这是有关InnoDB的更完整答案。这是一个漫长的过程，但是值得付出努力。
请记住，这/var/lib/mysql/ibdata1是InnoDB基础架构中最繁忙的文件。它通常包含六种类型的信息：
InnoDB架构
许多人创建了多个ibdata文件，希望更好的磁盘空间管理和性能，但是这种想法是错误的。
不幸的是，OPTIMIZE TABLE对存储在共享表空间文件ibdata1中的InnoDB表运行有两件事：
- 使表的数据和索引在内部连续
ibdata1
- 使得
ibdata1成长，因为连续的数据和索引页被追加到ibdata1
但是，您可以从中分离表数据和表索引ibdata1并分别进行管理。
假设您要添加innodb_file_per_table到/etc/my.cnf (my.ini)。然后可以只OPTIMIZE TABLE在所有InnoDB表上运行吗？
好消息：启用后运行OPTIMIZE TABLE时innodb_file_per_table，将.ibd为该表生成一个文件。例如，如果您的表的mydb.mytabledatadir为/var/lib/mysql，它将产生以下结果：
/var/lib/mysql/mydb/mytable.frm/var/lib/mysql/mydb/mytable.ibd
在.ibd将包含该表的数据页和索引页。大。
坏消息：您所要做的就是mydb.mytable从生活中提取的数据页和索引页ibdata。每个表（包括）的数据字典条目mydb.mytable仍保留在数据字典中（请参阅ibdata1的图形表示）。您不能在ibdata1这一点上简单地删除！！！请注意，ibdata1它根本没有缩小。
InnoDB基础架构清理
要ibdata1一劳永逸地缩小，您必须执行以下操作：
将mysqldump所有数据库（例如与）转储到.sql文本文件中（SQLData.sql下面使用）
删除所有数据库（mysql和除外information_schema）CAVEAT：为慎重起见，请运行此脚本以确保您已拥有所有用户授权：
mkdir /var/lib/mysql_grants
cp /var/lib/mysql/mysql/* /var/lib/mysql_grants/.
chown -R mysql:mysql /var/lib/mysql_grants
登录到MySQL并运行SET GLOBAL innodb_fast_shutdown = 0;（这将彻底从刷新所有剩余事务变化ib_logfile0和ib_logfile1）
关闭MySQL
将以下行添加到/etc/my.cnf（或my.ini在Windows上）
[mysqld]
innodb_file_per_table
innodb_flush_method=O_DIRECT
innodb_log_file_size=1G
innodb_buffer_pool_size=4G
（旁注：无论您设置什么，请innodb_buffer_pool_size确保innodb_log_file_size为的25％innodb_buffer_pool_size。
另外：innodb_flush_method=O_DIRECT在Windows上不可用）
删除，ibdata*并且ib_logfile*可以选择删除中的所有文件夹/var/lib/mysql，除了/var/lib/mysql/mysql。
启动MySQL（这将重新ibdata1[默认10MB]和ib_logfile0和ib_logfile1在每1G）。
进口 SQLData.sql
现在，ibdata1它将继续增长，但仅包含表元数据，因为每个InnoDB表都将存在于之外ibdata1。ibdata1将不再包含InnoDB数据和其他表的索引。
例如，假设您有一个名为的InnoDB表mydb.mytable。如果您查看/var/lib/mysql/mydb，您将看到代表该表的两个文件：
mytable.frm （存储引擎标题）mytable.ibd （表数据和索引）
使用中的innodb_file_per_table选项/etc/my.cnf，您可以运行OPTIMIZE TABLE mydb.mytable，该文件/var/lib/mysql/mydb/mytable.ibd实际上会收缩。
在我作为MySQL DBA的职业生涯中，我做了很多次。实际上，我第一次这样做是将50GB的 ibdata1文件压缩到只有500MB！
试试看。如果对此还有其他疑问，请提出。相信我; 从短期和长期来看，这都是可行的。
警告
在第6步，如果由于mysql开始删除架构而导致mysql无法重新启动，请回头看第2步。您制作了该mysql架构的物理副本。您可以按以下方式还原它：
mkdir /var/lib/mysql/mysql
cp /var/lib/mysql_grants/* /var/lib/mysql/mysql
chown -R mysql:mysql /var/lib/mysql/mysql
返回步骤6并继续
更新2013-06-04 11:13 EDT
关于在步骤5 中将innodb_log_file_size设置为innodb_buffer_pool_size的 25％，这是总括规则，这是相当老套的规则。
回顾一下July 03, 2006，Percona有一篇不错的文章，为什么要选择适当的innodb_log_file_size。后来，Nov 21, 2008Percona继续撰写另一篇文章，介绍如何根据峰值工作量计算适当的大小，并保持一小时的更改价值。
此后，我在DBA StackExchange中撰写了有关计算日志大小以及在其中引用这两篇Percona文章的文章。
就个人而言，我仍然会遵循25％的规则进行初始设置。然后，由于可以随着生产时间的推移更准确地确定工作负载，因此您可以在维护周期内几分钟内调整日志大小。