用于在R中制作乳胶表的工具

在一般要求下，一个有关在R中生成乳胶表的社区Wiki。在本文中，我将概述最常用的软件包和博客，并提供用于从不太直接的对象生成乳胶表的代码。请随时添加我错过的任何内容，和/或提供有关如何使用R生成格式正确的乳胶表的提示，技巧和小技巧。

包装方式：

• xtable：用于大多数简单对象的标准表。可以在此处找到带有示例的不错的画廊。
• memisc：用于管理调查数据的工具，包含一些用于（基本）回归模型估计值的乳胶表的工具。
• Hmisc包含一个函数latex()，该函数创建一个包含所选对象的tex文件。它非常灵活，还可以输出longtable乳胶表。帮助文件中有很多信息?latex
• miscFuncs具有一个简洁的函数“ latextable”，该函数可将具有字母和数字混合条目的矩阵数据转换为LaTeX表并将其打印到控制台，以便可以将其复制并粘贴到LaTeX文档中。
• texreg软件包（JSS纸）将统计模型输出转换为LaTeX表。合并多个模型。可以处理大约50种不同的模型类型，包括网络模型和多层模型（lme和lme4）。
• reporttools软件包（JSS文件）是用于连续，分类和日期变量的描述性统计的另一个选项。
• 表格包可能是R中用于描述性统计的最通用的LaTeX表格制作包
• Stargazer软件包使比较统计模型汇总表更好

博客和代码片段

• 保罗·约翰逊（Paul Johnson）的超越职能在Latex中提供类似于Stata的表来输出回归。这个很棒。
• 正如前面的问题中给出的那样，有一个代码片段可以使memisc包适合lme4对象。

相关问题：

• R / LaTeX表创建包的建议
• Rreport / LaTeX质量输出包
• 使用xtable对乳胶输出表进行排序
• 有什么方法可以从lme4 mer模型拟合对象生成LaTeX表？
• R data.frame具有堆叠的指定标题，用于使用xtable输出乳胶
• 使用公式语言以非常灵活和有趣的语法自动从R快速向乳胶添加表

我想提到“酿造”包装。您可以编写一个带有占位符的LaTeX的brew模板文件，然后对其进行“ brew”以创建一个.tex文件，以将\ include或\ input输入到LaTeX中。就像是：

\begin{tabular}{l l}
A & <%= fit$A %> \\
B & <%= fit$B %> \\
\end{tabular}

brew语法还可以处理循环，因此您可以为数据框的每一行创建一个表行。

感谢Joris提出这个问题。希望它将成为社区Wiki。

乳胶中的booktabs包产生漂亮的表。这是有关如何使用xtable 创建使用booktabs的乳胶表的博客文章

我还将apsrtable包添加到组合中，因为它会生成漂亮的回归表。

另一个想法：其中一些软件包（尤其是memisc和apsrtable）允许轻松扩展代码以生成用于不同回归对象的表。一个这样的例子就是问题中显示的lme4 memisc代码。启动github存储库以收集此类代码片段可能很有意义，随着时间的流逝，甚至可能将其添加到memisc包中。有没有人？

该斯塔盖泽包是另一个不错的选择。它支持来自许多常用功能和包（lm，glm，svyreg，surviving，pscl，AER）以及zelig的对象。除了回归表，它还可以输出数据帧的摘要统计信息，或直接输出数据帧的内容。

我有一些技巧和变通方法，可以在这里分享xtable和Latex的有趣“功能”。

技巧1：删除列中的重复项和技巧2：使用书签表

首先，加载包并定义我的清理函数

<<label=first, include=FALSE, echo=FALSE>>= 
    library(xtable)
    library(plyr)

    cleanf <- function(x){     
        oldx <- c(FALSE, x[-1]==x[-length(x)])  
        # is the value equal to the previous?    
        res <- x
        res[oldx] <- NA
        return(res)} 

现在生成一些假数据

data<-data.frame(animal=sample(c("elephant", "dog", "cat", "fish", "snake"), 100,replace=TRUE),
            colour=sample(c("red", "blue", "green", "yellow"), 100,replace=TRUE),
            size=rnorm(100,mean=500, sd=150),
            age=rlnorm(100, meanlog=3, sdlog=0.5))

    #generate a table
    datatable<-ddply(data, .(animal, colour), function(df) {
                return(data.frame(size=mean(df$size), age=mean(df$age)))
            })

现在我们可以生成一个表，并使用clean函数删除label列中的重复条目。

cleandata<-datatable
cleandata$animal<-cleanf(cleandata$animal)
cleandata$colour<-cleanf(cleandata$colour)
@ 

