从命令行运行R脚本

我有一个名为的文件，a.r它的编号chmod为755，

sayHello <- function(){
   print('hello')
}

sayHello()

如何通过命令行运行它？

如果要将输出打印到终端，最好使用Rscript

Rscript a.R

请注意，使用R CMD BATCH a.R该方法而不是将输出重定向到标准输出并在终端上显示时，将创建一个名为a.Rout的新文件。

R CMD BATCH a.R
# Check the output
cat a.Rout

使用Rscript时要注意的另一件事是，methods默认情况下它不会加载该程序包，这可能会引起混乱。因此，如果您依赖方法提供的任何内容，则需要在脚本中显式加载它。

如果您确实想使用./a.R调用脚本的方式，则可以#!在脚本顶部添加一个适当的名称

#!/usr/bin/env Rscript
sayHello <- function(){
   print('hello')
}

sayHello()

我还将注意到，如果您在* unix系统上运行，则有一个有用的littler软件包，该软件包可为R提供简单的命令行管道。可能需要使用littler通过脚本运行闪亮的应用程序吗？进一步的细节可以在这个问题中找到。

这不能直接回答问题。但是可能有人会在这里结束，因为他们想从终端运行R的oneliner。例如，如果您只想安装一些缺少的软件包并退出，则此oneliner会非常方便。当我突然发现我错过了一些软件包，并且想将它们安装到我想要的地方时，我经常使用它。

• 要安装到默认位置：

  R -e 'install.packages(c("package1", "package2"))'

• 要安装到需要root特权的位置：

  R -e 'install.packages(c("package1", "package2"), lib="/usr/local/lib/R/site-library")' 

从命令行运行R脚本的另一种方式是：

R < scriptName.R --no-save  

或与--save。

另请参见在命令行（终端）上使用R脚本的最佳方法是什么？。

您需要?Rscript命令从终端运行R脚本。

查看http://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/utils/html/Rscript.html

例

## example #! script for a Unix-alike

#! /path/to/Rscript --vanilla --default-packages=utils
args <- commandArgs(TRUE)
res <- try(install.packages(args))
if(inherits(res, "try-error")) q(status=1) else q()

如何通过多个命令在带有knitr和rmarkdown的命令中运行Rmd，然后将HTML文件上传到RPubs

这是一个示例：加载两个库并运行R命令

R -e 'library("rmarkdown");library("knitr");rmarkdown::render("NormalDevconJuly.Rmd")'

R -e 'library("markdown");rpubsUpload("normalDev","NormalDevconJuly.html")'

在* Unix系统上使用Rscript的另一种方法是Process Substitution。

Rscript <(zcat a.r)
# [1] "hello"

显然，它与接受的答案相同，但这使您可以在不保存命令行功能的情况下操纵和运行文件，例如：

Rscript <(sed s/hello/bye/ a.r)
# [1] "bye"

与此类似，Rscript -e "Rcode"它还允许运行时不保存到文件中。因此，它可以与生成R代码的脚本结合使用，例如：

Rscript <(echo "head(iris,2)")
# Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species
# 1          5.1         3.5          1.4         0.2  setosa
# 2          4.9         3.0          1.4         0.2  setosa

仅出于文档目的，有时您需要将脚本运行为sudo：

sudo Rscript path/to/your/file.R