我想使用python将打印重定向到.txt文件。我有一个“ for”循环，当我要将所有这些输出重定向到一个文件时，它将“打印”每个.bam文件的输出。所以我试着把

 f = open('output.txt','w'); sys.stdout = f

在我的脚本的开头。但是，.txt文件中什么也没有。我的脚本是：

#!/usr/bin/python

import os,sys
import subprocess
import glob
from os import path

f = open('output.txt','w')
sys.stdout = f

path= '/home/xug/nearline/bamfiles'
bamfiles = glob.glob(path + '/*.bam')

for bamfile in bamfiles:
    filename = bamfile.split('/')[-1]
    print 'Filename:', filename
    samtoolsin = subprocess.Popen(["/share/bin/samtools/samtools","view",bamfile],
                                  stdout=subprocess.PIPE,bufsize=1)
    linelist= samtoolsin.stdout.readlines()
    print 'Readlines finished!'
    ........print....
    ........print....

所以有什么问题？除了此sys.stdout以外，还有其他方法吗？

我需要我的结果看起来像：

Filename: ERR001268.bam
Readlines finished!
Mean: 233
SD: 10
Interval is: (213, 252)

最明显的方法是打印到文件对象：

with open('out.txt', 'w') as f:
    print >> f, 'Filename:', filename     # Python 2.x
    print('Filename:', filename, file=f)  # Python 3.x

但是，重定向标准输出对我也有效。像这样的一次性脚本可能很好：

import sys

orig_stdout = sys.stdout
f = open('out.txt', 'w')
sys.stdout = f

for i in range(2):
    print 'i = ', i

sys.stdout = orig_stdout
f.close()

从外壳本身进行外部重定向是另一个不错的选择：

./script.py > out.txt

其他问题：

脚本中的第一个文件名是什么？我看不到它已初始化。

我的第一个猜测是glob找不到任何bamfile，因此for循环不会运行。检查文件夹是否存在，并在脚本中打印出bamfiles。

另外，使用os.path.join和os.path.basename来操作路径和文件名。

您可以通过>>操作员重定向打印。

f = open(filename,'w')
print >>f, 'whatever'     # Python 2.x
print('whatever', file=f) # Python 3.x

在大多数情况下，最好只是正常地写入文件。

f.write('whatever')

或者，如果您要编写多个项目，并且之间要留有空格，例如print：

f.write(' '.join(('whatever', str(var2), 'etc')))

Python 2或Python 3 API参考：

print(*objects, sep=' ', end='\n', file=sys.stdout, flush=False)

的文件参数必须是与对象write(string)方法; 如果不存在或None，sys.stdout将使用。由于打印的参数将转换为文本字符串，print()因此不能与二进制模式文件对象一起使用。对于这些，请file.write(...)改用。

由于文件对象通常包含write()方法，因此您要做的就是将文件对象传递到其参数中。

写入/覆盖文件

with open('file.txt', 'w') as f:
    print('hello world', file=f)

写入/附加到文件

with open('file.txt', 'a') as f:
    print('hello world', file=f)

这完美地工作：

import sys
sys.stdout=open("test.txt","w")
print ("hello")
sys.stdout.close()

现在，您好将被写入test.txt文件。确保关闭stdout了close该文件中，没有它的内容不会被保存

不要print使用logging

您可以更改sys.stdout为指向文件，但这是处理此问题的笨拙且不灵活的方法。代替使用print，使用logging模块。

使用logging，您可以像打印一样进行打印stdout，也可以将输出写入文件。你甚至可以使用不同的消息级别（critical，error，warning，info，debug），例如，只打印重大问题到控制台，但仍记录次要代码行动的文件。

一个简单的例子

导入logging，获取logger并设置处理级别：

import logging
logger = logging.getLogger()
logger.setLevel(logging.DEBUG) # process everything, even if everything isn't printed

如果要打印到标准输出：

ch = logging.StreamHandler()
ch.setLevel(logging.INFO) # or any other level
logger.addHandler(ch)

如果还要写入文件（如果只想写入文件，请跳过最后一部分）：

fh = logging.FileHandler('myLog.log')
fh.setLevel(logging.DEBUG) # or any level you want
logger.addHandler(fh)

然后，无论在何处使用，都可以使用print以下logger方法之一：

# print(foo)
logger.debug(foo)

# print('finishing processing')
logger.info('finishing processing')

# print('Something may be wrong')
logger.warning('Something may be wrong')

# print('Something is going really bad')
logger.error('Something is going really bad')

要了解有关使用更多高级logging功能的更多信息，请阅读loggingPython文档中的优秀教程。

最简单的解决方案不是通过python；它通过外壳。从文件的第一行（#!/usr/bin/python），我猜您是在UNIX系统上。只需像平常一样使用print语句即可，而根本不会在脚本中打开文件。当您运行文件时，而不是

