在命令行（终端）上使用R脚本的最佳方法是什么？

使用R脚本从命令行进行简单绘图非常方便。但是，从bash脚本运行R根本不方便。理想可能是这样的

#!/path/to/R
...

要么

#!/usr/bin/env R
...

但我无法完成任何一项工作。

另一种选择是将脚本纯粹保留在R中，例如script.R，然后使用R --file=script.R或类似名称调用脚本。但是，脚本有时会依赖晦涩的命令行开关，此时，部分代码存在于脚本之外。例如：通过本地.Rprofile将东西从bash偷偷潜入R中，那么所需的开关就--vanilla意味着所有东西--no-init-file。

另一个选择是bash脚本，用于存储R标志并且可以轻松执行，然后调用R脚本。问题在于这意味着单个程序仅被拆分为两个文件，这些文件现在必须保持同步，一起传输到新计算机等。

我目前最不喜欢的选项是将R嵌入到bash脚本中：

#!/bin/bash
... # usage message to catch bad input without invoking R
... # any bash pre-processing of input
... # etc
R --random-flags <<RSCRIPT
# R code goes here
RSCRIPT

一切都在一个文件中。它是可执行文件，可以轻松处理参数。问题在于，像这样将bash和R结合在一起，几乎消除了任何IDE不能彼此失败的可能性，并使我的心脏受了重伤。

有什么更好的方法我想念吗？

内容script.r：

#!/usr/bin/env Rscript

args = commandArgs(trailingOnly = TRUE)
message(sprintf("Hello %s", args[1L]))

第一行是射帮线。最佳做法是使用/usr/bin/env Rscript而不是对R安装的路径进行硬编码。否则，您可能会在其他计算机上破坏脚本。

接下来，使其可执行（在命令行上）：

chmod +x script.r

从命令行调用：

./script.r world
# Hello world

尝试利特勒。littler为GNU R提供了hash-bang（即以＃！/ some / path开头的脚本）功能，以及简单的命令行和管道用法。

Miguel Sanchez的回应就是应该的方式。执行Rscript的另一种方式可以是“ env”命令来运行系统范围的RScript。

#!/usr/bin/env Rscript

#!/path/to/R因为R本身是脚本，所以不起作用，因此execve感到不高兴。

我用 R --slave -f script

如果您有兴趣将命令行参数解析为R脚本，请尝试从2.5.x版本开始与R捆绑在一起的RScript。

http://stat.ethz.ch/R-manual/R-patched/library/utils/html/Rscript.html

这有效，

#!/usr/bin/Rscript

但是我不知道如果您的计算机上安装了多个R版本，会发生什么情况。

如果你这样做

#!/usr/bin/env Rscript

它告诉解释器只使用路径上最先出现的R。

如果用于执行脚本的程序需要参数，则可以将其放在＃！的末尾。线：

#!/usr/bin/R --random --switches --f

不知道R，我无法正确测试，但这似乎可行：

axa@artemis:~$ cat r.test
#!/usr/bin/R -q -f
error
axa@artemis:~$ ./r.test
> #!/usr/bin/R -q -f
> error
Error: object "error" not found
Execution halted
axa@artemis:~$

只是要添加到此帖子的注释。的更高版本R似乎已经Rscript有所掩饰。对于2015年1月下载的OSX上的R 3.1.2-1，我Rscript在

/sw/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/bin/Rscript

因此，#! /sw/bin/Rscript我需要在脚本顶部使用以下内容，而不是类似。

#! /sw/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/bin/Rscript

将locate Rscript可能对您有所帮助。

您可能要使用python的rpy2模块。但是，“正确”的方法是使用R CMD BATCH。您可以对其进行修改以写入STDOUT，但默认设置是写入.Rout文件。请参见下面的示例：

[ramanujan:~]$cat foo.R
print(rnorm(10))
[ramanujan:~]$R CMD BATCH foo.R
[ramanujan:~]$cat foo.Rout

R version 2.7.2 (2008-08-25)
Copyright (C) 2008 The R Foundation for Statistical Computing
ISBN 3-900051-07-0

R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under certain conditions.
Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.

R is a collaborative project with many contributors.
Type 'contributors()' for more information and
'citation()' on how to cite R or R packages in publications.

Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.

[Previously saved workspace restored]


 ~/.Rprofile loaded.
Welcome at  Fri Apr 17 13:33:17 2009
> print(rnorm(10))
 [1]  1.5891276  1.1219071 -0.6110963  0.1579430 -0.3104579  1.0072677 -0.1303165  0.6998849  1.9918643 -1.2390156
>

Goodbye at  Fri Apr 17 13:33:17 2009
> proc.time()
   user  system elapsed
  0.614   0.050   0.721

注意：您需要尝试使用--vanilla和其他选项来删除所有启动项。

尝试使用smallR在命令行中编写快速的R脚本：

http://code.google.com/p/simple-r/

（r目录中的命令）

使用smallR从命令行进行绘制如下所示：

r -p file.txt

以下在Windows上使用MSYS bash对我有用-我的Linux机器上没有R，因此无法在那里尝试。您需要两个文件-第一个名为runr的文件使用文件参数执行R

# this is runr
# following is path to R on my Windows machine
# plus any R params you need
c:/r/bin/r --file=$1

您需要使用chmod + x runr使其成为可执行文件。

然后在您的脚本文件中：

#!runr
# some R commands
x = 1
x

注意＃！运行程序行可能需要包含运行程序的完整路径，具体取决于您如何使用命令，如何设置PATH变量等。

不漂亮，但似乎确实有效！