使用数据表或igraph按组查找直接邻居

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我有一个data.table：

groups <- data.table(group = c("A", "B", "C", "D", "E", "F", "G"), 
                     code_1 = c(2,2,2,7,8,NA,5),
                     code_2 = c(NA,3,NA,3,NA,NA,2),
                     code_3 = c(4,1,1,4,4,1,8))

group code_1 code_2 code_3
  A      2     NA      4
  B      2      3      1
  C      2     NA      1
  D      7      3      4
  E      8     NA      4
  F     NA     NA      1
  G      5      2      8

我要实现的目标是，每个小组都根据可用的代码找到直接的邻居。例如：由于代码_1，组A具有直接邻居组B，C（所有组中的code_1等于2），由于代码3，组A具有直接邻居组D，E（在所有这些组中，代码3等于4）。

我尝试的是针对每个代码，根据匹配结果将第一列（组）分为以下部分：

groups$code_1_match = list()
for (row in 1:nrow(groups)){

  set(groups, i=row, j="code_1_match", list(groups$group[groups$code_1[row] == groups$code_1]))
}

  group code_1 code_2 code_3          code_1_match
    A      2     NA      4              A,B,C,NA
    B      2      3      1              A,B,C,NA
    C      2     NA      1              A,B,C,NA
    D      7      3      4                  D,NA
    E      8     NA      4                  E,NA
    F     NA     NA      1 NA,NA,NA,NA,NA,NA,...
    G      5      2      8                  NA,G

这种“种类”有效，但我认为还有更多的数据表可以做到这一点。我试过了

groups[, code_1_match_2 := list(group[code_1 == groups$code_1])]

但这是行不通的。

我是否缺少一些明显的数据表技巧来应对？

我理想的情况下的结果看起来像这样（当前需要将我的方法用于所有3列，然后将结果串联起来）：

group code_1 code_2 code_3    Immediate neighbors
  A      2     NA      4         B,C,D,E
  B      2      3      1         A,C,D,F
  C      2     NA      1         A,B,F
  D      7      3      4           B,A
  E      8     NA      4           A,D
  F     NA     NA      1           B,C
  G      5      2      8
r  data.table  igraph 
— 用户2321
source
可以使用igraph完成。
— zx8754
1
我的目的是将结果输入igraph来创建一个邻接矩阵。如果我缺少一些可以做到这一点的功能，请指出来，那真的很有帮助！
— User2321
1
@ zx8754请考虑发布涉及的解决方案igraph，这可能真的很有趣。
— tmfmnk
@tmfmnk发布，尽管认为可能会有更好的igraph方式。
— zx8754

Answers:

10

使用igraph，获得2度邻居，删除数字节点，粘贴剩余节点。

library(data.table)
library(igraph)

# reshape wide-to-long
x <- melt(groups, id.vars = "group")[!is.na(value)]

# convert to graph
g <- graph_from_data_frame(x[, .(from = group, to = paste0(variable, "_", value))])

# get 2nd degree neighbours
x1 <- ego(g, 2, nodes = groups$group)

# prettify the result
groups$res <- sapply(seq_along(x1), function(i) toString(intersect(names(x1[[ i ]]),
                                                                   groups$group[ -i ])))

#    group code_1 code_2 code_3        res
# 1:     A      2     NA      4 B, C, D, E
# 2:     B      2      3      1 A, C, D, F
# 3:     C      2     NA      1    A, B, F
# 4:     D      7      3      4    B, A, E
# 5:     E      8     NA      4       A, D
# 6:     F     NA     NA      1       B, C
# 7:     G      5      2      8

更多信息

这就是我们的数据在转换为igraph对象之前的样子。我们要确保值2的代码1与值2的代码2不同，依此类推。

x[, .(from = group, to = paste0(variable, "_", value))]
#     from       to
#  1:    A code_1_2
#  2:    B code_1_2
#  3:    C code_1_2
#  4:    D code_1_7
#  5:    E code_1_8
#  6:    G code_1_5
#  7:    B code_2_3
#  8:    D code_2_3
#  9:    G code_2_2
# 10:    A code_3_4
# 11:    B code_3_1
# 12:    C code_3_1
# 13:    D code_3_4
# 14:    E code_3_4
# 15:    F code_3_1
# 16:    G code_3_8

我们的网络如下所示： 在此处输入图片说明

请注意，A..G节点始终通过进行连接code_x_y。因此，我们需要获得2级，ego(..., order = 2)使我们的邻居达到2级邻居，并返回一个列表对象。

获取名称：

lapply(x1, names)
# [[1]]
# [1] "A"        "code_1_2" "code_3_4" "B"        "C"        "D"        "E"       
# 
# [[2]]
# [1] "B"        "code_1_2" "code_2_3" "code_3_1" "A"        "C"        "D"        "F"       
# 
# [[3]]
# [1] "C"        "code_1_2" "code_3_1" "A"        "B"        "F"       
# 
# [[4]]
# [1] "D"        "code_1_7" "code_2_3" "code_3_4" "B"        "A"        "E"       
# 
# [[5]]
# [1] "E"        "code_1_8" "code_3_4" "A"        "D"       
# 
# [[6]]
# [1] "F"        "code_3_1" "B"        "C"       
# 
# [[7]]
# [1] "G"        "code_1_5" "code_2_2" "code_3_8"

