重复测量的不平衡混合效应方差分析


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我有手术期间接受2种不同治疗方法治疗的患者的数据。我需要分析它对心率的影响。每15分钟测量一次心率。

鉴于每个患者的手术时间可能不同,因此每个患者可以进行7到10次心率测量。因此,应使用不平衡的设计。我正在使用R进行分析。并且一直在使用ez软件包重复测量混合效果方差分析。但是我不知道如何分析不平衡的数据。有人可以帮忙吗?

也欢迎有关如何分析数据的建议。

更新:
按照建议,我使用lmer函数拟合了数据,发现最好的模型是:

heart.rate~ time + treatment + (1|id) + (0+time|id) + (0+treatment|time)

结果如下:

Random effects:
 Groups   Name        Variance   Std.Dev. Corr   
 id       time        0.00037139 0.019271        
 id       (Intercept) 9.77814104 3.127002        
 time     treat0      0.09981062 0.315928        
          treat1      1.82667634 1.351546 -0.504 
 Residual             2.70163305 1.643665        
Number of obs: 378, groups: subj, 60; time, 9

Fixed effects:
             Estimate Std. Error t value
(Intercept) 72.786396   0.649285  112.10
time         0.040714   0.005378    7.57
treat1       2.209312   1.040471    2.12

Correlation of Fixed Effects:
       (Intr) time  
time   -0.302       
treat1 -0.575 -0.121

现在我迷失了解释结果的方法。我是否可以得出结论,两种治疗方法在影响心率方面存在差异?Treat0和Treat1之间的-504相关性是什么意思?


在更新答案之前,治疗是否是重复因素?即,是否每个受试者都接受治疗“ a”和治疗“ b”,或者这是受试者之间的因素?
马特·阿尔布雷希特

治疗是受试者之间的因素。每个对象仅接受一种治疗。我已经将两种处理方式编码为1和0,并将处理方式设置为因子变量。
biostat_newbie

Answers:


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nlme / lme4软件包中的lme / lmer函数能够处理不平衡的设计。您应该确保时间是一个数字变量。您可能还想测试不同类型的曲线。该代码将如下所示:

library(lme4)
#plot data with a plot per person including a regression line for each
xyplot(heart.rate ~ time|id, groups=treatment, type= c("p", "r"), data=heart)

#Mixed effects modelling
#variation in intercept by participant
lmera.1 <- lmer(heart.rate ~ treatment * time + (1|id), data=heart)
#variation in intercept and slope without correlation between the two
lmera.2 <- lmer(heart.rate ~ treatment * time + (1|id) + (0+time|id), data=heart)
#As lmera.1 but with correlation between slope and intercept
lmera.3 <- lmer(heart.rate ~ treatment * time + (1+time|id), data=heart)

#Determine which random effects structure fits the data best
anova(lmera.1, lmera.2, lmera.3)

要获得二次模型,请使用公式“心率〜处理*时间* I(时间^ 2)+(随机效应)”。

更新:
在这种情况下,治疗是受试者之间的因素,我会坚持上面的模型规格。我不认为(0+治疗|时间)是您想要包含在模型中的术语,对我而言,在这种情况下,将时间视为随机效应分组变量没有任何意义。

但是要回答您的问题“ treat0treat1之间的相关性-0.504是什么意思”,这是两种处理之间的相关系数,其中每次分组都是一对值。如果id是分组因子并且治疗是对象内变量,则这更有意义。然后,您可以估计两个条件的截距之间的相关性。

在对该模型做出任何结论之前,请使用lmera.2对其进行拟合,并包含REML = F。然后加载“ languageR”包并运行:

plmera.2<-pvals.fnc(lmera.2)
plmera.2

然后,您可以获得p值,但从外观上看,可能会对时间产生重大影响,也可能对治疗产生重大影响。


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生成这些模型时,是否应该将lmer的REML参数设置为FALSE,因为最终将使用anova()函数对它们进行比较?
Mike Lawrence 2010年

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使用似然比检验比较模型时,可以使用REML(如上所述,限制/残差最大似然)比较不同的随机效应结构,但是必须使用ML(最大似然)来比较不同的固定效应模型。
一站式

由于心率测量是在手术过程中采集的,所以时间不是随机效应吗?如果是这种情况,那么以下合适的方法是否有意义(因为我仍在阅读lmer函数并且对语法不太了解)?lmer(heart.rate〜treatment +(1 | id)+(1 + time),data = heart)
biostat_newbie 2010年

1
随机效应侧的术语“(time | id)”告诉函数使每个人适应不同的(线性)斜率。因此,您既可以有固定效果也可以有随机效果的时间,但是它们的含义不同。看看道格拉斯·贝茨(Douglas Bates)的书中的sleepstudy示例:lme4.r-forge.r-project.org/book/Ch4.pdf
Matt Albrecht 2010年

2
我不知道如何lmer建议重复测量设计,而不是好的设计lme。在这样的交叉交叉效应设计中,的主要优势lmer很少见,但很多时候您都想对残差的相关结构进行建模。据我了解lmer,不支持,但支持lme。在这种情况下,我是否可以认为lmer是劣质工具lme
AlefSin 2011年
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