发表强调软件的论文的场所

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软件是计算科学的基础部分，并且日益被视为科学记录的必要部分。鉴于使用现有代码和经过良好测试的代码的价值，似乎有必要尽可能广泛地交流有用代码的存在并赞扬其创建者。在学术环境中，这意味着发表一些主要针对软件的论文。

谁可以在哪里发表主要着眼于计算软件的学术著作？完全清楚地说，我指的是可能不包含任何新的数学，算法等的作品-它们实际上专注于软件。

我也想听听那些向这些期刊提交过此类论文的人的来信，他们的经历是什么样的，以及他们推荐的场所。

给出的答案摘要：

software  publications 
— David Ketcheson
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1
由于它将最终出现在我们的社区中，并且您是mod，因此接受率非常低。另外，这似乎是一个问题，在这里不可能有任何正确的答案-也许是CW饲料？
— Fomite 2012年
我可以在哪些期刊上免费发布软件？我已经决定在（科学的一般领域）发布我的软件，但是大多数期刊都要求我付出高昂的费用。
— 尤拉

Answers:

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还有其他一些特定于应用程序的期刊可以列出：例如《计算物理杂志》或《计算机物理通信》，它们既接受有关算法的知识，也接受用于实现它们的软件的文章。如果您在化学领域，则《化学理论与计算杂志》可能是另一本要考虑的杂志。所有这些都允许发布程序包-我已经在其中讨论了使用的代码。计算机和化学工程确实允许软件实施论文，但是他们需要做一些原创的工作-它不能是“增量进步”论文。

— 邮件
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根据计算机和化学工程的目标和范围，“软件实现的报告必须具有最新计算技术的新颖用途。” 仅凭这句话我还是不太清楚，多少进步将使一件小说变得新颖，但该期刊本身就有许多例子。
— Geoff Oxberry 2012年
您能指出我主要关注软件的JCP论文吗？
— David Ketcheson 2012年
安德森等。是基本启动HOOMD的论文。我猜想可以说，他们比代码更关注“实现”，但是在某些时候，很难将两者完全区分开。
— aeismail 2012年
嗯，是的，当我写这个问题时，我并没有想到以绩效为导向的论文，但这是一个灰色地带。
— David Ketcheson 2012年
4

工程软件的进步是一个很好的进步，应用程序的差别也很大。

《统计软件杂志》是另一本关注软件的书，但它是针对特定应用的。这个中有很多R。

我还要补充一点，我从未在其中任何一篇中发表文章，因此我无法谈及这种经历，但我确实关注它们并发现文章质量很高。

— 巴伦
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4

我已经发表了几篇软件论文。其中一项是《生物医学BMC源代码》中的“多尺度系统免疫学项目：基于细胞的免疫模拟软件和PLoS ONE- SNPpy-数据库管理，用于基因组广泛关联研究中的SNP数据”。

这是两个截然不同的项目。前者是为模拟免疫系统而编写的基于仿真代理的系统，因此属于计算生物学。后者是一个基于数据库的系统，用于在GWAS环境中管理SNP数据，因此属于生物信息学领域。

就出版经验而言-与数学论文相比等待时间很短，这很好。审稿人没有给我辛苦的时间，这也很好。在不利方面，发布软件论文非常耗时。您有一篇论文以及一个要处理的代码库，更不用说用户文档了。

我确实感到不安的一件事是，我看不到任何证据表明审阅者实际上已经在努力运行该软件，而几乎没有证据表明他们了解代码设计甚至看过代码。上面的两个期刊每个都有两个审阅者报告。在前一个（BMC）案例中，一位审阅者表示他曾尝试安装/运行该软件但失败了（我们已解决了一个问题），但是在这四项审阅中，这是唯一一个具体提及实际软件的评论。关于科学问题和我在本文中提出的论点，大多数评论都比较笼统。总的来说，我觉得审稿人基本上只是读了这篇论文。在理想的情况下，审阅者也会对软件设计和代码细节感兴趣，包括性能，依赖性，可移植性，可扩展性和测试。SNPpy的审阅者确实询问了可移植性和可扩展性。正如我在论文中声称的那样，该软件既可移植又可扩展，但是我认为他们实际上并没有看这些代码。公平地讲，了解一个不平凡的代码库的含义是一项艰苦的工作，而且可能超出无薪审稿人的合理预期。

