如何在matplotlib中使用imshow将NaN值绘制为特殊颜色?


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我正在尝试在matplotlib中使用imshow将数据绘制为热图,但其中一些值为NaN。我希望将NaN渲染为在颜色图中找不到的特殊颜色。

例:

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
f = plt.figure()
ax = f.add_subplot(111)
a = np.arange(25).reshape((5,5)).astype(float)
a[3,:] = np.nan
ax.imshow(a, interpolation='nearest')
f.canvas.draw()

生成的图像出乎意料地是全蓝色(喷射彩色图中的最低颜色)。但是,如果我像这样作图:

ax.imshow(a, interpolation='nearest', vmin=0, vmax=24)

-然后我得到了更好的结果,但是NaN值的绘制颜色与vmin相同...是否有一种优美的方式可以将NaN设置为使用特殊颜色绘制(例如:灰色或透明)?


几年后(matplotlib.__version__=='1.2.1'),这项工作毫无问题。
弗雷德里克Grosshans

Answers:


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对于较新版本的Matplotlib,不再需要使用掩码数组。

例如,让我们生成一个数组,其中每个第7个值都是NaN:

arr = np.arange(100, dtype=float).reshape(10, 10)
arr[~(arr % 7).astype(bool)] = np.nan

我们可以修改当前的颜色图,并使用以下几行来绘制数组:

current_cmap = matplotlib.cm.get_cmap()
current_cmap.set_bad(color='red')
plt.imshow(arr)

情节结果


是否可以使用0而不是np.nan?
yukashima huksay

2
@yukashimahuksay:是的,但是您需要掩盖这些值。例如。arr = np.ma.array(arr, mask=(arr == 0))
Arcturus B

我认为,“C”在“CMAP”已经表示“当前”,所以我不会把变量“current_cmap”
T.格温

3
@TGwen:我很确定cmap代表colormap,这是文档中使用的术语:matplotlib.org/api/cm_api.html#matplotlib.cm.get_cmap
Arcturus B

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嗯,看来我可以使用蒙版数组来做到这一点:

masked_array = np.ma.array (a, mask=np.isnan(a))
cmap = matplotlib.cm.jet
cmap.set_bad('white',1.)
ax.imshow(masked_array, interpolation='nearest', cmap=cmap)

这应该足够,尽管我仍然愿意提出建议。:]


它绝对可以解决问题。官方文档仅显示其他内容。
阿戈斯(Agos)

6
附带一点-我认为这样做会覆盖默认值matplotlib.cm.jet,因此我通常会制作一个副本:import copy; cmap=copy.copy(matplotlib.cm.jet)。另外,如果要将0值设置为其他颜色,cmap._init(); cm._lut[:,0] = (1,1,1,1)则应使用类似的方法。
keflavich

3
还有set_overset_under控制超出范围值的着色。默认行为是匹配颜色范围的顶部/底部。
塔卡斯韦尔2014年

2
masked_array必需的吗?如果a包含NaN值(看起来像mask=np.isnan(a)),则只需imshowa带有自定义映射的数组进行操作即可cmap显示具有所需颜色(白色)的NaN单元格。所以对我有用。有什么例外吗?
MaciekS

2
@MaciekS,当使用发散色图时,您不希望您的nan值和中值被绘制为相同的颜色,例如白色。
AGS
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