图解线性混合效应模型结果的图


13

我一直在使用R中的线性混合效果建模来分析一些数据。我打算用结果制作海报,我只是想知道是否有人对混合效果模型有经验,可以建议使用哪些图表来说明结果?模型。我在考虑残差图,拟合值与原始值的图等。

我知道这很大程度上取决于我的数据,但我只是想尝试一种最佳方法来说明线性混合效应模型的结果。我在R中使用nlme软件包。

谢谢


3
Pinheiro和Bates撰写的这本书包含几个示例。您可以查看第4.3节“检查拟合模型”。
塞尔吉奥2014年

3
该线程可能也有帮助:线性混合模型的说明图是什么?
usεr11852

Answers:


22

这取决于您的模型,但是以我的经验,即使是对混合效应模型没有很好理解的同事,也确实像您以不同的分组级别绘制预测图一样:

library(nlme)
fm2 <- lme(distance ~ age + Sex, data = Orthodont, random = ~ 1|Subject)

newdat <- expand.grid(Sex=unique(Orthodont$Sex),
                  age=c(min(Orthodont$age),
                            max(Orthodont$age)))

library(ggplot2)
p <- ggplot(Orthodont, aes(x=age, y=distance, colour=Sex)) +
  geom_point(size=3) +
  geom_line(aes(y=predict(fm2), group=Subject, size="Subjects")) +
  geom_line(data=newdat, aes(y=predict(fm2, level=0, newdata=newdat), size="Population")) +
  scale_size_manual(name="Predictions", values=c("Subjects"=0.5, "Population"=3)) +
  theme_bw(base_size=22) 
print(p)

在此处输入图片说明


@罗兰,谢谢您的回答。我的模型是一个线性混合效应模型,包含独立变量和因变量以及一些协变量。
John_dydx 2014年

@ Roland,我可以问一下是否fm2 <- lme(distance ~ age + Sex, data = Orthodont, random = ~ 1|Subject)与相同fm3 <- lme(distance ~ age*Sex, data = Orthodont, random = ~ 1|Subject) 。我正在尝试使用性别作为模型的协变量。
John_dydx

编号age * Sex与相同age + Sex + age:Sex,即包含互动。
罗兰

1
当然是。您需要删除colour=Sex
罗兰

1
是的,但这是ggplot2的基本功能。学习文档和教程。您可能要使用scale_colour_manual
罗兰2014年
By using our site, you acknowledge that you have read and understand our Cookie Policy and Privacy Policy.
Licensed under cc by-sa 3.0 with attribution required.