为了美化结果，我们需要删除code_x_y节点和原始节点（第一个节点）

sapply(seq_along(x1), function(i) toString(intersect(names(x1[[ i ]]), groups$group[ -i ])))
#[1] "B, C, D, E" "A, C, D, F" "A, B, F"    "B, A, E"    "A, D"       "B, C"       ""
— zx8754
source
没有igraph专家，这看起来真的很奇怪。似乎可行：)如果我正确理解，它会首先创建一个图，其中代码是直接邻居，然后从该图中找到实际的直接邻居作为第二个邻居？
— User2321
@ User2321添加了更多信息，希望它更清晰。
— zx8754
1
@ User2321 btw根本不是专家，就像有时解决igraph问题一样。仍在等待专家建议更好的方法。
— zx8754
1
是的，我正在考虑提供赏金以防万一。但是，让我们在2天后看到:)
— User2321
7

可能有一些更实际的方法可以实现这一目标，但是您可以使用融合和联接来做到这一点：

mgrp <- melt(groups, id.vars = "group")[!is.na(value)]
setkey(mgrp, variable, value)
for (i in seq_along(groups$group)) {
  let = groups$group[i]
  set(
    groups, 
    i = i, 
    j = "inei", 
    value = list(mgrp[mgrp[group == let], setdiff(unique(group), let)])
  )
}

groups
#    group code_1 code_2 code_3    inei
# 1:     A      2     NA      4 B,C,D,E
# 2:     B      2      3      1 A,C,D,F
# 3:     C      2     NA      1   A,B,F
# 4:     D      7      3      4   B,A,E
# 5:     E      8     NA      4     A,D
# 6:     F     NA     NA      1     B,C
# 7:     G      5      2      8
— sindri_baldur
source
5

这是受@sindri_baldur融化的启发。此解决方案：

  1. 融化群体
  2. 执行笛卡尔自连接。
  3. 将所有匹配的组粘贴在一起。
  4. 重新加入原始DT
library(data.table)
#> Warning: package 'data.table' was built under R version 3.6.2
groups <- data.table(group = c("A", "B", "C", "D", "E", "F", "G"), code_1 = c(2,2,2,7,8,NA,5), code_2 = c(NA,3,NA,3,NA,NA,2), code_3=c(4,1,1,4,4,1,8))

molten_grps = melt(groups, measure.vars = patterns("code"), na.rm = TRUE)

inei_dt = molten_grps[molten_grps,
            on = .(variable, value),
            allow.cartesian = TRUE
            ][,
              .(inei = paste0(setdiff(i.group, .BY[[1L]]), collapse = ", ")),
              by = group]

groups[inei_dt, on = .(group), inei := inei]

groups
#>     group code_1 code_2 code_3       inei
#>    <char>  <num>  <num>  <num>     <char>
#> 1:      A      2     NA      4 B, C, D, E
#> 2:      B      2      3      1 A, C, D, F
#> 3:      C      2     NA      1    A, B, F
#> 4:      D      7      3      4    B, A, E
#> 5:      E      8     NA      4       A, D
#> 6:      F     NA     NA      1       B, C
#> 7:      G      5      2      8
— 油菜
source
5

如zx8754所述，使用data.table::meltwith combn然后igraph::as_adjacency_matrix

library(data.table)
df <- melt(groups, id.vars="group", na.rm=TRUE)[,
    if (.N > 1L) transpose(combn(group, 2L, simplify=FALSE)), value][, (1) := NULL]

library(igraph)
as_adjacency_matrix(graph_from_data_frame(df, FALSE))

输出：

7 x 7 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
  A B C E D G F
A . 1 1 1 1 1 .
B 1 . 2 . 1 1 1
C 1 2 . . . 1 1
E 1 . . . 1 1 .
D 1 1 . 1 . . .
G 1 1 1 1 . . .
F . 1 1 . . . .

或不使用 igraph

x <- df[, unique(c(V1, V2))]
df <- rbindlist(list(df, data.table(x, x)))
tab <- table(df)   #or xtabs(~ V1 + V2, data=df)
ans <- t(tab) + tab
diag(ans) <- 0L
ans

输出：

   V1
V2  A B C D E F G
  A 0 1 1 1 1 0 1
  B 1 0 2 1 0 1 1
  C 1 2 0 0 0 1 1
  D 1 1 0 0 1 0 0
  E 1 0 0 1 0 0 1
  F 0 1 1 0 0 0 0
  G 1 1 1 0 1 0 0
— chinsoon12
source
1
可以xtabs创建与igraph步骤类似的输出吗？
— 科尔
这是一个非常有用的且（在我看来）优雅的答案，谢谢！
— User2321
@Cole，是可以使用table或xtabs
— chinsoon12
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