R中Coxph的“ coef”和“(exp)coef”输出之间有什么区别?


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我一直在尝试辨别coxph的“ coef”和“(exp)coef”输出确切表示什么。似乎“(exp)coef”是根据命令中分配的组对模型中第一个变量的比较。

coxph函数如何得出“ coef”和“(exp)coef”的值?

另外,当涉及检查时,coxph如何确定这些值?

Answers:


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如果您只有一个解释变量,例如治疗组,则Cox回归模型将拟合为coxph(); 系数(coef)表示为回归系数(在Cox模型的背景下,如下所述),其指数为您提供治疗组(与对照组或安慰剂组相比)的危害。例如,如果,则危害为,即16.5%。β^=1.80exp(1.80)=0.165

如您所知,危害函数建模为

h(t)=h0(t)exp(βx)

其中是基准危害。危险度乘以协变量,是两个个体之间的危险度之比,当所有其他协变量保持恒定时,的值相差一个单位。任何两个个体和的危害比为,称为危害比(或发生率比)。假定该比率随时间是恒定的,因此称为比例危险h0(t)exp(β1)x1ijexp(β(xixj))

为了回应您先前关于的问题survreg,此处的形式未指定;更确切地说,这是一个半参数模型,其中仅对协变量的影响进行参数化,而不对危害函数进行参数化。换句话说,我们不对生存时间做任何分布假设。h0(t)

通过最大化以下项定义的部分对数似然率来估算回归参数

=flog(exp(βxf)r(f)exp(βxr))

其中第一次求和是所有死亡或失败事件的总和,而第二次求和是所有对象)在失败时仍然活着(但有风险)的情况-这称为风险集。换句话说,可被解释为消除后对数轮廓似然(或换句话说,其中已被的函数代替的LL,该函数最大程度地利用了相对于为固定向量)。fr(f)βh0(t)h0(t)βh0(t)β

关于检查,尚不清楚您是指左检查(如果我们考虑时间尺度的原点早于观察开始的时间,也称为延迟进入),或者是右检查。无论如何,可以在Therneau和Grambsch的《生存数据建模》(Springer,2000年)中找到有关回归系数计算以及生存包如何处理审查的更多详细信息。Terry Therneau是前S包的作者。可以使用在线教程

David Diez撰写的R中的生存分析为R中的生存分析提供了很好的介绍。p 的回归参数测试简要概述。10.希望这将有助于澄清@onestop引用的在线帮助,“对线性预测变量的系数进行系数化,该系数将模型矩阵的列相乘”。对于一本实用的教科书,我建议使用 Everitt和Rabe-Hesketh撰写的《使用S-PLUS分析医学数据》(Springer,2001年,第16和17章),以上内容大部分来自于此。另一个有用的参考资料是John Fox的附录,即Cox生存风险的比例风险回归χ2


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+1,这是一个非常简单明了的问题的真正有用的答案。我特别感谢指向资源的链接,以获取更多信息。注意:到Terry Therneau的在线教程的链接已死;S中用于生存分析的软件包可能是指向同一材料的实时链接。
gung-恢复莫妮卡

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引用Coxph对象的print方法的文档,该文档是在R中通过键入?survival::print.coxph以下命令获得的:

coefficients 线性预测变量的系数,乘以模型矩阵的列。

这就是该软件包作者提供的所有文档。该包装不含用户指南或包装插图。R并不是为了用户友好而设计的,并且该文档假定您已经了解所涉及的统计方法。

我假设该coef列给出了coefficients,而该exp(coef)列是这些的指数。由于Cox回归涉及对数链接函数,因此系数为对危险比。因此,对它们进行幂运算会给您带来更高的危害比。

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