在R中聚类空间数据

我有一套每月的海面温度（SST）数据，我想应用一些聚类方法来检测具有相似SST模式的区域。我有一组从1985年到2009年运行的每月数据文件，并希望将聚类应用到每个月作为第一步。

每个文件包含358416点的网格数据，其中约50％是陆地，并用99.99值标记为NA。数据格式为：

   lon     lat   sst
-10.042  44.979  12.38
 -9.998  44.979  12.69
 -9.954  44.979  12.90
 -9.910  44.979  12.90
 -9.866  44.979  12.54
 -9.822  44.979  12.37
 -9.778  44.979  12.37
 -9.734  44.979  12.51
 -9.690  44.979  12.39
 -9.646  44.979  12.36

我尝试了CLARA聚类方法，并得到了一些明显不错的结果，但在我看来，这也只是平滑（分组）等值线。那么我不确定这是分析空间数据的最佳聚类方法。

是否有其他专门用于此类数据集的聚类方法？一些参考将是开始阅读的好方法。

提前致谢。

r clustering spatial

— 帕科梅特
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您应该查看cran.r-project.org/web/views/Spatial.html。有一些名称可能具有集群名称的软件包。

— Andy W

您是否找到了很好的R包来聚类空间数据？

— kaptan 2011年

@kaptan不幸的是我没有，它是

— pacomet 2011年

(x, y, T) \in R^{3}

$(x,y,T)\in\mathbb{R}^3$

R

$\mathbb{R}$

Answers:

可伸缩集群有不同的方法，分而治之，并行集群和增量式。这是可以使用常规聚类方法后的一般方法。我真正欣赏的一种很好的聚类方法是DBSCAN（带噪声的应用程序基于密度的空间聚类），它是最常用的聚类算法之一。

— 404Dreamer_ML
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好的，我将寻找DBSCAN并尝试一下。谢谢

— pacomet

如果有任何答案对您有所帮助，或者您发现另一种方式最好给我们，那么所有社区都会从中受益。或选择一个答案以关闭问题。

— 404Dreamer_ML 2011年

对于答复的延迟，我们感到抱歉，但要点是我没有太多时间尝试dbscan，第一次尝试导致了内存问题。R说它不能分配向量。我从4 km的网格开始，该网格具有779191点，在删除土地（无效）SST点时以300000点结束。也许我没有采取正确的方法，任何提示将不胜感激。

— pacomet

嗨，我仍然找不到解决方案。我已经阅读了一些有关DBSCAN的文档，并且有一些疑问。如何找到R的最小距离？由于我的数据是三维经度，纬度和温度，应该使用哪个“距离”？尺寸与该距离有关？温度？是否有确定集群最小点数的方法？我在类似我的数据集中找不到使用dbscan的R示例，您知道有这样的示例的网站吗？因此，我可以阅读并尝试适应我的情况。再次感谢

— pacomet

pySAL是一个记录良好的用于空间分析的python库，具有一定的聚类能力。

在开发阶段，另一个专注于空间聚类的python库是clusterPy （pdf幻灯片演示文稿）。

GUI软件GeoGrouper具有较少的聚类算法选择和良好的映射接口。

— b_dev
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谢谢，我从未使用过python。我将尝试找到一种R解决方案

— -pacomet