如何在不重新启动R的情况下卸载软件包

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我想卸载软件包而不必重新启动R（主要是因为我尝试不同的方法时重新启动R令人沮丧，但冲突的软件包变得令人沮丧，但是可以想象这可以在程序中使用一个功能，然后使用另一个功能-尽管命名空间对于这种用途，引用可能是一个更好的主意）。

?library 没有显示任何将卸载软件包的选项。

有一种建议是detach可以卸载包，但都失败了以下内容：

detach(vegan)

错误detach(vegan)：name参数无效

detach("vegan")

错误detach("vegan")：name参数无效

那么如何卸载包裹？

r  package  r-faq 
— 阿里·弗里德曼
source
4
@Iterator：库是您找到软件包的位置。（它们不是同义词。）.libPaths()为您提供了系统上所有库的路径。
— Richie Cotton
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@Richie：谢谢。我在R上下文中了解到这一点，但我觉得R用法library在两种方面超载或使该术语含糊不清：1- library与其他地方的用法不同，2-该术语用于library()加载...不是库，但一个包。
— Iterator
2
@Iterator你是对的。这就是我需要的答案，在谷歌搜索时，我使用“相反require”或“撤消library”，因为这通常是我加载，erm，“ packages”的方式。因此，正确地命名它可以使问题更正确，但也更难找到。
— 同构

Answers:

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试试看（?detach有关更多详细信息，请参阅）：

detach("package:vegan", unload=TRUE)

可以一次加载一个软件包的多个版本（例如，如果您在不同的库中有开发版本和稳定版本）。为确保所有副本均已分离，请使用此功能。

detach_package <- function(pkg, character.only = FALSE)
{
  if(!character.only)
  {
    pkg <- deparse(substitute(pkg))
  }
  search_item <- paste("package", pkg, sep = ":")
  while(search_item %in% search())
  {
    detach(search_item, unload = TRUE, character.only = TRUE)
  }
}

用法例如

detach_package(vegan)

要么

detach_package("vegan", TRUE)
— 科什克
source
3
@哈德利确实。未引用版本在R的最新版本中似乎不起作用。我更新了kohske的答案以反映您的解决方案。
— Ari B. Friedman
1
@ AriB.Friedman，现在是一个问题。
— 埃里克·菲尔
1
> detach("package:MASS", unload=TRUE) Error in detach("package:MASS", unload = TRUE) : invalid 'name' argument
— 蒙娜·贾拉勒
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如果收到无效的“名称”参数错误，请添加character.only = TRUE。
— Dan Tenenbaum 2014年
2
> detach（“ package：kriging”，unload = TRUE，character.only = T）detach（“ package：kriging”，unload = TRUE，character.only = T）错误：无效的'name'参数。但是@rstober解决方案确实有效！
— 安德鲁
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您还可以使用以下unloadNamespace命令：

unloadNamespace("sqldf")

该函数在卸载名称空间之前先将其分离。

— 斯托伯
source
1
万一@kohske的解决方案也对您不起作用，这对我
— 有用
9

我尝试了kohske编写的答案，然后再次出现错误，所以我进行了一些搜索，发现这对我有用（R 3.0.2）：

require(splines) # package
detach(package:splines)

或者也

library(splines)
pkg <- "package:splines"
detach(pkg, character.only = TRUE)
— 梅拉德·马哈茂迪（Mehrad Mahmoudian）
source
3
你得到什么错误？因为它对我有用（R 3.1）。第二种解决方案是@koshke的答案，只是没有卸载（因此不卸载程序包名称空间）。
— alko989 2014年
我遇到了同样的错误。关键是我给了与@Kohske相同的解决方案，但包名不同。它只是意味着如果您使用该软件包：那么它应该可以正常工作，但是，如果您不使用它，则会得到与问题中相同的错误。;）
— Mehrad Mahmoudian 2014年
等待...所以您尝试卸载一个甚至没有加载的软件包？您很惊讶您遇到了错误？
— 格雷戈尔·托马斯
@Gregor在按下下降投票按钮之前，请您再读一遍所有内容吗？！！！函数require（）和library（）几乎相同（在这种情况下，至少是这样），因此程序包已经加载！我对您缺乏信息不负责任！！
— Mehrad Mahmoudian 2015年
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在脚本之间来回移动时，有时仅需要卸载软件包。这是一条简单的IF语句，该语句将防止在尝试卸载当前未加载的程序包时出现警告。

if("package:vegan" %in% search()) detach("package:vegan", unload=TRUE)

