Answers:
r平方:您可以直接从summary对象返回r平方值summary(fit)$r.squared
。请参阅names(summary(fit))
以获取可以直接提取的所有项目的列表。
模型p值:如果要获取整体回归模型的p值, 此博客文章概述了返回p值的函数:
lmp <- function (modelobject) {
if (class(modelobject) != "lm") stop("Not an object of class 'lm' ")
f <- summary(modelobject)$fstatistic
p <- pf(f[1],f[2],f[3],lower.tail=F)
attributes(p) <- NULL
return(p)
}
> lmp(fit)
[1] 1.622665e-05
在使用一个预测变量进行简单回归的情况下,模型的p值和系数的p值将相同。
系数p值:如果您有多个预测变量,则以上将返回模型p值,并且可以使用以下公式提取系数的p值:
summary(fit)$coefficients[,4]
另外,您可以anova(fit)
采用与上述汇总对象类似的方式从对象中获取系数的p值。
inherits
比class
直接使用要好一些。也许您想要unname(pf(f[1],f[2],f[3],lower.tail=F))
?
请注意,这将summary(fit)
生成包含您需要的所有信息的对象。beta,se,t和p向量存储在其中。通过选择系数矩阵的第四列(存储在摘要对象中)来获取p值:
summary(fit)$coefficients[,4]
summary(fit)$r.squared
尝试str(summary(fit))
查看该对象包含的所有信息。
编辑:我误读了蔡斯的回答,它基本上告诉您如何获得我在这里给出的信息。
summary(fit)$coefficients[1,4]
对于THEI截距
lm()
但不适用于gls()
模型。
我在探索类似问题的建议解决方案时遇到了这个问题。我想为将来参考,可能有必要使用利用该broom
软件包的解决方案来更新可用的答案列表。
x = cumsum(c(0, runif(100, -1, +1)))
y = cumsum(c(0, runif(100, -1, +1)))
fit = lm(y ~ x)
require(broom)
glance(fit)
>> glance(fit)
r.squared adj.r.squared sigma statistic p.value df logLik AIC BIC deviance df.residual
1 0.5442762 0.5396729 1.502943 118.2368 1.3719e-18 2 -183.4527 372.9055 380.7508 223.6251 99
我发现该glance
函数很有用,因为它可以很好地总结键值。结果存储为,data.frame
这使得进一步操作变得容易:
>> class(glance(fit))
[1] "data.frame"
@Vincent 答案的扩展:
对于lm()
生成的模型:
summary(fit)$coefficients[,4] ##P-values
summary(fit)$r.squared ##R squared values
对于gls()
生成的模型:
summary(fit)$tTable[,4] ##P-values
##R-squared values are not generated b/c gls uses max-likelihood not Sums of Squares
要隔离单个p值本身,可以在代码中添加一个行号:
例如,在两个模型摘要中访问截距的p值:
summary(fit)$coefficients[1,4]
summary(fit)$tTable[1,4]
注意,在上述每个实例中,都可以用列名替换列号:
summary(fit)$coefficients[1,"Pr(>|t|)"] ##lm
summary(fit)$tTable[1,"p-value"] ##gls
如果您仍然不确定如何从摘要表访问值,请使用该表str()
来确定摘要表的结构:
str(summary(fit))
我使用了很多次lmp函数。
有一次我决定添加新功能来增强数据分析。我不是R或统计方面的专家,但是人们通常会查看线性回归的不同信息:
让我们举个例子。你在这里
这是一个具有不同变量的可重现示例:
Ex<-structure(list(X1 = c(-36.8598, -37.1726, -36.4343, -36.8644,
-37.0599, -34.8818, -31.9907, -37.8304, -34.3367, -31.2984, -33.5731
), X2 = c(64.26, 63.085, 66.36, 61.08, 61.57, 65.04, 72.69, 63.83,
67.555, 76.06, 68.61), Y1 = c(493.81544, 493.81544, 494.54173,
494.61364, 494.61381, 494.38717, 494.64122, 493.73265, 494.04246,
494.92989, 494.98384), Y2 = c(489.704166, 489.704166, 490.710962,
490.653212, 490.710612, 489.822928, 488.160904, 489.747776, 490.600579,
488.946738, 490.398958), Y3 = c(-19L, -19L, -19L, -23L, -30L,
-43L, -43L, -2L, -58L, -47L, -61L)), .Names = c("X1", "X2", "Y1",
"Y2", "Y3"), row.names = c(NA, 11L), class = "data.frame")
library(reshape2)
library(ggplot2)
Ex2<-melt(Ex,id=c("X1","X2"))
colnames(Ex2)[3:4]<-c("Y","Yvalue")
Ex3<-melt(Ex2,id=c("Y","Yvalue"))
colnames(Ex3)[3:4]<-c("X","Xvalue")
ggplot(Ex3,aes(Xvalue,Yvalue))+
geom_smooth(method="lm",alpha=0.2,size=1,color="grey")+
geom_point(size=2)+
facet_grid(Y~X,scales='free')
#Use the lmp function
lmp <- function (modelobject) {
if (class(modelobject) != "lm") stop("Not an object of class 'lm' ")
f <- summary(modelobject)$fstatistic
p <- pf(f[1],f[2],f[3],lower.tail=F)
attributes(p) <- NULL
return(p)
}
# create function to extract different informations from lm
lmtable<-function (var1,var2,data,signi=NULL){
#var1= y data : colnames of data as.character, so "Y1" or c("Y1","Y2") for example
#var2= x data : colnames of data as.character, so "X1" or c("X1","X2") for example
