R中的Sankey图？

我正在尝试使用R中的Sankey Diagram可视化我的数据流。

我发现此博客文章链接到生成Sankey Diagram的R脚本，不幸的是，它是原始的并且有所限制（请参见下面的示例代码和数据）。

有谁知道其他脚本或什至是软件包吗？我的最终目标是通过图表组件的相对大小来可视化数据流和百分比，就像这些Sankey Diagrams示例一样。

我在r-help列表上发布了一个类似的问题，但是两周后没有任何回应，我在这里尝试了我的运气。

谢谢，埃里克

PS。我知道Parallel Sets Plot，但这不是我想要的。

# thanks to, https://tonybreyal.wordpress.com/2011/11/24/source_https-sourcing-an-r-script-from-github/
  sourc.https     <- function(url, ...) {
# install and load the RCurl package 
if (match('RCurl', nomatch=0, installed.packages()[,1])==0) {
  install.packages(c("RCurl"), dependencies = TRUE)
  require(RCurl)  
} else require(RCurl)    

# parse and evaluate each .R script
  sapply(c(url, ...), function(u) {
    eval(parse(text = getURL(u, followlocation = TRUE, 
    cainfo  = system.file("CurlSSL", "cacert.pem", 
    package = "RCurl"))), envir = .GlobalEnv)
 } )
 }

# from https://gist.github.com/1423501
sourc.https("https://raw.github.com/gist/1423501/55b3c6f11e4918cb6264492528b1ad01c429e581/Sankey.R")

# My example (there is another example inside Sankey.R):
inputs = c(6, 144)
losses = c(6,47,14,7, 7, 35, 34)
unit = "n ="

labels = c("Transfers",
           "Referrals\n",
           "Unable to Engage",
           "Consultation only",
           "Did not complete the intake",
           "Did not engage in Treatment",
           "Discontinued Mid-Treatment",
           "Completed Treatment",
           "Active in \nTreatment")

SankeyR(inputs,losses,unit,labels)

# Clean up my mess
rm("inputs", "labels", "losses", "SankeyR", "sourc.https", "unit")

用以上代码生成的Sankey图，

可以通过networkD3包创建该图。它允许您创建交互式sankey图。在这里您可以找到一个例子。我还添加了一个屏幕截图，以便您了解它的外观。

# Load package
library(networkD3)

# Load energy projection data
# Load energy projection data
URL <- paste0(
        "https://cdn.rawgit.com/christophergandrud/networkD3/",
        "master/JSONdata/energy.json")
Energy <- jsonlite::fromJSON(URL)
# Plot
sankeyNetwork(Links = Energy$links, Nodes = Energy$nodes, Source = "source",
             Target = "target", Value = "value", NodeID = "name",
             units = "TWh", fontSize = 12, nodeWidth = 30)

我创建了一个包（riverplot），该包与Sankey函数相比具有稍微不同但重叠的功能，并且可以生成如下图：

如果您想使用R进行操作，则最好的出价似乎是@Roman建议-修改SankeyR函数。例如，下面是我的快速解决方法，只需将标签垂直放置，适当地偏移它们，并减小输入参照的字体，以使其看起来更好。此修改仅更改SankeyR函数中的行171和223 ：

    #line171 - change oversized font size of input label
    fontsize = max(0.5,frInputs[j]*1.5)#1.5 instead of 2.5 

    #line223 - srt changes from 35 to 90 to orient labels vertically, 
    #and offset adjusts them to get better alignment with arrows
    text(txtX, txtY, fullLabel, cex=fontsize, pos=4, srt=90, offset=0.1)

我不是三角学的王牌，但这确实是改变箭头方向所需要的。在我看来，这是理想的选择-如果您可以调整松动箭头，使它们水平而不是垂直。否则，为什么我的解决方案解决了标签方向问题，但并没有使图表更具可读性...

除了rCharts之外，现在还可以使用googleVis（版本> = 0.5.0）在R中生成Sankey图。例如，该交描述了使用googleVis如下图的生成：

R的 冲积包也将执行此操作（来自?alluvial）。

# install.packages(c("alluvial"), dependencies = TRUE)
require(alluvial)

# Titanic data
tit <- as.data.frame(Titanic)

# 4d
alluvial( tit[,1:4], freq=tit$Freq, border=NA,
     hide = tit$Freq < quantile(tit$Freq, .50),
     col=ifelse( tit$Class == "3rd" & tit$Sex == "Male", "red", "gray") )

plotly与networkD3包具有相同的功能（example链接）。

从这些定义来看此功能（如并行集图）缺乏拆分和合并流（即通过多个转换）的能力。

由于Sankey图是有向加权图，因此qgraph之类的软件包可能会有用。

SankeyR如果您按降序对损失进行排序，则该功能将提供更清晰的标签，因为文本放置在靠近箭头的位置而没有重叠。

请访问//sankeybuilder.com，因为它提供了一个随时可用的解决方案，您可以在其中随时间上传数据和播放变化。过渡效果很好（类似于您问题中的youtube演示）。如果加载SankeyTrend演示，则它包含许多时隙（数据年）。加载后（自动生成sankey），单击页面右上角的播放按钮以播放时隙，您甚至可以暂停和恢复时间。演示网址在这里： SankeyTrend希望这可以帮助您寻求完美的Sankey图。

为了完整起见，还有 ggalluvialggplot2 extension用于冲积/桑基图软件包。

这是从软件包文档中获取的示例

# devtools::install_github("corybrunson/ggalluvial", ref = "optimization")
library(ggalluvial)

titanic_wide <- data.frame(Titanic)
ggplot(data = titanic_wide,
       aes(axis1 = Class, axis2 = Sex, axis3 = Age,
           y = Freq)) +
  scale_x_discrete(limits = c("Class", "Sex", "Age"), expand = c(.1, .05)) +
  xlab("Demographic") +
  geom_alluvium(aes(fill = Survived)) +
  geom_stratum() + geom_text(stat = "stratum", label.strata = TRUE) +
  theme_minimal() +
  ggtitle("passengers on the maiden voyage of the Titanic",
          "stratified by demographics and survival") +
  theme(legend.position = 'bottom')

ggplot(titanic_wide,
       aes(y = Freq,
           axis1 = Survived, axis2 = Sex, axis3 = Class)) +
  geom_alluvium(aes(fill = Class),
                width = 0, knot.pos = 0, reverse = FALSE) +
  guides(fill = FALSE) +
  geom_stratum(width = 1/8, reverse = FALSE) +
  geom_text(stat = "stratum", label.strata = TRUE, reverse = FALSE) +
  scale_x_continuous(expand = c(0, 0), 
                     breaks = 1:3, labels = c("Survived", "Sex", "Class")) +
  scale_y_discrete(expand = c(0, 0)) +
  coord_flip() +
  ggtitle("Titanic survival by class and sex")

^{由reprex软件包（v0.2.1.9000）创建于2018-11-13}

只是开源了一个使用冲积图来可视化工作流程阶段的程序包。由于使用冲积形式时会保留历史记录，因此边缘没有任何交叉。

https://github.com/claytontstanley/shiny.alluvial