应该使用哪种统计检验来检验基因清单的丰富性？

我进行了一项实验，以测试细胞对某种DNA损伤剂的敏感性。我们发现了270个对药物特别敏感的基因，分析的基因总数为3668。在270个敏感基因中，有38个被归类为“ DNA修复基因”。如果基因组中包含“ DNA修复基因”的数目为112，而基因组中的基因总数为3668，那么敏感基因是否富含DNA修复基因？应该使用哪种统计检验？如果您还可以告诉我一些在线计算p值的工具，我们将不胜感激。

测试基因列表富集的标准做法是进行超几何测试或等效的单面Fisher精确测试。你有以下$2\times2$ 列联表：

您可以R按以下方式进行测试：

fisher.test(matrix(c(38,74,232,3324),nrow=2,ncol=2),alternative="greater")

这给出了非常重要的结果：

Fisher's Exact Test for Count Data

data:  matrix(c(38, 74, 232, 3324), nrow = 2, ncol = 2) 
p-value < 2.2e-16
alternative hypothesis: true odds ratio is greater than 1 
95 percent confidence interval:
5.062107      Inf 
sample estimates:
odds ratio 
7.34918

请注意，当我们测试过度展示（而非过度展示）时，alternative参数设置为"greater"。