#data= data in dataframe, variables in columns
# if signi TRUE, round p-value with 2 digits and add *** if <0.001, ** if < 0.01, * if < 0.05.
if (class(data) != "data.frame") stop("Not an object of class 'data.frame' ")
Tabtemp<-data.frame(matrix(NA,ncol=6,nrow=length(var1)*length(var2)))
for (i in 1:length(var2))
{
Tabtemp[((length(var1)*i)-(length(var1)-1)):(length(var1)*i),1]<-var1
Tabtemp[((length(var1)*i)-(length(var1)-1)):(length(var1)*i),2]<-var2[i]
colnames(Tabtemp)<-c("Var.y","Var.x","p-value","a","b","r^2")
for (n in 1:length(var1))
{
Tabtemp[(((length(var1)*i)-(length(var1)-1))+n-1),3]<-lmp(lm(data[,var1[n]]~data[,var2[i]],data))
Tabtemp[(((length(var1)*i)-(length(var1)-1))+n-1),4]<-coef(lm(data[,var1[n]]~data[,var2[i]],data))[1]
Tabtemp[(((length(var1)*i)-(length(var1)-1))+n-1),5]<-coef(lm(data[,var1[n]]~data[,var2[i]],data))[2]
Tabtemp[(((length(var1)*i)-(length(var1)-1))+n-1),6]<-summary(lm(data[,var1[n]]~data[,var2[i]],data))$r.squared
}
}
signi2<-data.frame(matrix(NA,ncol=3,nrow=nrow(Tabtemp)))
signi2[,1]<-ifelse(Tabtemp[,3]<0.001,paste0("***"),ifelse(Tabtemp[,3]<0.01,paste0("**"),ifelse(Tabtemp[,3]<0.05,paste0("*"),paste0(""))))
signi2[,2]<-round(Tabtemp[,3],2)
signi2[,3]<-paste0(format(signi2[,2],digits=2),signi2[,1])
for (l in 1:nrow(Tabtemp))
{
Tabtemp$"p-value"[l]<-ifelse(is.null(signi),
Tabtemp$"p-value"[l],
ifelse(isTRUE(signi),
paste0(signi2[,3][l]),
Tabtemp$"p-value"[l]))
}
Tabtemp
}
# ------- EXAMPLES ------
lmtable("Y1","X1",Ex)
lmtable(c("Y1","Y2","Y3"),c("X1","X2"),Ex)
lmtable(c("Y1","Y2","Y3"),c("X1","X2"),Ex,signi=TRUE)
当然有比此功能更快的解决方案,但是它可以工作。
x = cumsum(c(0, runif(100, -1, +1)))
y = cumsum(c(0, runif(100, -1, +1)))
fit = lm(y ~ x)
> names(summary(fit))
[1] "call" "terms"
[3] "residuals" "coefficients"
[5] "aliased" "sigma"
[7] "df" "r.squared"
[9] "adj.r.squared" "fstatistic"
[11] "cov.unscaled"
summary(fit)$r.squared
另一种选择是使用cor.test函数而不是lm:
> x <- c(44.4, 45.9, 41.9, 53.3, 44.7, 44.1, 50.7, 45.2, 60.1)
> y <- c( 2.6, 3.1, 2.5, 5.0, 3.6, 4.0, 5.2, 2.8, 3.8)
> mycor = cor.test(x,y)
> mylm = lm(x~y)
# r and rsquared:
> cor.test(x,y)$estimate ** 2
cor
0.3262484
> summary(lm(x~y))$r.squared
[1] 0.3262484
# P.value
> lmp(lm(x~y)) # Using the lmp function defined in Chase's answer
[1] 0.1081731
> cor.test(x,y)$p.value
[1] 0.1081731
r <- summary(lm(rnorm(10)~runif(10)))
,不显示任何内容),则仅显示值。