./script.py

运行文件，使用

./script.py > <filename>

<filename>用您要输出进入的文件名替换。该>令牌告诉（大多数）shell将stdout设置为以下令牌描述的文件。

这里需要提及的一件事是，必须使“ script.py”成为可执行文件./script.py才能运行。

因此，在运行之前./script.py，请执行以下命令

chmod a+x script.py （使脚本对所有用户可执行）

如果您使用的是Linux，建议您使用该tee命令。实现是这样的：

python python_file.py | tee any_file_name.txt

如果您不想更改代码中的任何内容，我认为这可能是最好的解决方案。您也可以实现logger，但是需要对代码进行一些更改。

您可能不喜欢此答案，但我认为这是正确的答案。除非绝对必要，否则不要更改stdout的目的地（也许您使用的是仅向stdout输出的库？在此情况下显然不是这种情况）。

我认为，作为一种好习惯，您应该以字符串的形式提前准备数据，然后打开文件并立即编写整个文件。这是因为输入/输出操作打开文件句柄的时间越长，此文件发生错误的可能性就越大（文件锁定错误，I / O错误等）。只需在一个操作中完成所有操作，就可以毫无疑问地确定何时出错。

这是一个例子：

out_lines = []
for bamfile in bamfiles:
    filename = bamfile.split('/')[-1]
    out_lines.append('Filename: %s' % filename)
    samtoolsin = subprocess.Popen(["/share/bin/samtools/samtools","view",bamfile],
                                  stdout=subprocess.PIPE,bufsize=1)
    linelist= samtoolsin.stdout.readlines()
    print 'Readlines finished!'
    out_lines.extend(linelist)
    out_lines.append('\n')

然后，当您完成每个列表项的一行数据行的收集时，您可以将它们与某些'\n'字符连接起来，以使整个内容可输出；也许甚至将输出语句包装在一个with块中，以提高安全性（即使出现问题，也会自动关闭输出句柄）：

out_string = '\n'.join(out_lines)
out_filename = 'myfile.txt'
with open(out_filename, 'w') as outf:
    outf.write(out_string)
print "YAY MY STDOUT IS UNTAINTED!!!"

但是，如果您要写入大量数据，则可以一次写入一份。我认为这与您的应用程序无关，但是这是替代方法：

out_filename = 'myfile.txt'
outf = open(out_filename, 'w')
for bamfile in bamfiles:
    filename = bamfile.split('/')[-1]
    outf.write('Filename: %s' % filename)
    samtoolsin = subprocess.Popen(["/share/bin/samtools/samtools","view",bamfile],
                                  stdout=subprocess.PIPE,bufsize=1)
    mydata = samtoolsin.stdout.read()
    outf.write(mydata)
outf.close()

如果重定向stdout可以解决您的问题，则Gringo Suave的答案很好地说明了如何实现。

为了使操作更简单，我使用以下语句制作了一个版本，该版本利用contextmanagers进行了简洁的通用调用语法with：

from contextlib import contextmanager
import sys

@contextmanager
def redirected_stdout(outstream):
    orig_stdout = sys.stdout
    try:
        sys.stdout = outstream
        yield
    finally:
        sys.stdout = orig_stdout

要使用它，只需执行以下操作（源自Suave的示例）：

with open('out.txt', 'w') as outfile:
    with redirected_stdout(outfile):
        for i in range(2):
            print('i =', i)

print当模块以您不喜欢的方式使用它时，对选择性重定向很有用。唯一的缺点（这在很多情况下都是大问题），如果想要多个具有不同值的线程是行不通的stdout，但这需要一种更好，更通用的方法：间接模块访问。您可以在此问题的其他答案中看到其实现。

更改sys.stdout的值不会更改所有要打印的调用的目的地。如果您使用其他方式更改打印目的地，则将获得相同的结果。

您的错误在其他地方：

• 可能是您针对问题删除的代码中（打开呼叫的文件名来自哪里？）
• 也可能是您不等待数据被刷新：如果在终端上打印，则每隔一行后都会刷新数据，但是如果您打印到文件，则仅在标准输出缓冲区已满（4096字节）时才刷新数据在大多数系统上）。

扩展循环打印功能的东西

x = 0
while x <=5:
    x = x + 1
    with open('outputEis.txt', 'a') as f:
        print(x, file=f)
    f.close()