R中的间隔审查Cox比例风险模型


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给定间隔审查的生存时间,我如何在中执行间隔审查的Cox PH模型R?随便搜索即可找到该软件包intcox,该软件包不再存在于R存储库中。我几乎肯定该包中的coxph功能survival无法处理间隔检查的生存数据。

另外,我不想插入数据然后使用该coxph函数。该方法低估了系数的标准误差,因为您忽略了间隔检查的不确定性。


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intcox即使未CRAN使用normal,您仍然可以安装该软件包install.packages("intcox")
smillig

嗯...我无法做到这一点。镜像选择会影响下载吗?
wcampbell 2012年

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有可能,但我不知道。我只是在10分钟前(B版本2.15.1)使用Berlin CRAN来完成的。
smillig

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生存分析CRAN任务视图总结了生存分析可用的软件包,其中包括与区间删失支持一个数字。
jthetzel 2014年

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截至2015年12月21日,我能够解决install.packages("intcox")任何特别的麻烦(R-devel,但任何现代R都可以使用)
Ben Bolker

Answers:


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如上所述,您可以使用survreg函数。不过请注意:严格来说,这不是Cox PH模型,而是位置比例模型。使用默认的日志转换,这是船尾模型。在指数分布的情况下,比例风险和后部模型是等效的,因此,如果将分布设置为指数,则这是具有指数基线的比例风险模型。同样,如果使用基线威布尔分布后部模型,则参数估计值只是具有威布尔基线分布的比例风险模型中所使用的线性估计。但总的来说,survreg不适合Cox PH模型。

如果需要一个半参数模型(如intcox中实现的模型),请当心:在当前版本的intcox中存在几个问题(算法通常会在距MLE较远的地方终止,在未经审查的情况下彻底失败,没有标准错误)自动呈现)。

可以使用的新替代方法是软件包“ icenReg”。

接纳偏见:这是icenReg的作者。


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欢迎来到我们的网站!我们很高兴收到您和您的杰出贡献。
ub

@Cliff AB您在ic_sp函数中使用什么特定的半参数方法?您是否有关于该方法的论文或教程?
慕尼黑农庄'18

@Munichong:全文可在此处找到。另外,包装的装饰图案也可以快速介绍模型。看到这里
Cliff AB

@CliffAB由于我的数据太大而无法容纳在内存中,因此我想以一种随机的方式修改ic_sp:向ic_sp馈入一个微型批处理并设置maxIter = 1,获取渐变并迭代更新beta。您知道如何从ic_sp函数访问渐变吗?
慕尼黑农庄'18

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@Munichong:有趣!不幸的是,我认为这种方法行不通。特别是,ic_sp需要估计基线生存期分布(与在正确的审查情况下不同),该分布具有与数据中唯一时间一样多的参数。这就产生了小批量生产的问题。对于连续的时间,基线步骤将不会逐批排列。
悬崖AB

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若要在R中进行间隔审查分析,必须创建一个Surv对象,然后使用survfit()。如果您有多个变量,则intcox包可以解决该问题。

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