可视化非常大的链接图

我正在寻找一种可视化非常大的有向链接图的工具。我目前有约200万个节点，边缘约有1000万个。我尝试了几种不同的方法，但是大多数方法甚至要花费数小时才能完成10万个节点图

我尝试过的工作：
我在gephi中度过了一天，但是添加了8万个节点大约需要一个小时，并且该应用程序几乎变得毫无用处。

有什么建议么？

交互式可视化将是一个加号。

Graphviz应该可以工作。我相信，佛罗里达大学稀疏矩阵集合中与矩阵相关的图像是使用sfdp（由Yifan Hu开发的力导向图可视化算法）可视化的。集合中的大多数矩阵都具有与生成相应的可视化效果相关的计算时间，因此您可以搜索其图的特征与您希望可视化的图相似的矩阵。例如，具有约210万个节点和约300万个边的图形需要花费约36000的Hu来生成，即10个小时。虽然尚不清楚使用什么硬件来生成图形，但可以合理地猜测是使用台式机还是笔记本电脑，并且时间至少可以使您大致了解绘制图形所花费的时间。Hu的算法似乎是最先进的可视化算法之一（他于2005年发表），但由于不是该领域的专家，所以我无法确定是否存在更好的算法。该算法作为Graphviz的一个选件提供，旨在用于大型图（例如您描述的图）。

在JavaScript的InfoVis工具包有注释简洁的人机交互界面局部图形的意见。这些演示可能与您有关：

• Debian软件包依赖关系（注意：这是一个没有脚本的存档页面）
• 带树（这是另一个本地可探索版本）

参见Graphinsight 1.2，可以轻松处理数百万个节点，并且是交互式的3D模式。

您还可以使用高效的代数方法或强制定向方法，对具有数百万个节点和边的图形进行布局。它有试用版可供评估（免责声明：我是该程序的作者之一）。

www.graphinsight.com

以下是一些建议和随着时间的推移收集的链接：

• 对于2M节点，很难推荐不知道您的硬件的任何东西，并且可能需要进行一些数据缩减，但是如果要获取免费提供的资源，zGrViewer可能适合您的可视化需求（需要GraphViz）。
• 遵循@pyCthon的想法，建议您还看看VisIt在绘图中的交互性。
• 我正在重新访问R统计语言的igraph软件包，其中包括整洁的布局算法（Fruchterman-Reingold和Kamada-Kawai）。
• 大型图布局库现在位于SourceForge上。

我们一直在构建http://www.github.com/graphistry/pygraphistry，以使大多数浏览器和笔记本都能做到这一点。这个想法是使用WebGL渲染大图（平移/缩放/等），并将大多数实时计算（布局，过滤器等）卸载到GPU云中。它类似于Gephi或Cytoscape，但更多地侧重于大图和数据分析，并集成到Web和笔记本电脑中。

您可以尝试使用“郁金香” [1]，我认为它可以处理非常大的图形（至少我在10K到100K的节点上尝试过，并且效果很好）。

[1] http://tulip.labri.fr/TulipDrupal/