无法在Ubuntu 11.04中安装R包


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我是Linux和R的新手。

我在Ubuntu 11.04中安装了R 2.12。今天,我尝试安装新的软件包,所以我运行了以下命令:

install.packages('XML')

但是安装失败,并提供以下信息:

* installing *source* package XML ...
checking for gcc... gcc
checking for C compiler default output file name... a.out
checking whether the C compiler works... yes
checking whether we are cross compiling... no
checking for suffix of executables... 
checking for suffix of object files... o
checking whether we are using the GNU C compiler... yes
checking whether gcc accepts -g... yes
checking for gcc option to accept ISO C89... none needed
checking how to run the C preprocessor... gcc -E
No ability to remove finalizers on externalptr objects in this verison of R
checking for sed... /bin/sed
checking for pkg-config... /usr/bin/pkg-config
checking for xml2-config... no
Cannot find xml2-config
ERROR: configuration failed for package XML
* removing ‘/home/spirit/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.12/XML

The downloaded packages are in
    ‘/tmp/RtmpoZYxnv/downloaded_packages
Warning message:
In install.packages("XML") :
  installation of package 'XML' had non-zero exit status

我也尝试过:

sudo install.packages('XML')

但是它给出了相同的错误信息。

有人可以给我任何建议吗?


安装xml2-config
韦恩·沃纳

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这个问题(再次)在Ubuntu 14.04中帮了我
大忙

2
我不知道这个问题是否存在题外话,但是下面的答案也解决了我的Ubuntu Trusty Tahr问题。
msoftrain 2015年

是否应该将其移至AskUbuntu堆栈?这是与使用R或RStudio有关的一个问题(尽管可能会与其他软件一起发生?),这是由于Ubuntu中缺少必需的软件包所致。根据我在右侧看到的“相关”列表,这似乎是一个很常见的问题。可以正确地问为什么Ubuntu缺少这些软件包?
瑞克·亨德森

1
@rickHenderson对其他Linux发行版也很有用。

Answers:


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install.packages方法

您需要安装ubuntu软件包,libxml2-dev因此在shell提示符下键入:

sudo apt-get update
sudo apt-get install libxml2-dev

sudo为此,您将需要特殊的权限。

Ubuntu软件包方法

正如Richie和Dirk所述,您还可以使用:

sudo apt-get install r-cran-xml

如果您走这条路,我建议您检查一下R ubuntu源页面,这将确保您具有R的当前版本以及相关的R软件包。如果您使用的是LTS版本的ubuntu,这可能很重要。


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你可以尝试突触吗?寻找您需要的包裹
pacomet

r-cran-xml是不够的,不得不做libxml2-dev
Ferroao '17

分享我对类似问题的看法,这可能会帮助MAC用户。即使我拥有所有依赖库,我仍然会出错。经过大量的试验,这就是为我省钱的-在使用install.packages()通过rstudio安装时,提示您询问-是否要从源代码安装需要编译的软件包?是/否:在这里以“ n”表示您的回答。这对我有用。
奴才

在Debian中,伸展sudo apt-get install libxml2-dev工作就足够了
Adriano Rivolli

我收到此错误:sudo apt-get install r-cran-xml
Suat Atan PhD

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从狭义上讲,科林的答案是正确的,但与此同时,您只能说错

 sudo apt-get install r-cran-xml

因为XML是Ubuntu中可用的CRAN软件包之一。这样做apt-cache search r-cran-*确实看到了别人。

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