使用install.packages("rJava")命令安装rJava时，出现以下错误：

checking Java support in R... present:
interpreter : '/usr/bin/java'
archiver    : '/usr/bin/jar'
compiler    : '/usr/bin/javac'
header prep.: '/usr/bin/javah'
cpp flags   : '-I/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../include -I/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../include/linux'
java libs   : '-L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/lib/amd64/server -L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/lib/amd64 -L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../lib/amd64 -L -L/usr/java/packages/lib/amd64 -L/usr/lib64 -L/lib64 -L/lib -L/usr/lib -ljvm'
checking whether JNI programs can be compiled... yes
checking JNI data types... configure: error: One or more JNI types differ from the corresponding native type. You may need to use non-standard compiler flags or a different compiler in order to fix this.
ERROR: configuration failed for package ‘rJava’

我已经安装了Java JDK，并java -version返回以下内容：

$ java -version
java version "1.6.0_20"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.6.0_20-b02)

当谷歌搜索错误时，我看到其他人也遇到了相同的问题，但是除了我已经完成的“安装整个JDK，而不仅仅是JRE”之外，没有找到解决方案。

我读过的另一件事是sudo R CMD javareconf运行起来很快乐，没有错误。

任何想法我的问题是什么？

[[编辑]] 自从我遇到这个问题已经几个月了。我最初是通过编辑Java路径来解决此问题的，如下面发布的答案所示。我最近在安装新的Ubuntu时遇到了同样的问题。我尝试了Dirk的建议来使用apt-get安装rJava软件包。效果很好。最初我没能体会到的是，使用Ubuntu apt-get方法安装软件包与使用R内的install.packages（）加载同一软件包根本不同。Ubuntu软件包解决了一些我没有意识到或欣赏的问题。

不会

apt-get install r-cran-rjava

容易些吗？您可能在useR上问过我！:)

原来我的问题是我的JAVA_HOME环境变量有问题。是的，令人震惊，我知道。我的初始设置PATH和JAVA_HOME看起来像这样：

export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-6-sun
export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin

我添加了，/jre所以现在看起来像这样：

export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-6-sun/jre
export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin

没有/jrerJava ，Java中的一切似乎都可以正常工作，但是rJava则无法。奇。

谢谢-您的建议$JAVA_HOME使我找到了类似的解决方案：

prompt$ unset JAVA_HOME

在调用R之前

我遇到了同样的问题，并且在运行以下命令后可以正常工作。

export JAVA_LIBS="$JAVA_LIBS -ldl"
R CMD javareconf

请参阅http://www-01.ibm.com/support/knowledgecenter/SSPT3X_3.0.0/com.ibm.swg.im.infosphere.biginsights.install.doc/doc/install_install_r.html上的详细信息

这就是我的工作方式：

在Linux中（Ubuntu 16.04）

sudo apt-get install default-jre
sudo apt-get install default-jdk
sudo R CMD javareconf

在R中：

install.packages("rJava")

这对我适用于Ubuntu 12.04和R版本3.0

cd /usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.26/include

这是具有jni.h的目录

接下来，创建到另一个所需头文件的软链接（我太懒了，无法找出如何在下面的JAVA_CPPFLAGS选项中包括多个目录）：

sudo ln -s linux/jni_md.h .

最后

sudo R CMD javareconf JAVA_CPPFLAGS=-I/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.26/include

以下是我对另一则帖子的回答之一- 错误：无法立即加载已安装的软件包
（这也与此问题相关）

对于Linux（Ubuntu）用户：如果已安装oracle-java（7/8）。它将在此位置，/usr/lib/jvm并且sudo需要访问。

/etc/ld.so.conf.d/java.conf使用以下条目创建文件：

/usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre/lib/amd64
/usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre/lib/amd64/server

