使用openMx在相同和异卵双胞胎的SEM概念模型中选择路径权重


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我正在审查R包OpenMx进行遗传流行病学分析,以了解如何指定和拟合SEM模型。我对此很陌生,所以请多多包涵。我正在遵循《OpenMx用户指南》第59页上的示例。他们在这里绘制以下概念模型:

相同和异卵双胞胎的SEM模型

在指定路径时,他们将潜在的“一个”节点对显示的bmi节点“ T1”和“ T2”的权重设置为0.6,因为:

感兴趣的主要路径是从每个潜在变量到相应观察变量的路径。还估算了这些值(因此将它们全部设置为空),获得的起始值为0.6,并带有适当的标签。

# path coefficients for twin 1
mxPath(
  from=c("A1","C1","E1"),
  to="bmi1",
  arrows=1,
  free=TRUE,
  values=0.6,
  label=c("a","c","e")
),

# path coefficients for twin 2
mxPath(
  from=c("A2","C2","E2"),
  to="bmi2",
  arrows=1,
  free=TRUE,
  values=0.6,
  label=c("a","c","e")
),

的0.6的值来自的估计的协方差bmi1bmi2(严格的合子双胞胎)。我有两个问题:

  1. 当他们说路径的“开始”值为0.6时,是否像在估计GLM时那样设置具有初始值的数值积分例程?

  2. 为什么严格根据单卵双胞胎估算这个值?

Answers:


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要回答您的两点:

1)是的,确切地说-起始值仅指示算法将从何处开始优化过程。大多数软件包实际上默认情况下会确定自己的起始值,并且用户仅在估计期间出现问题时才需要尝试输入不同的值。根据我的经验,最合理的初始值会起作用,并且不会改变算法收敛的最终模型。

2)值0.6不是T1和T2截距(“ one”与T1和T2之间的路径)的起始值,而是连接每个潜在变量(A,C,E)的因子加载的起始值)到指示器T1或T2。这通过以下事实来表明:路径from=c("A1","C1","E1"), to="bmi1"在第一种情况下发生,而from=c("A2","C2","E2"), to="bmi2"在第二种情况下发生。

至于特定的值“ 0.6”:我在文档中找不到他们提到基于单卵双胞胎亚组取该值的信息。实际上,这些参数估计值(3个潜在变量的因子负荷)不能直接从样本中计算出来,因为根据定义,这些潜在变量是未观察到的(它们是潜在的)。正如我在第1点中提到的那样,在两个合理值之间进行选择几乎不会影响收敛模型的参数估计,因此我的猜测是,他们只是为这些因子负载选择了许多合理值中的一个作为初始值。该值是否确实来自单卵双胞胎亚组中bmi1和bmi2之间的估计协方差应该无关紧要,因为任何合理的起始值都应使算法收敛于相同的最终值,也许在计算时间上有些差异。(我要说服自己的建议是:尝试一下!尝试几个初始值,然后比较收敛模型的参数估计值。)

作为一般说明,我将指出,如果将参数free设置为FALSE,则对于任何参数估计的初始值的选择都非常重要,因为初始值将有效地成为最终模型中参数估计的值(不会进行估算;估算之前已固定)。

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