OpenBugs与JAGS

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我将尝试使用BUGS风格的环境来估计贝叶斯模型。在OpenBugs或JAGS之间进行选择时，有什么重要的优点要考虑？在可预见的将来，有可能取代另一个吗？

我将在R中使用所选的Gibbs Sampler。我还没有特定的应用程序，但是我正在决定安装和学习哪个。

— 丹
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类似的问题：stats.stackexchange.com/q/33315/5509

— 好奇的

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BUGS / OpenBugs有一个独特的构建系统，这使得在某些系统上很难编译代码成为不可能，例如，人们不得不诉诸于Windows仿真等的Linux（和IIRC OS X）。

另一方面，Jags是一个使用标准GNU工具编写的全新项目，因此可移植到几乎任何地方，因此可以在任何地方使用。

简而言之，如果您的系统是Windows，那么您确实可以选择，如果您搬家的话，可能会被困在Bug上。如果您不在Windows上，那么Jags可能是更好的选择。

— 德克·埃德比布特尔
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在Linux窗口仿真不是必需的情况下，可以直接使用共享库。只有GUI不以这种方式工作，但是当他们想从R.调用它不应该成为DanB一个问题

— GaBorgulya

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@GaBorgulya尽管如此，如果我在两个工具之间进行选择，我会选择在所选系统上完全可用的工具。

— Fomite

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目前，BRugs包不支持64位Linux，如文档中表示，这可能会导致诸如一个问题，我面对C未能编译试图找出如何使用plot.coda与时在两个问题rjags mcmc.list输出在本网站和SO还没有答案。

— 戴维·勒鲍尔

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对于那些在路上发现这个问题的人：现在还有Stan。Stan可能有一天会替换OpenBUGS和JAGS，但它尚不支持其他软件包所做的所有分析。

— 杰克·坦纳
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差不多一年后，我想对此发表评论。开发人员似乎很敬业，他们计划添加到其中的内容（可变推断！）都表明Stan不可避免地要替换OpenBUGS和JAGS。话虽如此，我目前不信任它，到目前为止，仅当无法使用JAGS时才使用它。似乎需要更多的调整，而不是更少的调整才能在复杂的问题中获得合理的结果。Stan根本不使用Gibbs采样，对于我知道Gibbs可以工作的问题，我无法证明使用它是合理的。我认为将来这些问题将得到解决。

— 家伙，

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@MattTagg我认为我的评估没有改变，但我不是专家。我已经使用了很多东西并且在它上变得更好，但是我没有跟上他们的所有发展。我希望有很多模型可以将NUTS与简单的Gibbs采样更新（混合使用JAGS和STAN本质上混合使用）混合在一起，但是尽管可以实现，但这似乎不会很快STAN出现。

— 2014年

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很酷，很高兴知道谢谢。即将开始进行新版本的“做贝叶斯数据分析”，并在JAGS和STAN中进行了更新。

— cavalcade 2014年

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再次查看以了解JAGS和STAN的最新比较。现在哪个更好，将来最可能哪个更好？

— itpetersen

已发布一个问题，寻求帮助将错误模型转换为stan：stackoverflow.com/questions/53809468/…。- 任何帮助将非常感激。

— 克兰兹

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出于速度原因，我建议您对openbugs狂热。我在Linux系统上都尝试过，而jags更快。

— 玛拉
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尽管这可能是特定于问题的……

— Ben Bolker

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我发现锯齿在Linux中工作更流畅，更容易设置，但目前不支持GeoBUGS支持的空间分析。因此，我使用OpenBUGS。

— 达到
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