如何使用grid.arrange布置任意数量的ggplots?


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这是交叉发布在ggplot2 Google组上

我的情况是我正在使用一个函数该函数可以输出任意数量的绘图(取决于用户提供的输入数据)。该函数返回n个图的列表,我想以2 x 2的形式排列这些图。我正在为同时存在的问题而苦苦挣扎:

  1. 如何允许将灵活性分配给任意(n)个图?
  2. 我还要如何指定我想要的布局2 x 2

我当前的策略使用grid.arrange了该gridExtra软件包。这可能不是最佳的,尤其是因为这是关键,所以它完全不起作用。这是我评论过的示例代码,尝试了三个图:

library(ggplot2)
library(gridExtra)

x <- qplot(mpg, disp, data = mtcars)
y <- qplot(hp, wt, data = mtcars)
z <- qplot(qsec, wt, data = mtcars)

# A normal, plain-jane call to grid.arrange is fine for displaying all my plots
grid.arrange(x, y, z)

# But, for my purposes, I need a 2 x 2 layout. So the command below works acceptably.
grid.arrange(x, y, z, nrow = 2, ncol = 2)

# The problem is that the function I'm developing outputs a LIST of an arbitrary
# number plots, and I'd like to be able to plot every plot in the list on a 2 x 2
# laid-out page. I can at least plot a list of plots by constructing a do.call()
# expression, below. (Note: it totally even surprises me that this do.call expression
# DOES work. I'm astounded.)
plot.list <- list(x, y, z)
do.call(grid.arrange, plot.list)

# But now I need 2 x 2 pages. No problem, right? Since do.call() is taking a list of
# arguments, I'll just add my grid.layout arguments to the list. Since grid.arrange is
# supposed to pass layout arguments along to grid.layout anyway, this should work.
args.list <- c(plot.list, "nrow = 2", "ncol = 2")

# Except that the line below is going to fail, producing an "input must be grobs!"
# error
do.call(grid.arrange, args.list)

就像我不愿意做的那样,我谦卑地the缩在角落里,热切地等待着比我聪明得多的社区的睿智反馈。特别是如果我使这一过程变得比需要做的要难。


2
在一个非常出色的问题上表示赞扬。我将以此为例,说明如何编写一个好的SO [r]问题。
JD

1
尤其是“谦卑的拥挤”部分-就像是一个不错的丛林:-)
Ben Bolker

@JD和@Ben-我受宠若惊,伙计们。真诚的 我真的很感谢您的帮助。
briandk 2011年

Answers:


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您快到了!问题是do.call期望您的args位于一个list对象中。您已将它们放在列表中,但作为字符串而不是命名列表项。

我认为这应该工作:

args.list <- c(plot.list, 2,2)
names(args.list) <- c("x", "y", "z", "nrow", "ncol")

正如Ben和Joshua在评论中指出的那样,创建列表时我可以分配名称:

args.list <- c(plot.list,list(nrow=2,ncol=2))

要么

args.list <- list(x=x, y=y, z=x, nrow=2, ncol=2)

1
我更改了几次代码。抱歉!现在有意义吗?当我说他们是较早的媒介时,我弄错了。对于那个很抱歉。
JD龙

2
您可以在列表创建过程中为args命名:args.list <- list(x=x, y=y, z=x, nrow=2, ncol=2)
Joshua Ulrich

2
不完全是。您的长度合适。列表的结构与JD列表的结构不同。使用str()和names()。您所有的列表元素都是未命名的,因此do.call要成功,需要精确的位置匹配。
IRTFM

2
@JD龙; 我衷心同意。即使不能完全阻止所有错误,但traceback()如果使用命名参数,您仍然可以获得更好的错误消息和信息。
IRTFM 2011年

1
我在这里不太关注讨论。因为第一个参数grid.arrange()...位置匹配,所以可能不相关。每个输入必须是网格对象(带有或不带有名称),的命名参数grid.layout或其余参数的命名参数。
baptiste

16

试试这个,

require(ggplot2)
require(gridExtra)
plots <- lapply(1:11, function(.x) qplot(1:10,rnorm(10), main=paste("plot",.x)))

params <- list(nrow=2, ncol=2)

n <- with(params, nrow*ncol)
## add one page if division is not complete
pages <- length(plots) %/% n + as.logical(length(plots) %% n)

groups <- split(seq_along(plots), 
  gl(pages, n, length(plots)))

pl <-
  lapply(names(groups), function(g)
         {
           do.call(arrangeGrob, c(plots[groups[[g]]], params, 
                                  list(main=paste("page", g, "of", pages))))
         })

class(pl) <- c("arrangelist", "ggplot", class(pl))
print.arrangelist = function(x, ...) lapply(x, function(.x) {
  if(dev.interactive()) dev.new() else grid.newpage()
   grid.draw(.x)
   }, ...)

## interactive use; open new devices
pl

## non-interactive use, multipage pdf
ggsave("multipage.pdf", pl)

3
版本> = 0.9的gridExtra提供了marrangeGrob在nrow * ncol <length(plots)
baptiste

5
ggsave("multipage.pdf", do.call(marrangeGrob, c(plots, list(nrow=2, ncol=2))))
baptiste 2012年

4

我的回答有点晚,但是偶然发现了R Graphics Cookbook的解决方案,该解决方案使用名为 multiplot。也许它将帮助发现此问题的其他人。我还要添加答案,因为该解决方案可能比该问题的其他答案更新。

一页上有多个图形(ggplot2)

这是当前功能,不过请使用上面的链接,因为作者指出,它已针对ggplot2 0.9.3更新,这表明它可能会再次更改。

# Multiple plot function
#
# ggplot objects can be passed in ..., or to plotlist (as a list of ggplot objects)
# - cols:   Number of columns in layout
# - layout: A matrix specifying the layout. If present, 'cols' is ignored.
#
# If the layout is something like matrix(c(1,2,3,3), nrow=2, byrow=TRUE),
# then plot 1 will go in the upper left, 2 will go in the upper right, and
# 3 will go all the way across the bottom.
#
multiplot <- function(..., plotlist=NULL, file, cols=1, layout=NULL) {
  require(grid)

  # Make a list from the ... arguments and plotlist
  plots <- c(list(...), plotlist)

  numPlots = length(plots)

  # If layout is NULL, then use 'cols' to determine layout
  if (is.null(layout)) {
    # Make the panel
    # ncol: Number of columns of plots
    # nrow: Number of rows needed, calculated from # of cols
    layout <- matrix(seq(1, cols * ceiling(numPlots/cols)),
                    ncol = cols, nrow = ceiling(numPlots/cols))
  }

 if (numPlots==1) {
    print(plots[[1]])

  } else {
    # Set up the page
    grid.newpage()
    pushViewport(viewport(layout = grid.layout(nrow(layout), ncol(layout))))

    # Make each plot, in the correct location
    for (i in 1:numPlots) {
      # Get the i,j matrix positions of the regions that contain this subplot
      matchidx <- as.data.frame(which(layout == i, arr.ind = TRUE))

      print(plots[[i]], vp = viewport(layout.pos.row = matchidx$row,
                                      layout.pos.col = matchidx$col))
    }
  }
}

一个创建绘图对象:

p1 <- ggplot(...)
p2 <- ggplot(...)
# etc.

然后将它们传递给multiplot

multiplot(p1, p2, ..., cols = n)
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