有什么有效的方法来组织R代码和输出？[关闭]

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我正在寻找其他人如何组织其R代码和输出的输入。

我目前的做法是在文本文件的块中编写代码，如下所示：

#=================================================
# 19 May 2011
date()
# Correlation analysis of variables in sed summary
load("/media/working/working_files/R_working/sed_OM_survey.RData")
# correlation between estimated surface and mean perc.OM in epi samples
cor.test(survey$mean.perc.OM[survey$Depth == "epi"], 
    survey$est.surf.OM[survey$Depth   == "epi"]))
#==================================================

然后，我将输出粘贴到另一个文本文件中，通常带有一些注释。

此方法的问题是：

除了按日期以外，未显式链接代码和输出。
代码和输出是按时间顺序组织的，因此可能很难搜索。

我考虑过使用所有内容制作一个Sweave文档，因为那时我可以制作目录，但这似乎比它提供的好处更麻烦。

让我知道您用于组织R代码和输出的任何有效例程，这些例程将有助于有效地搜索和编辑分析。

r project-management

— DQdlM
source

2

只是为了避免复制/粘贴，sink()否则capture.output()可能是您的朋友。值得考虑的报告实用程序，例如Hmisc，Sweave或brew（您的要点1）。版本控制系统（rcs，svn或git）可能对第2点有所帮助

— 。– chl

@chl-感谢您的建议。我不知道 sink()和capture.output()。那很棒。

— DQdlM 2011年

1

今天也有针织衫！

— kjetil b halvorsen

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您不是第一个问这个问题的人。

管理统计分析项目–准则和最佳实践
R的工作流程
R Workflow： Jeromy Anglim 在墨尔本R Users上的演讲幻灯片（包括专门用于R Workflow的另一长得多的网页列表）
我自己的东西：具有R和LATEX的动态文档是可重复研究的重要组成部分
与项目组织的更多链接：如何有效地管理统计分析项目？

— 伯恩德·魏斯
source

+1，并且您提供的第一个链接在其中引用了一个线程：-)

— chl

@chl谢谢！我想知道这个问题是否重复，应该关闭...

— Bernd Weiss

是的，IMO。但是，由于没有关闭票，我不愿意关闭它。此外，年龄较大的对象更为笼统，但过去已经解决了一个非常类似的问题。让我们拭目以待吧。

— chl

谢谢你的清单！这非常有用。我以为我不是第一个提出这个问题的人，但是我的搜索（显然是无效的）似乎并没有发现太多。

— DQdlM 2011年

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我将每个项目或分析的所有内容组织成4个文件。（1）“代码”，用于存储R函数的文本文件。（2）'sql'保留用于收集数据的查询的位置。（3）'dat'我保存原始数据和处理后数据的副本（通常为csv）的地方。（4）“ rpt”，用于存储分发的报告。

我所有的文件都使用非常冗长的名称命名，例如“ analysis_of_network_abc_for_research_on_modified_buffer_19May2011”

我还预先写了详细的文档，在其中组织了假设，任何假设，包括和排除标准，以及为达到可交付成果而打算采取的步骤。所有这些对于可重复的研究都是无价的，并使我的年度目标设定过程变得更加容易。

— 将
source

2

现在，我已切换到Sweave，我再也不想回头了。尤其是当您将图作为输出时，跟踪用于创建每个图的代码要容易得多。这也使在开始时更容易纠正一件小事并使它在输出中引起波动，而无需手动重新运行任何东西。

— 亚伦-恢复莫妮卡
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1

编织很棒。这需要一些时间来适应，但是如果您已经了解TeX和R，那么它是显而易见的选择。它还使您不必再花费时间来对齐表列，这很好。

— richiemorrisroe 2011年

感谢您的输入。我对Sweave的2个担心是：1）我将在目录中保存大量的文件-特别是包含大量数字，以及2）我将必须非常小心地使用代码，以防止每次编译整个文档时都出现打ic （例如，我认为加载了某些东西而没有加载）。你有这些问题吗？

— DQdlM 2011年

1）如果需要，您可以选择删除中间文件；我使用的是Sweave.sh脚本（cran.r-project.org/contrib/extra/scripts/Sweave.sh），它会自动执行；虽然可以轻松关闭。如果这样做，请确保在使用它之前知道要删除的内容，以防止可能的灾难。简短的版本是，如果没有文件共享Rnw文件的基本名称，则可以。

— 亚伦-恢复莫妮卡

2）我认为，以这种方式谨慎是一件好事，有时会出于确切的目的编译我的Sweave文档，即确保我正确地跟踪了重新创建Sweave文档所需的一切。分析。

— 亚伦-恢复莫妮卡

1

@ naught101：对于长时间的分析，我会单独运行它，并将结果通常保存在.RData文件中，以供Sweave文档输入。但是，还有一些很棒的选项可以“缓存”代码块中的结果，因此不会重新运行。

— 亚伦-恢复莫妮卡2012年

2

为了构造单个.R代码文件，您还可以使用strcode（我创建的RStudio插件）来插入代码分隔符（带有可选标题）并基于它们-获取代码文件的摘要。我将在此博客文章中更详细地解释其用法。

— 洛伦兹·沃尔瑟特
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