如何在lme4中解释多元混合模型的系数而无需整体拦截?


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我正在尝试在中拟合多变量(即多响应)混合模型R。除了ASReml-rSabreR软件包(需要外部软件)之外,似乎只有在中才有可能MCMCglmm。Jarrod Hadfield 在包装随附的论文MCMCglmm(pp.6)中描述了拟合模型的过程,例如将多个响应变量重塑为一个长格式变量,然后抑制总体截距。我的理解是,抑制截距会使响应变量每个级别的系数解释变为该级别的平均值。鉴于以上所述,因此是否可以使用来拟合多元混合模型lme4?例如:

data(mtcars)
library(reshape2)
mtcars <- melt(mtcars, measure.vars = c("drat", "mpg", "hp"))
library(lme4)
m1 <- lmer(value ~ -1 + variable:gear + variable:carb + (1 | factor(carb)),
    data = mtcars)
summary(m1)
#  Linear mixed model fit by REML 
#  Formula: value ~ -1 + variable:gear + variable:carb + (1 | factor(carb)) 
#     Data: mtcars 
#   AIC   BIC logLik deviance REMLdev
#   913 933.5 -448.5    920.2     897
#  Random effects:
#   Groups       Name        Variance Std.Dev.
#   factor(carb) (Intercept) 509.89   22.581  
#   Residual                 796.21   28.217  
#  Number of obs: 96, groups: factor(carb), 6
#  
#  Fixed effects:
#                    Estimate Std. Error t value
#  variabledrat:gear  -7.6411     4.4054  -1.734
#  variablempg:gear   -1.2401     4.4054  -0.281
#  variablehp:gear     0.7485     4.4054   0.170
#  variabledrat:carb   5.9783     4.7333   1.263
#  variablempg:carb    3.3779     4.7333   0.714
#  variablehp:carb    43.6594     4.7333   9.224

人们将如何解释这一模型中的系数?这种方法也适用于广义线性混合模型吗?

Answers:


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您的想法很好,但是在您的示例中,您忘记为每个特征建模不同的截距和不同的随机方差,因此您的输出无法原样解释。正确的模型是:

m1 <- lmer(value ~ -1 + variable + variable:gear + variable:carb + (0 + variable | factor(carb))

在这种情况下,您将获得对每个变量的固定影响的估计值(例如,variabledrat:gear预测变量gear对response的影响drat),但是您还将获得每个变量的截距(例如variabledrat,response的截距drat)和随机变量的截距。每个变量的方差以及变量之间的相关性:

Groups       Name         Std.Dev. Corr     
 factor(carb) variabledrat 23.80             
              variablempg  24.27    0.20     
              variablehp   23.80    0.00 0.00
 Residual                  23.80       

Ben Bolker写下了这些方法的更详细说明,以及MCMCglmm在贝叶斯框架中的用法。另一个新程序包mcglm也可以处理多元模型,即使响应非正常,但您必须编写随机设计矩阵。教程应该很快就会出现(请参阅R帮助页面)。

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