在脚本顶部包含此内容可能会有所帮助。

希望您过得愉快！

— dca
source
3

您可以尝试使用所有要删除的软件包（及其附带的所有依赖项）来尝试删除，unloadNamespace()但内存占用量仍将保持不变。不，detach("package:,packageName", unload=TRUE, force = TRUE)也不行。

从全新的控制台或Session > Restart R通过pryr软件包检查内存：

pryr::mem_used()

# 40.6 MB   ## This will depend on which packages are loaded obviously (can also fluctuate a bit after the decimal)

检查我的 sessionInfo()

R version 3.6.1 (2019-07-05)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 10 x64 (build 17763)

Matrix products: default

locale:
[1] LC_COLLATE=English_Canada.1252  LC_CTYPE=English_Canada.1252    LC_MONETARY=English_Canada.1252 LC_NUMERIC=C                   
[5] LC_TIME=English_Canada.1252    

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_3.6.1   pryr_0.1.4       magrittr_1.5     tools_3.6.1      Rcpp_1.0.3       stringi_1.4.3    codetools_0.2-16 stringr_1.4.0   
[9] packrat_0.5.0

让我们加载Seurat程序包并检查新的内存占用量：

library(Seurat)
pryr::mem_used()

# 172 MB    ## Likely to change in the future but just to give you an idea

让我们使用unloadNamespace()删除所有内容：

unloadNamespace("Seurat")
unloadNamespace("ape")
unloadNamespace("cluster")
unloadNamespace("cowplot")
unloadNamespace("ROCR")
unloadNamespace("gplots")
unloadNamespace("caTools")
unloadNamespace("bitops")
unloadNamespace("fitdistrplus")
unloadNamespace("RColorBrewer")
unloadNamespace("sctransform")
unloadNamespace("future.apply")
unloadNamespace("future")
unloadNamespace("plotly")
unloadNamespace("ggrepel")
unloadNamespace("ggridges")
unloadNamespace("ggplot2")
unloadNamespace("gridExtra")
unloadNamespace("gtable")
unloadNamespace("uwot")
unloadNamespace("irlba")
unloadNamespace("leiden")
unloadNamespace("reticulate")
unloadNamespace("rsvd")
unloadNamespace("survival")
unloadNamespace("Matrix")
unloadNamespace("nlme")
unloadNamespace("lmtest")
unloadNamespace("zoo")
unloadNamespace("metap")
unloadNamespace("lattice")
unloadNamespace("grid")
unloadNamespace("httr")
unloadNamespace("ica")
unloadNamespace("igraph")
unloadNamespace("irlba")
unloadNamespace("KernSmooth")
unloadNamespace("leiden")
unloadNamespace("MASS")
unloadNamespace("pbapply")
unloadNamespace("plotly")
unloadNamespace("png")
unloadNamespace("RANN")
unloadNamespace("RcppAnnoy")
unloadNamespace("tidyr")
unloadNamespace("dplyr")
unloadNamespace("tibble")
unloadNamespace("RANN")
unloadNamespace("tidyselect")
unloadNamespace("purrr")
unloadNamespace("htmlwidgets")
unloadNamespace("htmltools")
unloadNamespace("lifecycle")
unloadNamespace("pillar")
unloadNamespace("vctrs")
unloadNamespace("rlang")
unloadNamespace("Rtsne")
unloadNamespace("SDMTools")
unloadNamespace("Rdpack")
unloadNamespace("bibtex")
unloadNamespace("tsne")
unloadNamespace("backports")
unloadNamespace("R6")
unloadNamespace("lazyeval")
unloadNamespace("scales")
unloadNamespace("munsell")
unloadNamespace("colorspace")
unloadNamespace("npsurv")
unloadNamespace("compiler")
unloadNamespace("digest")
unloadNamespace("R.utils")
unloadNamespace("pkgconfig")
unloadNamespace("gbRd")
unloadNamespace("parallel")
unloadNamespace("gdata")
unloadNamespace("listenv")
unloadNamespace("crayon")
unloadNamespace("splines")
unloadNamespace("zeallot")
unloadNamespace("reshape")
unloadNamespace("glue")
unloadNamespace("lsei")
unloadNamespace("RcppParallel")
unloadNamespace("data.table")
unloadNamespace("viridisLite")
unloadNamespace("globals")

