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以太网与协议无关。连接到以太网的设备使用IPv4，IPv6，IPX或其他协议发送包含数据的数据包。取决于所连接设备（例如您的PC）的协议意义。
就网络堆栈而言，以太网是堆栈中的第2级（数据链路）。设备之间的布线为1级（物理）。这些层只是一个可以承载任意数量协议的管道。可以同时携带多种协议。
IPv4和IPv6是级别3（网络）。双栈并不是什么新鲜事物，几年前，双栈是IPv4和IPX。当数据包到达时，计算机需要确定将数据包传递到哪个堆栈。对于IPv4和IPv6，这很容易做到，因为它被编码在数据包的前4位中。
处于传输（第4层）层的TCP和UDP在IPv4和IPv6上同样运行良好。在某些情况下，它们可能会在两个端点之间从IPv4切换到IPv6，反之亦然。存在一种寻址方案，该寻址方案允许将IPv4地址编码为IPv6地址，从而允许仅IPv6的设备寻址仅IPv4的设备。中间需要一个协议转换设备才能正常工作。
将IPv4绑定到一个适配器，将IPV6绑定到另一个适配器，可能会有一点延迟优势。仅在某些时候未通过同一链路路由协议时，这才有用。如果使用不同的协议，则在同一路由器上运行传输可能会稍快一些。我将为第二个安全区域或网络共享保留第二个接口。
一张给定的网卡可以说出尽可能多的协议。过去，我经常同时将IPv4，IPX和一些晦涩的协议绑定到同一张卡。这就是分层模型的乐趣。
正如您所指出的，当HTTP和FTP都在IP上运行时，同样的原理也起作用。由于网络堆栈的较低层并不特别在意较高层在做什么，因此可以在给定的较低层协议上发送许多较高层协议。
现在，并不是所有的IPv4 / IPv6转换都已设置好，因此网卡同时正在讲话，有时会使用隧道传输（例如Teredo）。但这不是必需的。