学习马尔可夫链和隐马尔可夫模型的资源

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我正在寻找资源（教程，教科书，网络广播等）来了解Markov Chain和HMM。我的背景是生物学家，目前正在从事与生物信息学有关的项目。

另外，我需要对Markov模型和HMM有足够了解的必要数学背景是什么？

我一直在寻找使用Google的方法，但是到目前为止，我还没有找到一个很好的入门教程。我敢肯定，这里的人知道得更多。

references  markov-process  hidden-markov-model  bioinformatics 
— 弓
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您可能应该将您的帖子设为社区Wiki，因为没有正确的答案。
— csgillespie 2010年
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我已经转换了。

Answers:

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以下是一些教程（以PDF形式提供）：

  1. Dugad和Desai，隐藏式马尔可夫模型教程
  2. Valeria De Fonzo1，Filippo Aluffi-Pentini2和Valerio Parisi（2007）。生物信息学中的隐马尔可夫模型。当前生物信息学，2，49-61。
  3. Smith，K .生物信息学中的隐马尔可夫模型及其在人类DNA基因发现中的应用

还可以看一下Bioconductor教程。

我想你想要免费的资源。否则，来自Polanski和Kimmel的生物信息学（Springer，2007年）提供了很好的概述（第2.8-2.9节）和应用（第二部分）。

— CHL
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令人惊讶的是，没有答案提到有关HMM 的Rabiner教程。

尽管实际的实现（本文的后半部分）集中于语音识别，但由于其清晰明了的本质，本文可能是HMM文献中最常引用的论文。

首先介绍马尔可夫链，然后再介绍HMM。

— 朱巴卜
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对于生物信息学应用，有关HMM的经典文字为Durbin，Eddy，Krough＆Michison，“ 生物序列分析 -蛋白质和核酸的概率模型”，剑桥大学出版社，1998年，ISBN 0-521-62971-3。它是技术性的，但是非常清楚，我发现它非常有用。

对于MCMC，罗伯特和卡塞拉（Robert and Casella）最近有一本书（版本），Springer的《用R引入蒙特卡罗方法》，看起来不错，但我还没有机会阅读它（以R为例，这是学习的好方法，但是我需要先学习R; o）

— 迪克兰有袋动物
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以下是普林斯顿大学Ramon van Handel的一些笔记：

本课程介绍了隐马尔可夫模型的一些基本数学，统计和计算方法。

第一部分包括HMM在生物学，金融，...

— 罗德里戈·德阿塞维多
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这是马尔可夫链的不错的交互式介绍，http：//setosa.io/ev/markov-chains/

— 加琳娜·阿尔佩罗维奇（Galina Alperovich）
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由于问题是在寻求学习马尔可夫链的资源，因此此处适合使用指向教程的链接-在这种情况下，我们不希望您的答案是独立的，而是尝试完全总结链接的内容-但是，如果您可以在链接上附带一些有关此资源涵盖的内容的描述，那就更好了，例如，该资源的投放范围是什么（需要任何数学先决条件？），以及涵盖的主题是什么。
— 银鱼
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