哪个表可用于交叉表分析:Boschloo或Barnard?


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我正在分析来自30位患者的小型数据集的2x2表。我们正在回顾性地尝试寻找一些变量,这些变量可以提示选择哪种治疗方法。变量(obs正常/奇怪)和治疗决策(A / B)具有特殊意义,因此数据如下所示:

Obs / Tr。十二月一个正常121325奇怪0551218岁30

显然,一个单元格缺少条目,这不包括卡方检验,而Fisher的精确检验没有给出饱和的p值(但仍小于10%)。因此,我的第一个想法是找到一种功能更强大的测试,并且在博客本文中有关Barnard和Boschloos测试的文章中进行了阅读 ,总的来说,有以下三种情况可以产生强大的测试:

  1. 固定列和行和 Fisher的精确检验
  2. 固定的列或(xclusive)行和 Barnard的精确检验
  3. 没有固定的 Boschloos的精确测试

上面的文章指出,处理A和处理B的总和以前几乎是未知的,因此我们可以排除Fisher的精确检验。但是其他选择呢?如果我们有健康的对照,我们可以控制安慰剂和verum组,我们可以控制这些数字,因此可以选择2:Barnard。就我而言,我不确定,因为一方面我们有一个类似的数学问题(观察水平的总和等于安慰剂/ verum的总和),这导致了Barnard,但设计有所不同,因为我们无法控制nr。采样前正常/奇怪的观察结果,导致3:Boschloo。

那么应该使用哪个测试,为什么呢?我当然要大功率。

(我想知道的另一个问题是,如果在chisq.testr的情况下使用不是更好prop.test(x, alternative = "greater")?在这里对理论方面进行了说明。)


您是否会问这个问题,费舍尔检验是否会给出低于您的显着性水平的ap值?
Michael M

由于列是固定的(听起来您的文章暗​​示了Barnard的观点),但我不付出就无法做到:(
MikeP

@Michael:我认为这通常是一个相关的问题,但是如果没有特定的问题,我可能不会考虑进行更深入的研究。
塔兹

@迈克:对,我在学院里,没有考虑过付费墙。如果我找到免费的解决方案,则将其添加。但是,我认为我没有指出足够清楚的问题。在我的情况下,治疗组不受控制,而是医生进行一些手动诊断的结果,我想找出治疗A或B的决定是否与观察变量有关。以及要应用的测试以及如何最佳地应用它。
塔兹

嗯,那么想想进入研究的人到最后可能会归为这四个类别中的任何一个吗?
MikeP 2015年

Answers:


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关于术语“ Barnard”检验或“ Boschloo”检验可能会有一些混淆。巴纳德的精确检验是无条件检验,因为它不能在两个边界上都进行检验。因此,第二弹和第三弹都是巴纳德的考验​​。我们应该改写:

  1. 固定两个边距(Hypergeometric Dist'n)→Fisher的精确检验
  2. 固定一个边距(双二项式距离)→巴纳德的精确检验
  3. 没有固定的边距(多项式距离)→巴纳德的精确检验

Barnard的精确检验包含两种类型的表,因此我们通过适当地说“二项式”或“多项式”模型来区分两者。

通常,Barnard的精确检验要么使用Z池(即得分)统计量来确定“等于或大于极限”表。请注意,最初的Barnard论文(1947)使用更复杂的方法来确定更极端的表(称为“ CSM”)。Boschloo的精确检验使用Fisher的p值来确定“等于或大于极限”表。Boschloo的测试比Fisher的精确测试强大得多。

对于您的数据集,听起来好像两个边距都没有固定,因此建议对多项模型使用Boschloo的精确检验。我发现Boschloo的检验对于不平衡的保证金比率要好一些(尽管通常与使用Z池统计量的Barnard的精确检验非常相似)。但是,由于Boschloo的检验模型和多项式模型的计算量都很大,因此您也可以使用二项式模型(为什么这样做仍然很合适的原因有些复杂;总而言之,边距是一个近似的辅助统计量,因此可以以保证金为条件)。有关确切测试和实现信息的更多详细信息,请使用Exact R软件包(https://cran.r-project.org/web/packages/Exact/Exact.pdf)。我是软件包的作者,它是博客上代码的更新版本。


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感谢您的明确声明!很高兴在几行中有这个解释。最后,我做到了,就像您阅读了这篇非常好而且很长的论文后写的一样;-)
Taz
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