如何从Cox PH模型获得生存时间的预测?


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我想针对所有(几乎)全部在随访结束时(例如一年)死亡的参与者建立一个全因死亡率的预测模型(Cox PH)。

我不想预测某个时间点的绝对死亡风险,而是想预测每个人的生存时间(以月为单位)。

是否有可能在R中获得这样的预测(例如从一个coxph对象),如果可以,我该怎么做?

提前谢谢了!

Answers:


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Cox比例危害模型没有对潜在危害进行建模,而这正是您需要预测生存时间的模型-这既是模型的强大优势,也是主要缺点之一。

如果您对获取特定时间点生存概率的估计特别感兴趣,我将向您介绍参数化生存模型(又名加速失效时间模型)。这些在survivalR 的软件包中实现,并将为您提供参数化的生存时间分布,您可以简单地插入您感兴趣的时间并获取生存概率。


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感谢您的回答。我对在特定时间获得生存概率的估计并不特别感兴趣,而是对每个人的预测生存时间都没有兴趣。因此,我想获得的预测不是“例如,该人一年的存活概率为10%”,而是例如“该人的预期存活时间为10个月”。是否可以从Cox PH或AFT模型获得此类预测?
罗布

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@Rob我相信在Cox PH模型中仍然无法使用。这对于AFT模型是完全可行的,尽管获取估算值的复杂性可能取决于您拥有多少个协变量。
Fomite 2013年

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谢谢,我将研究AFT模型。我一直在阅读有关个体存活时间的预测,但是似乎“人类的生存是如此不确定,以至于即使最好的统计分析也无法提供单个患者实际使用的单数预测。” (链接)..
Rob

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@Rob是正确的-所有这些技术都在谈论人口趋势。试图对任何给定的人进行准确的预测是一个失败的原因,实际上并不是对工具的正确使用。
Fomite 2013年

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根据我发现的可用文献,我认为您在预测个体生存时间方面是正确的。但是,Cox和AFT模型肯定是在某些时间点预测单个绝对风险的合适工具(例如,参见HarrellSteyerberg的著作)。
罗布

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@statBeginner是的。它需要两个步骤:

x <- survfit(cox.ph.model, newdata = dataset)
dataset$Results <- summary(x)$table[,"median"]

但是我不确定中位生存时间是否足够准确。


我同意@akshay的观点,即中值生存时间虽然有用,但可能不适用于个别情况,尤其是在预测事件发生时间的情况下。个体的生存时间可能非常不同,因此我建议您谨慎使用任何中值生存时间进行预测。
Seanosapien

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