CPH,加速故障时间模型或神经网络用于生存分析的比较


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我是生存分析的新手,我最近了解到,对于特定目标,可以采用不同的方法进行。我对这些方法的实际实现和适当性感兴趣。

向我介绍了传统的Cox比例危害加速故障时间模型神经网络(多层感知器),作为根据患者的时间,状态和其他医学数据获得患者生存的方法。据说这项研究将在五年内完成,目标是每年为新的记录给出生存风险。

我发现了两个实例,这些实例是通过Cox PH选择其他方法的:

  1. 我发现“ 如何从Cox PH模型获得生存期的预测 ”,并提到:

    如果您对获取特定时间点生存概率的估计特别感兴趣,我将向您介绍参数化生存模型(又称为加速故障时间模型)。这些是在R的生存程序包中实现的,将为您提供参数化的生存时间分布,您可以在其中简单地插入您感兴趣的时间并获取生存概率。

    我去了推荐的站点,并在survival软件包中找到了一个函数survreg

  2. 此评论中建议使用神经网络:

    神经网络方法进行生存分析的一个优势是它们不依赖于Cox分析基础的假设...

    另一个问题是“ 带有目标向量的R神经网络模型,其输出包含生存预测 ”,给出了一种详尽的方法来确定神经网络和Cox PH中的生存。

    用于获得生存的R代码如下所示:

    mymodel <- neuralnet(T1+T2+T3+T4+T5~covar1+covar2+covar3+..., data=mydata, hidden=1)
    compute(mymodel,data=mydata)
  3. 我去了R论坛,并在“ predict.coxph和predict.survreg ” 问题中找到了这个答案

    确实,从的predict()功能中,coxph您不能直接获得“时间”预测,而只能获得线性和指数风险评分。这是因为,为了获得时间,必须计算基准危害,而且它并不直接,因为它在Cox模型中是隐含的。

我想知道这三个(或两个考虑Cox PH的论点)中哪一个最适合获取感兴趣时间段的生存率?我对在生存分析中使用哪一个感到困惑。

Answers:


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这取决于您为什么要制作模型。构建生存模型的两个主要原因是(1)进行预测或(2)对协变量的效应大小进行建模。

如果要在预测环境中使用它们,并希望在给定一组协变量的情况下获得预期的生存时间,则神经网络可能是最佳选择,因为它们是通用逼近器,并且比通常的(半)参数化方法要少楷模。支持向量机是另一个不太流行但功能也不逊色的选择。

如果您要建模以量化效果大小,那么神经网络将不会有太大用处。Cox比例风险模型和加速故障时间模型均可用于此目标。迄今为止,Cox PH模型是在临床环境中使用最广泛的模型,其中,危险比可以衡量每种协变量/相互作用的效应大小。但是,在工程环境中,AFT模型是首选武器。


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谢谢你的回答!您已经准确地说了“ 在给定一组协变量的情况下获得预期的生存时间 ”。在我的研究中,我将不得不使用神经网络和SVM。
最终Litiu 2014年

@Marc Claesen:Cox PH模型确实提供了P(生存时间> t)。不可能从那里获取生存时间的pdf并从pdf中获取样本吗?
statBeginner'2

@Marc Claesen我假设神经网络不能直接应用于生存分析问题,但是生存分析问题应该首先转换为分类或回归问题。那么,您能否解释一下如何将生存分析问题转换为分类或回归问题,从而可以应用神经网络?请回答这里如果可能的话stats.stackexchange.com/questions/199549/...
GeorgeOfTheRF
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