现在检查sessionInfo()：

R version 3.6.1 (2019-07-05)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 10 x64 (build 17763)

Matrix products: default

locale:
[1] LC_COLLATE=English_Canada.1252  LC_CTYPE=English_Canada.1252    LC_MONETARY=English_Canada.1252 LC_NUMERIC=C                   
[5] LC_TIME=English_Canada.1252    

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] tools_3.6.1       stringr_1.4.0     rstudioapi_0.10   pryr_0.1.4        jsonlite_1.6      gtools_3.8.1      R.oo_1.22.0      
 [8] magrittr_1.5      Rcpp_1.0.3        R.methodsS3_1.7.1 stringi_1.4.3     plyr_1.8.4        reshape2_1.4.3    codetools_0.2-16 
[15] packrat_0.5.0     assertthat_0.2.1

检查内存占用量：

pryr::mem_used()

# 173 MB

链接到截屏演示

— 马修·J·奥尔达奇
source
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我想添加一个替代解决方案。该解决方案不能直接回答您有关卸载软件包的问题，但是恕我直言，IMHO提供了一种更清洁的方法来实现您期望的目标，据我所知，它广泛地涉及避免名称冲突和尝试不同的功能，如下所述：

主要是因为当我尝试使用不同的，相互冲突的软件包时，重新启动R令人感到沮丧，但是可以想象，可以在程序中使用它来使用一个函数，然后再使用另一个函数-尽管命名空间引用可能是一种更好的用法

解

功能with_package通过提供withr包提供了可能：

将程序包附加到搜索路径，执行代码，然后从搜索路径中删除程序包。但是，程序包名称空间并未卸载。

例

library(withr)
with_package("ggplot2", {
  ggplot(mtcars) + geom_point(aes(wt, hp))
})
# Calling geom_point outside withr context 
exists("geom_point")
# [1] FALSE

geom_point无法从全局名称空间访问示例中使用的示例。我认为与加载和卸载软件包相比，这可能是一种处理冲突的更干净的方法。

— 康拉德
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另请注意，您只能使用unload()一次。如果您第二次使用它而又没有重新运行它library()，则会得到不是很有用的错误消息无效的'name'参数：

library(vegan)
#> Loading required package: permute
#> Loading required package: lattice
#> This is vegan 2.5-6
detach("package:vegan",  unload=TRUE)
detach("package:vegan",  unload=TRUE)
#> Error in detach("package:vegan", unload = TRUE): invalid 'name' argument

由reprex包（v0.3.0）创建于2020-05-09

— 马蒂福
source
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只需转到OUTPUT窗口，然后单击Packages图标（位于Plot和Help图标之间）。从要卸载的包中删除“ 打勾/复选标记 ”。

要再次使用该软件包，只需在软件包前面加上“ 打勾或复选标记 ”，或使用：

library (lme4)
— 埃斯克
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除非您有自己的自定义库路径，否则不行。它没有显示在“包装”下，因此您必须执行上述方法
— zazu
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