如何将两个RMarkdown（.Rmd）文件合并为一个输出？

我在同一文件夹中有两个文件：Chapter1.Rmd和Chapter2.Rmd，内容如下：

第1章

---
title: "Chapter 1"
output: pdf_document
---

## This is chapter 1. {#Chapter1}

Next up: [chapter 2](#Chapter2)

第2章

---
title: "Chapter 2"
output: pdf_document
---

## This is chapter 2. {#Chapter2}

Previously: [chapter 1](#Chapter1)

我该如何编织它们，使它们组合成一个pdf输出？

当然，render(input = "chapter1.Rmd", output_format = "pdf_document")可以完美地工作，但render(input = "chapter1.Rmd", input = "chapter2.Rmd", output_format = "pdf_document")不能。

我为什么要这样做？将巨大的文档分解为逻辑文件。

我已经使用@hadley的bookdown包从.Rmd构建乳胶，但这似乎对这个特定任务来说是过大的。有没有使用我遗忘的knitr / pandoc / linux命令行的简单解决方案？谢谢。

2018年8月更新：此答案是在bookdown出现之前写的，bookdown是编写基于Rmarkdown的书籍的一种更强大的方法。在@ Mikey-Harper的答案中查看最小的书本示例！

当我想将一个大报表分解为单独的Rmd时，通常会创建一个父Rmd并将这些章节作为子章节。这种方法对于新用户来说很容易理解，并且如果包含目录（toc），则在各章之间导航也很容易。

报告

---  
title: My Report  
output: 
  pdf_document:
    toc: yes 
---

```{r child = 'chapter1.Rmd'}
```

```{r child = 'chapter2.Rmd'}
```

第1章

# Chapter 1

This is chapter 1.

```{r}
1
```

第2章

# Chapter 2

This is chapter 2.

```{r}
2
```

建立

rmarkdown::render('report.Rmd')

产生：

而且，如果您想要一种快速的方式来为子文档创建块：

rmd <- list.files(pattern = '*.Rmd', recursive = T)
chunks <- paste0("```{r child = '", rmd, "'}\n```\n")
cat(chunks, sep = '\n')
# ```{r child = 'chapter1.Rmd'}
# ```
#
# ```{r child = 'chapter2.Rmd'}
# ```

我建议人们使用bookdown包从多个R Markdown文件创建报告。它添加了许多有用的功能，例如交叉引用，这对于较长的文档非常有用。

改编@Eric中的示例，这是书本设置的最小示例。主要细节是必须调用主文件index.Rmd，并且必须包括其他YAML行site: bookdown::bookdown_site：

索引

---
title: "A Minimal bookdown document"
site: bookdown::bookdown_site
output:
  bookdown::pdf_document2:
    toc: yes
---

01-介绍Rmd：

# Chapter 1

This is chapter 1.

```{r}
1
```

02-介绍Rmd：

# Chapter 2

This is chapter 2.

```{r}
2
```

如果我们进行编织，则index.Rmd 书本将按字母顺序合并同一目录中的所有文件（可以使用额外的_bookdown.yml文件来更改此行为）。

一旦您熟悉了此基本设置，就可以使用其他配置文件轻松地自定义预订文档和输出格式_bookdown.yml，例如_output.yml

进一步阅读

• R Markdown：权威指南：第11章概述了书本
• 使用书本编写书籍可提供有关书本的综合指南，建议使用书本以获取更高级的详细信息。

这对我有用：

Rmd_bind <- 
    function(dir = ".",
    book_header = readLines(textConnection("---\ntitle: 'Title'\n---")))
{
    old <- setwd(dir)
    if(length(grep("book.Rmd", list.files())) > 0){
    warning("book.Rmd already exists")
    }
    write(book_header, file = "book.Rmd", )
    cfiles <- list.files(pattern = "*.Rmd", )
    ttext <- NULL
    for(i in 1:length(cfiles)){
    text <- readLines(cfiles[i])
    hspan <- grep("---", text)
    text <- text[-c(hspan[1]:hspan[2])]
    write(text, sep = "\n", file = "book.Rmd", append = T)
    }
    render("book.Rmd", output_format = "pdf_document")
    setwd(old)
    }

想象有一个更好的解决方案，并且在rmarkdown或knitr软件包中包含类似这样的东西会很高兴。