14 我是分子动力学（MD）模拟的新手。就模拟时间而言，分子动力学模拟的复杂性是多少？换句话说，如果我想将模拟时间从10纳秒增加到20纳秒，那么对于运行时间的增加我有什么期望？ molecular-dynamics complexity — 丹尼尔·斯坦迪奇 source
16 分子动力学模拟是线性的（O(n)在时间模拟（假定单个时间步长（长度））是不变）。由于每个时间步仅依赖于先前的配置（而不依赖于之前的任何配置），因此增加时间步的数量会导致时间线性增加。Δ ŤΔŤ — 布莱恩·迪格斯 source 6 另外，当不使用像PME这样的修饰静电时，就模拟系统大小而言，复杂度通常与O（n ^ 2）成比例。 — 基思·卡伦伯格 1 @KeithCallenberg没错；我没有提到它，因为问题没有问这个。这可能是更完整地说，它扩展为O(n^2)O(t)其中n是大小（颗粒数），并t是时间步长（时间由每个时间步长的大小模拟主机划分）的数目。 — Brian Diggs 1 比这还复杂一点，不是吗？如果您正在研究没有中断的系统，则应为O（N ^ 2）；O（N log N），如果您正在使用带截止功能的不带电系统或使用基于网格的方法进行带电的系统。 — aeismail 2011年