我在这两篇论文中都使用了LaTeX。在PLoS案例中，这涉及很多步，使稿件看起来像他们想要的样子，因为他们实际上并不使用LaTeX，而是运行某些转换程序。PLoS弄乱了我的数字转换，这是使用TikZ完成的，非常好，但是从它们的版本看，您将不会知道。还要注意的是，PLoS不提供手稿证明。

— 法赫姆·米莎（Faheem Mitha）
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4

该杂志计算化学（专文段）和国际期刊量子化学的软件和算法的报告。

— 死气息
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在《计算化学杂志》的目的和范围内，我看不到任何类似的东西。您能否指出期刊中软件论文的示例？
— David Ketcheson，2012年
他们有专门针对软件的“软件新闻和更新”部分。请参阅“特殊文章类型”下的作者指南（onlinelibrary.wiley.com/journal/10.1002/(ISSN)1096-987X/…）。
— khinsen 2012年
JCompChem是一个报告大型软件包更新的地方，但距离算法工作的最佳场所还很远。在过去的20年中，IJQC的排名下降了很多。如今是第三或第四级期刊。那里报道的软件或算法工作很少，而且往往相对没有意思。
— 杰夫
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我尚未在此列表中看到的两个，有时可能引起我以外的人的兴趣的是《美国流行病学和流行病学杂志》。

如果您编写了巧妙的软件来完成流行病学家关心的事情，他们可能会很好地发布它。我最近看过至少有关SAS宏的短篇文章，以完成更为复杂的统计分析，执行联接点回归的程序以及使用有向无环图执行某些特定于领域的事情的程序。

原来提到的出版物之一是《流行病学》：http : //journals.lww.com/epidem/Fulltext/2011/09000/DAGitty__A_Graphical_Tool_for_Analyzing_Causal.22.aspx

我怀疑的任何期刊都没有说过他们在寻找有关软件的文章-在不是软件的学科中，是针对特定领域的期刊是什么，但是包括软件在内的分析并不少见，链接是一个例子。文章完全专注于软件产品。

AJE：

有关流行病学或统计方法的实际应用（例如统计技术的实施或访谈策略的评估）的论文发表在标题为“流行病学实践”的部分。

流行病学：以上文章以信函形式发表。如果您有一位友好的同事或该领域的某个感兴趣的人士，他们也会接受软件评论。

我知道，事实上，他们鼓励使用代码进行电子补编，而且我在这里至少阅读了一些内容，并提供了指向Github存储库的链接。

— 方铁
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您可以提供指向特定示例的链接吗？我在期刊说明中看不到有关软件的任何内容。
— David Ketcheson 2012年
@DavidKetcheson按照要求
— 传染体
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《机器学习研究杂志》（JMLR）拥有“机器学习开源软件”轨道。这是相当有选择性的（我认为这是一件好事）。该期刊完全免费（供作者和读者使用），由志愿人员发行。

— 盖尔·瓦罗夸（Gael Varoquaux）
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数学优化协会最近发布了《日刊》

数学编程计算

从他们的“目标和范围”：

数学编程计算（MPC）发表有关数学优化中计算问题的原始研究文章。文章报告了创新软件，比较测试，建模环境，数据库和/或应用程序。该期刊的主要特征是将随附的软件和数据与已提交的稿件包括在内。

关于主题，他们写道：

MPC涵盖的主题包括线性编程，凸优化，非线性优化，随机优化，鲁棒性优化，整数编程，组合优化，全局优化，网络算法和建模语言。

— 短剑
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科学与工程中的计算是另一种选择。它是一本科学期刊（带有推荐的专题文章）和一本杂志（带有未引用的常规专栏）的混合体。它发布了一些读者可能会感兴趣的文章。因此，有关软件的文章应包含一些有趣的材料，例如有关所使用的特定技术的材料，比软件本身对广大读者有用。

我也许应该补充一点，我是该杂志编辑委员会的成员。

— 辛辛
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有一些特定于应用程序的期刊

计算机与地球科学，计算机与流体，计算机与结构

等等

— 斯塔利
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您可以在其中发表有关软件的文章吗？从他们的“目标和范围”对我来说还不清楚。似乎文章有望包含新算法或新应用。
— David Ketcheson 2012年
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