可逆跳转MCMC代码（Matlab或R）

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有谁知道一些可逆跳转MCMC的编写良好的代码（在Matlab或R中）？最好是一个简单的演示应用程序，以补充有关该主题的论文，这将有助于理解该过程。

r matlab references mcmc

— 缺口
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在BUGS手册的第288页中已经讨论了在OpenBUGS中添加可逆跳转MCMC的问题，我相信WinBUGS具有Jump模块。有人听说过JAGS有类似的发展吗？是否有某种编写JAGS代码的方法来获得进行变化维数的效果？仅仅是定义超出所需尺寸的问题吗？

— Jan Galkowski 2014年

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RJMCMC由Peter Green在1995年的一篇引文中被引入。他为自动RJMCMC 编写了一个名为AutoRJ的Fortran程序。他在此页面上的页面链接到David Hastie的C程序AutoMix。Scott Sisson在2005年的论文的表1中列出了可用于各种RJMCMC算法的免费软件列表。Google搜索还会从格拉斯哥大学的一个小组中找到一些伪代码，如果您想自己对其进行编程，这些伪代码可能有助于理解原理。

— 1站
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King等人的《贝叶斯人口生态分析》一书。在人口生态学的背景下描述了RJMCMC。我发现那里的描述非常清楚，它们在附录中提供了R代码。

该书还具有关联的网页，但是该书中找到的某些代码不在网站上。

— csgillespie
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他们为RJMCMC提供WinBUGS代码吗？那么，WinBUGS是否具有RJMCMC的功能？

— 好奇的

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@Tomas有人编辑了我的答案，并将R更改为WinBUGS。我记得，这本书提供了R代码。

— csgillespie

谢谢。（+1）顺便说一句，您发现RJMCMC对人口生态学有用吗？我还没有找到任何可能有用的示例。.我始终可以将数据增强与标准MCMC一起使用，例如，它可以为我完成工作。请注意，我没有这本书。。好吗？

— 好奇的

@Tomas本书使用RJMCMC进行模型选择。我发现描述很好。不过，我在生气时需要使用RJMCMC。

— csgillespie

“生气”？你什么意思？

— 2013年

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只需在@onestop的答案中添加一个细节即可：我发现OlivierCappé（CT / RJ MCMC）发布的C软件对于理解可逆跳转MCMC算法（尤其是如何设计出生死亡和分裂概率）非常有帮助。合并动作）。到源代码的链接是：http : //perso.telecom-paristech.fr/~cappe/Code/CTRJ_mix/About/

— 香菊
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Jailin Ai很好地介绍了RJ MCMC（尽管与格林的原始论文非常接近），并附带了R代码，这是他在利兹大学硕士论文的一部分。还给出了更改点问题的深入示例，Green的1995年论文中也包含了这些示例。

在这里找到论文和代码：

http://www1.maths.leeds.ac.uk/~voss/projects/2011-RJMCMC/

— 杰克·奥布莱恩
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Nando de Freitas提供了有关使用可逆跳转MCMC算法进行神经网络参数估计的演示。该模型将神经元的数量，模型参数，正则化参数和噪声参数视为要估计的随机变量。

此处提供了代码和文章：http : //www.cs.ubc.ca/~nando/software.html

— 瓦迪姆·斯莫里亚科夫
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