使用时空并行的PDE计算示例


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在初始边界值PDEs的数值解中,在空间中采用并行性是很常见的。在时间离散化中采用某种形式的并行性的情况要少得多,并且并行性通常受到更大的限制。我知道越来越多的代码和已发表的作品展示了时间并行性,但是它们都不包含空间并行性。

是否有在空间和时间上都包含并行性的实现示例?我对出版物和可用代码都感兴趣。


我刚刚找到了该预印本,将Parareal与空间域分解相结合,用于2048个处理器上的不可压缩的Navier-Stokes:icsweb.inf.unisi.ch/preprints/preprints/file201203.pdf
David Ketcheson,2012年

Answers:


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PFASST(并联式近似方案在空间和时间)和PEPC(相当有效的并行库仑)算法,最近被一起使用,以实现在空间和时间上并行。

PFASST做时间并行,PEPC做空间并行。其结果最近在DD21大会上发表,我们已经为SC12准备了一份描述PFASST + PEPC组合的文件。

仅使用PEPC(即,仅在空间上平行),就显示了一个由400万个粒子组成的“小”问题(PEPC是平行的N体求解器)可以在JUGENE上很好地扩展至8192个核。除此之外,通信成本变得很高,并行效率开始下降。PFASST的添加使该固定大小的问题可以通过使用32个“时间”处理器(每个处理器由8192个“空间”内核组成)在262,144个内核上运行(即,我们填满了JUGENE)。

尽管时间并行算法的并行效率不是100%,但使用此PFASST + PEPC配置,使用32个PFASST处理器,我们可以获得约6.5倍的加速。

这是预印本的链接:大规模时空并行N体求解器


马特听起来很整洁,请在准备好时通过草稿链接进行更新。
阿隆·阿玛迪亚

太棒了,正是我想要的。顺便说一句,很好的工作。
David Ketcheson

谢谢!我将尽快发布链接。顺便说一句,我还成功地使用了PETSc DA在PyPFASST内部分配了浅水求解器的空间域。
马修·埃米特

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@AronAhmadia,添加了预印本的链接!
马修·埃米特

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还有时空DG和连续Galerkin方法。选择正交后,在时间方向上具有结构化网格的时空DG等效于隐式Runge-Kutta方法。但是,时空DG方法允许在域的不同部分使用不同的步长,这种情况很难用隐式RK方法进行分析。时空多重网格方法也可以在这种情况下应用。


我不明白这是如何并行的。您能指出一个例子还是解释更多?
David Ketcheson

当您扩大域的大小时,您将分解为给定大小的更多域。时空方法将时间维度添加到域中,从而增加了并行度。请注意,一次执行多个相关的操作具有巨大的计算优势,因此要获得适度大小的时间平板的最大性能,您可能仍只能在空间中分解,并在时间维度上进行局部矢量化。
杰德·布朗

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一旦考虑了时空并行模拟,子域就是多个时间级别上的时空。一种称为波形弛豫的方法利用时空子域,但仅在空间中并行化(时间维度无分区)。因此,空间分区和时间分区的笛卡尔式给出了一种时空并行性。您可以在此处找到有关这种笛卡尔方法的论文。正如杰德·布朗(Jed Brown)在回答中所提到的,时空方法不仅提供了更灵活的并行模拟,而且还提供了离散化的适应性。关于后一个主题,您可以搜索Schwab的作品,另请参见其项目。对于同时利用并行性和适应性的工作,您可以在R. Haynes的主页上观看。


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看看Parareal算法及其相关的工作,例如频谱延迟校正(简单的Google搜索会发现很多内容)。基本思想是在时间上使用粗略的“网格”并执行粗略的时间步进,然后再遍历它,并在更精细的时间尺度上执行校正。它似乎主要用于流体模拟中,但是我在电磁学领域,所以我真的不能多说。我知道的唯一原因是因为我参加了关于延迟校正方法的研讨会,并且很有趣的是,任何类型的并行化都可以及时完成。


我知道这些,但是您能指出将它们与空间并行性结合使用的情况吗?
David Ketcheson

显然,延迟或缺陷校正方案本身与Parareal和/或时间并行方案没有任何关系。
马修·埃梅特

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最佳控制中使用的多重拍摄方法经过设计,可以并行解决每个拍摄间隔上的子问题。我不知道将这些与空间并行性相结合的论文(在过去,方程是依赖于时间的空间PDE的情况下,解决了很多最优控制问题),但是很明显,如何在其中进行并行处理时间和空间。

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