dplyr summarise:等效于“ .drop = FALSE”,以在输出中保留长度为零的组


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summarise与with plyrddply函数一起使用时,默认情况下会删除空类别。您可以通过添加更改此行为.drop = FALSE。但是,当summarise与结合使用时,这是行不通的dplyr。还有另一种方法可以在结果中保留空类别吗?

这是伪造数据的示例。

library(dplyr)

df = data.frame(a=rep(1:3,4), b=rep(1:2,6))

# Now add an extra level to df$b that has no corresponding value in df$a
df$b = factor(df$b, levels=1:3)

# Summarise with plyr, keeping categories with a count of zero
plyr::ddply(df, "b", summarise, count_a=length(a), .drop=FALSE)

  b    count_a
1 1    6
2 2    6
3 3    0

# Now try it with dplyr
df %.%
  group_by(b) %.%
  summarise(count_a=length(a), .drop=FALSE)

  b     count_a .drop
1 1     6       FALSE
2 2     6       FALSE

不完全是我的期望。有没有dplyr达到同样的结果的方法.drop=FALSEplyr


Answers:


26

由于dplyr 0.8 group_by获得了.drop满足您要求的参数:

df = data.frame(a=rep(1:3,4), b=rep(1:2,6))
df$b = factor(df$b, levels=1:3)

df %>%
  group_by(b, .drop=FALSE) %>%
  summarise(count_a=length(a))

#> # A tibble: 3 x 2
#>   b     count_a
#>   <fct>   <int>
#> 1 1           6
#> 2 2           6
#> 3 3           0

@Moody_Mudskipper的答案还有另一条注释:.drop=FALSE当一个或多个分组变量未编码为因素时,使用可能会产生意外结果。请参阅以下示例:

library(dplyr)
data(iris)

# Add an additional level to Species
iris$Species = factor(iris$Species, levels=c(levels(iris$Species), "empty_level"))

# Species is a factor and empty groups are included in the output
iris %>% group_by(Species, .drop=FALSE) %>% tally

#>   Species         n
#> 1 setosa         50
#> 2 versicolor     50
#> 3 virginica      50
#> 4 empty_level     0

# Add character column
iris$group2 = c(rep(c("A","B"), 50), rep(c("B","C"), each=25))

# Empty groups involving combinations of Species and group2 are not included in output
iris %>% group_by(Species, group2, .drop=FALSE) %>% tally

#>   Species     group2     n
#> 1 setosa      A         25
#> 2 setosa      B         25
#> 3 versicolor  A         25
#> 4 versicolor  B         25
#> 5 virginica   B         25
#> 6 virginica   C         25
#> 7 empty_level <NA>       0

# Turn group2 into a factor
iris$group2 = factor(iris$group2)

# Now all possible combinations of Species and group2 are included in the output, 
#  whether present in the data or not
iris %>% group_by(Species, group2, .drop=FALSE) %>% tally

#>    Species     group2     n
#>  1 setosa      A         25
#>  2 setosa      B         25
#>  3 setosa      C          0
#>  4 versicolor  A         25
#>  5 versicolor  B         25
#>  6 versicolor  C          0
#>  7 virginica   A          0
#>  8 virginica   B         25
#>  9 virginica   C         25
#> 10 empty_level A          0
#> 11 empty_level B          0
#> 12 empty_level C          0

Created on 2019-03-13 by the reprex package (v0.2.1)

我为您的答案添加了一条附加说明。如果您不喜欢该编辑,请随时删除。
eipi10

我在github上提出了一个与此有关的问题,以查明这是错误还是预期的行为。
eipi10

@ eipi10的使用略短一些countiris %>% count(Species, group2, .drop=FALSE)
Tjebo

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这个问题仍然存在,但是与此同时,特别是由于您的数据已经被考虑到了,您可以使用complete“ tidyr”获取您可能要查找的内容:

library(tidyr)
df %>%
  group_by(b) %>%
  summarise(count_a=length(a)) %>%
  complete(b)
# Source: local data frame [3 x 2]
# 
#        b count_a
#   (fctr)   (int)
# 1      1       6
# 2      2       6
# 3      3      NA

如果您希望替换值为零,则需要使用进行指定fill

df %>%
  group_by(b) %>%
  summarise(count_a=length(a)) %>%
  complete(b, fill = list(count_a = 0))
# Source: local data frame [3 x 2]
# 
#        b count_a
#   (fctr)   (dbl)
# 1      1       6
# 2      2       6
# 3      3       0

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我花了很多头撞墙才能弄清楚这一点,所以在这里我要提一下...如果您将2个变量分组,并且它们是字符而不是因素,那么ungroup()在完成操作之前您需要使用它。如果您发现complete未真正完成,ungroup则可能需要。
williamsurles

如果您还有更多分组变量怎么办?如果我使用来自group_by的所有分组变量,则会得到大量的行(远远多于原始数据帧)
TobiO

1
我弄清楚了:您必须使用嵌套:-)因此,请将所有不应同时组合在一起的所有变量放入其中complete(variablewithdroppedlevels, nesting(var1,var2,var3))(实际上是在帮助下,complete我还是花了一段时间才弄清楚了
TobiO

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dplyr解决方案:

首先进行分组df

by_b <- tbl_df(df) %>% group_by(b)

然后我们将通过 n()

res <- by_b %>% summarise( count_a = n() )

然后将结果合并到包含所有因子水平的数据框中:

expanded_res <- left_join(expand.grid(b = levels(df$b)),res)

最后,在这种情况下,由于我们正在查看计数,因此将NA值更改为0。

final_counts <- expanded_res[is.na(expanded_res)] <- 0

这也可以在功能上实现,请参见答案: 使用dplyr将行添加到分组数据中吗?

骇客:

我以为出于利益考虑,会发布一种适用于这种情况的可怕骇客。我严重怀疑您是否应该实际执行此操作,但是它显示出如何group_by()生成字符,就好像df$b是字符向量而不是级别的因素一样。另外,我不假装对此理解不正确-但我希望这对我有所帮助-这是我发布此信息的唯一原因!

by_b <- tbl_df(df) %>% group_by(b)

定义数据集中不能存在的“越界”值。

oob_val <- nrow(by_b)+1

修改属性为“技巧” summarise()

attr(by_b, "indices")[[3]] <- rep(NA,oob_val)
attr(by_b, "group_sizes")[3] <- 0
attr(by_b, "labels")[3,] <- 3

做总结:

res <- by_b %>% summarise(count_a = n())

索引并替换所有出现的oob_val

res[res == oob_val] <- 0

它给出了预期的:

> res
Source: local data frame [3 x 2]

b count_a
1 1       6
2 2       6
3 3       0

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这并不是问题中所问的,但是至少对于这个简单的示例,使用xtabs可以获得相同的结果,例如:

使用dplyr:

df %>%
  xtabs(formula = ~ b) %>%
  as.data.frame()

或更短:

as.data.frame(xtabs( ~ b, df))

结果(两种情况下均相等):

  b Freq
1 1    6
2 2    6
3 3    0
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