以为这可能会对某人有所帮助，所以我添加了答案。同样，这可能不是最佳方法。head该命令可以与自-n变量一起使用以从文件开头读取n行，同样，该tail命令也可以从底部开始读取。现在，要从文件中获取第n行，我们需要n行，通过管道将数据通过管道传输到仅尾部的1行。

   TOTAL_LINES=`wc -l $USER_FILE | cut -d " " -f1 `
   echo $TOTAL_LINES       # To validate total lines in the file

   for (( i=1 ; i <= $TOTAL_LINES; i++ ))
   do
      LINE=`head -n$i $USER_FILE | tail -n1`
      echo $LINE
   done

@Peter：这可能为您解决-

echo "Start!";for p in $(cat ./pep); do
echo $p
done

这将返回输出-

Start!
RKEKNVQ
IPKKLLQK
QYFHQLEKMNVK
IPKKLLQK
GDLSTALEVAIDCYEK
QYFHQLEKMNVKIPENIYR
RKEKNVQ
VLAKHGKLQDAIN
ILGFMK
LEDVALQILL