（根据您的Java版本，将Java-8-oracle替换为java-7-oracle）

然后：

sudo ldconfig

重新启动RStudio，然后安装rJava软件包。

在AMD64上的Gentoo下运行R。我升级到R 2.12.0

R版本2.12.0（2010-10-15）版权所有（C）2010统计计算的R基础ISBN 3-900051-07-0平台：x86_64-pc-linux-gnu（64位），那些讨厌的消息远。

扬·范德米尔

我尝试安装openjdk-7- *，但仍然无法安装rJava。重新启动计算机后发现原来没有问题。

所以

sudo apt-get install openjdk-7-*


RESTART after installing java, then try to install package "rJava" in R

rJava软件包将查找/usr/lib/jvm/default-java/文件夹。但是默认情况下不可用。该文件夹有一个符号链接，用于为系统配置的默认Java。

要激活默认的java，请安装以下软件包：

sudo apt-get install default-jre default-jre-headless

在Ubuntu 17.04上使用CRAN R 3.4.1测试

对我有用的是从文件更改JAVA_HOME /usr/lib/R/etc/javaconf

我首先检查了我的Java版本是什么： sudo update-alternatives --config java。就我而言，java-8-oracle

我打开文件/usr/lib/R/etc/javaconf并替换default-java为java-8-oracle：

${JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/default-java}

取而代之 ：

${JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-8-oracle}

然后 sudo R CMD javareconf

我重新启动了RStudio，然后可以安装rJava。

我在这里做的是：

1. 在/etc/apt/sources.list中，添加：

   deb http://ftp.de.debian.org/debian sid main

注意：rjava应该是最新版本

2运行：sudo apt-get更新sudo apt-get安装r-cran-rjava

一旦更新了旧版本的rjava，就可以安装rhdfs_1.0.8。

我通过下载以下命令使其工作：https : //cran.r-project.org/src/contrib/rJava_0.9-8.tar.gz并运行命令R CMD install rJava_0.9-8.tar.gz

使用Windows 10时，我遇到了相同的问题。我已按照以下步骤解决了该问题

1. 从https://java.com/zh-cn/download/windows-64bit.jsp下载Java（用于64位Windows）\安装Java
2. 从64位Windows的https://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/jdk8-downloads-2133151.html下载Java开发工具包\安装
3. 然后右键单击桌面\ Properties \ Advanced系统设置\ Advanced \ Environment变量\在系统变量下的“ This PC”图标，选择Path \ Click Edit \ Click New \ Copy并粘贴路径“ C：\ Program Files \ Java \ jdk1 .8.0_201 \ bin”和“ C：\ Program Files \ Java \ jre1.8.0_201 \ bin”（不带引号）\ OK \ OK \ OK

注意：jdk1.8.0_201和jre1.8.0_201将根据Java开发套件和Java的版本进行更改

4. 在“环境变量”窗口中，转到“用户”的“用户变量” \单击“新建\”，将变量名称命名为“ JAVA_HOME”，将变量值命名为“ C：\ Program Files \ Java \ jdk1.8.0_201 \ bin” \按OK

要检查安装，请打开CMD \ Type javac \ Press Enter，然后键入java \ press enter，它将显示

在RStudio中运行

Sys.setenv(JAVA_HOME="C:\\Program Files\\Java\\jdk1.8.0_201")

注意：jdk1.8.0_201将根据Java开发套件的版本进行更改

现在，您可以毫无问题地安装和加载rJava软件包。

问题是rJava无法安装在RStudio（Version 1.0.136）中。以下内容对我有用（macOS Sierra version 10.12.6）（在此处找到）：

步骤1：javaforosx.dmg从以下位置下载并安装此处

步骤2：接下来，从RStudio内部运行命令：

install.packages("rJava", type = 'source')

我在Ubuntu 16.04上遇到了类似的问题，并且能够通过在其中创建一个名为“ default-java”的文件夹并将/usr/lib/jvm其所有内容复制到其中来解决此问题/usr/lib/jvm/java-8-oracle。我选择此解决方案是因为事实证明纠正JAVA_HOME环境变量没有用。