这是一个普通的xtable

<<label=normal, results=tex, echo=FALSE>>=
print(
    xtable(
        datatable
        ),
        tabular.environment='longtable',
        latex.environments=c("center"), 
        floating=FALSE, 
        include.rownames=FALSE
    )
@ 

这是一个普通的xtable，其中自定义函数将重复项转换为NA

<<label=cleandata, results=tex, echo=FALSE>>=
print(
    xtable(
        cleandata
        ),
        tabular.environment='longtable',
        latex.environments=c("center"), 
        floating=FALSE, 
        include.rownames=FALSE
    )
@ 

该表使用booktab软件包（并且在标题中需要\ usepackage {booktabs}）

\begin{table}[!h] 
        \centering
        \caption{table using booktabs.}
        \label{tab:mytable}
<<label=booktabs, echo=F,results=tex>>= 
            mat <- xtable(cleandata,digits=rep(2,ncol(cleandata)+1))
            foo<-0:(length(mat$animal))
            bar<-foo[!is.na(mat$animal)]
            print(mat, 
                  sanitize.text.function = function(x){x},
                  floating=FALSE,
                  include.rownames=FALSE,
                  hline.after=NULL, 
                  add.to.row=list(pos=list(-1,bar,nrow(mat)), 
                  command=c("\\toprule ", "\\midrule ", "\\bottomrule ")))
  #could extend this with \cmidrule to have a partial line over
  #a sub category column and \addlinespace to add space before a total row
@ 

可以同时使用taRifx软件包中的两个实用程序来生成嵌套继承结构的多行表。

library(datasets)
library(taRifx)
library(xtable)

test.by <- bytable(ChickWeight$weight, list( ChickWeight$Chick, ChickWeight$Diet) )
colnames(test.by) <- c('Diet','Chick','Mean Weight')
print(latex.table.by(test.by), include.rownames = FALSE, include.colnames = TRUE, sanitize.text.function = force)
#   then add \usepackage{multirow} to the preamble of your LaTeX document
#   for longtable support, add ,tabular.environment='longtable' to the print command (plus add in ,floating=FALSE), then \usepackage{longtable} to the LaTeX preamble

...和Xtable中的技巧＃3多行条目

产生更多数据

moredata<-data.frame(Nominal=c(1:5), n=rep(5,5), 
        MeanLinBias=signif(rnorm(5, mean=0, sd=10), digits=4), 
        LinCI=paste("(",signif(rnorm(5,mean=-2, sd=5), digits=4),
                ", ", signif(rnorm(5, mean=2, sd=5), digits=4),")",sep=""),
        MeanQuadBias=signif(rnorm(5, mean=0, sd=10), digits=4), 
        QuadCI=paste("(",signif(rnorm(5,mean=-2, sd=5), digits=4),
                ", ", signif(rnorm(5, mean=2, sd=5), digits=4),")",sep=""))

names(moredata)<-c("Nominal", "n","Linear Model \nBias","Linear \nCI", "Quadratic Model \nBias", "Quadratic \nCI")

现在生成我们的xtable，使用sanitize函数将列名称替换为正确的Latex换行符命令（包括双反斜杠，因此R很高兴）

<<label=multilinetable, results=tex, echo=FALSE>>=
foo<-xtable(moredata)
align(foo) <- c( rep('c',3),'p{1.8in}','p{2in}','p{1.8in}','p{2in}' )
print(foo, 
            floating=FALSE, 
            include.rownames=FALSE,
            sanitize.text.function = function(str) {
                str<-gsub("\n","\\\\", str, fixed=TRUE)

                return(str)
            }, 
            sanitize.colnames.function = function(str) {
                str<-c("Nominal", "n","\\centering Linear Model\\\\ \\% Bias","\\centering Linear \\\\ 95\\%CI", "\\centering Quadratic Model\\\\ \\%Bias", "\\centering Quadratic \\\\ 95\\%CI \\tabularnewline")
                return(str)
            })
@  

（尽管这不是完美的，因为我们需要\ tabularnewline，所以表的格式正确，并且Xtable仍放在最终的\中，因此我们在表头下方以空白行结尾。）

您还可以使用R包micsFuncs中的latextable函数：

http://cran.r-project.org/web/packages/miscFuncs/index.html

latextable（M），其中M是混合了字母和数字条目的矩阵，将基本的LaTeX表输出到屏幕上，可以将其复制并粘贴到LaTeX文档中。如果数字较小，它也会用索引符号（例如1.2x10 ^ {-3}）替换它们。

用于将多个回归模型聚合到LaTeX表中的另一个R包是texreg。